بسیاری از جلسات فکری و فعالیت انقلابی شهید مطهری در این خانه بوده است و بسیاری از دانشجویان و شخصیت‌ها در آن رفت و آمد داشتند. سازمان فرهنگی و هنری شهرداری تهران در راستای وظایف و ماموریت‌های خود اقدام به خرید و بازسازی و تجهیزات این مکان کرد و همزمان با بیست‌و هشتمین سالگرد شهادت استاد به موزه تبدیل شد.به گفته علی مطهری بسیاری از کتاب شهید مطهری در طبقه دوم نوشته شده است.
طبقه دوم شامل راهرویی است که به دو اتاق منحصر می‌شود اتاق مطالعه پنجره بزرگ رو به خیابان و پشت به خیابان دارد. اتاقی است با صدای گنجشگکان در آمیخته است.
سکوتی را سرشار است که استاد به تأملات فلسفی می‌پرداخت و اتاق دیگر که اتاق مناجات و استراحت است شامل تخت و رخت‌آویزی است که هنوز قبای استاد بر آن رخت‌آویز آویزان است.
تختی با روکش قدیمی که در خانه هر پدربزرگ و مادربزرگ نمونه آن را می‌توان دید در گوشه اتاق گذاشته شده است.
سجاده استاد همچنان باز است و منتظر نماز عاشقانه و عارفانه استاد است.
سجاده‌ای که بیش از 30 سال انتظار نماز مردی دارد که هم تأکید بر خلوت انسان با خدا دارد و هم عقل را به محاق تعطیلی نمی‌برد.
توازن و تعادل رعایت می‌شود. عصای استاد هنوز کنار سجاده است و کتابخانه استاد همچنان پر از کتاب است. از تفسیر کبیر قرآن گرفته تا مجموعه رسایل فلسفی ملاصدرا.
در طبقه بالا ایوانی دلگشا قرار دارد. شاید استاد پس از تأملات فلسفی دمی در هوای آزاد قدم می‌زد و به تفکر می‌پرداخت . از جمله عکس هایی که در موزه شهید مطهری وجود دارد و نشان از ابعاد وجودی گوناگون استاد است عکسی است که استاد در حال سواری گرفته است و یادآور توصیه حضرت رسول از آموختن 3 ورزش سوارکاری، تیراندازی و شنا است.
اتاقی که چنین در سکوت غوطه می‌خورد روزگاری پر از نجوای شبانه یگانه روزگار بود و تأملات فلسفی مردی که درد دین و شناخت زمانه داشت و محل رجوع بزرگان انقلاب که به قول بزرگترین نوه پسری مطهری «زهیر مطهری» جز امام همه بزرگان مسئولان نظام از طیف‌های گوناگون به این منزل آمدند رفتند.
اتاق که کنون آواز گنجشگکان بهاری در آن تو را به سکوت و تأمل فرا می‌خوانند محل بحث و نظر و دیدگاه مؤافق و مخالف مردان تاریخ ساز انقلاب است که دست تقدیر هر کدام را به سویی روانه کرده است.
استاد را روانه ملاء علی و دیگران را ردای مسئولیت بر تن پوشانده است تا روز حساب همه مسئول عمل خویش باشند.
طبقه پایین شامل یک حال و پذیرایی بزرگ که پس از بازسازی حالت نگارخانه گرفته است و به طور قطع با منزل یک روحانی که دل در گرو خداجوی داشت متفاوت است.
عکس‌هایی که از استاد در اتاق حال و پذیرایی منقش شده است بیش از همه عکس استاد با علامه طباطبایی و حضرت امام چشم‌نوازی می‌کند نشان از قدرشناسی علامه از استاد دارد. شاگردی که از امام و علامه فراوان آموخته است و به نوعی فرزند استادان خود مبدل شده است.
شاگردی که وقتی خبر شهادت استاد به این دو بزرگواران رسید چنان حال امام و علامه را متأثر کرده بود که اشک بی‌اختیار از چشمان آن دو بزرگوار جاری ساخت.
زهیر مطهری می‌گوید: همچنان استاد خانواده خود را مورد لطف قرار می‌دهد و به خواب آنان می‌آید. به طور مثال هنوز من صاحب فرزندی نشده بودم که پدر بزرگ را در خواب دیدم ، نوید فرزندی را به من داد که من گفتم فرزندی ندارم که فرمودند: به زودی صاحب فرزند می‌شوی. وقتی بعد از یک هفته مشخص شد که من به راستی صاحب فرزند شدم این خواب را با مادربزرگم در میان گذاشتم و ایشان فرمودند صاحب پسر شده‌ای ، مردم از طریق سونوگرافی متوجه می‌شوند که فرزند آنان دختر یا پسر است ولی ما از طریق مادربزرگ و پدربزرگ.
از جمله نوشته‌هایی که در نگارخانه مطهری منقش شده است اثری از استاد در کتاب 20 گفتار است که شهید مطهری در آن کتاب فرموده است تعقل هم مانند فضائل دیگر اخلاق، «تمرین لازم دارد».
«انسان باید مدتی خود را وادارد که در پیشامد و تصمیم‌ها زیاد فکر کند تا عواقب و نتایج کاری را نسنجد به هیجانات درونی خود ترتیب اثر ندهد».
مردی که چنین به عقل توصیه می‌کند به دخترش می‌نویسد سعیده خانم نور چشم عزیزم خوشبختم که خداوند دعای نیمه شب مرا درباره تو مستجاب کرده است و تو را سعادتمند و خوشبخت نمود، شوهری زندگی نصیبت کرده است که فوق‌العاده مورد رضایت من است. سعیده عزیزم بی‌خردی و سبک سری چه بر سر انسان می‌آورد نمونه‌ها دیده و شنیده‌ای که دشمن به دشمن آن نپسندد که بی‌خرد با نفس خود.
من به عقل تو اطمینان دارم که عقل وافر خود را کنار نمی‌زنی و زمان خود را به احساسات جاهلانه نمی‌دهی تفکر باید برای انسان عادت شود، عادت کردن به تفکر یعنی درباره هر کاری که انسان می‌خواهد تصمیم بگیرد عادت داشته باشد که قبلا کاملا روی آن فکر کند.
خانه از حضور مطهری پر است، مطهری به این خانه بی‌جان معنا داده است معنی که مرا به یاد شعر مولوی می‌اندازد.
