به گزارش مشرق، این کاروانسرا نزدیک باتلاق "گاوخونی" در جاده قدیمی یزد - اصفهان و در جنوب غربی اردکان یزد و ۶۰ کیلومتری عقدا و در فاصله هفت کیلومتری روستای کاییون قرار دارد.
کاروانسرای قلعه خرگوشی، کاروانسرایی سنگی در دل کویر یزد و یکی از مهم‌ترین کاروانسراهای دوره صفوی است.