وی به همراه آیات پورمحمدی، فیض سرابی، واعظ موسوی و هاشم زاده هریسی در دور گذشته نیز نماینده استان در مجلس خبرگان رهبری و یکی از افراد تاثیر گذار در این مجلس بوده است.
آیت الله محسن مجتهد شبستری فرزند «میرزا کاظم»، در سال 1316 در شبسترمتولد شد. پدر وی که امامت جمعه تبریز را بر عهده داشت به همراه جدش «ملاعلی اشرف» در شمار فقها و علمای آذربایجان به شمار می آمدند. ایشان پس از گذراندن تحصیلات مقدماتی برای تحصیل علوم حوزوی عازم حوزه علمیه قم شد و با بهرهمندی از اساتید برجسته حوزه، توانست به درجهٔ اجتهاد برسد.
وی با همراهی «آیت الله شهید مطهری»، «شهید مفتح» و «شهید بهشتی» جامعه روحانیت مبارز را در تهران تأسیس کردند و بیشتر فعالیتهای مبارزاتی وی علیه رژیم در سالهای پیش از انقلاب به انتشار اعلامیه و بیانیه و فعالیت در این حزب میگذشت. پس از پیروزی انقلاب، آیت الله شبستری به نمایندگی از مردم آذربایجان شرقی به عضویت مجلس خبرگان رهبری درآمد. وی همچنین نمایندگی دوره های اول تا چهارم مردم تهران در مجلس شورای اسلامی را نیز در کارنامه خود دارد. آیت الله شبستری در سال 1374 با حکم رهبر معظم انقلاب امامت جمعه تبریز را عهده دار شد.
آیت الله مجتهد شبستری علاوه بر نمایندگی ولی فقیه در استان و امامت جمعه تبریز، ریاست شورای عالی مجمع جهانی اهل بیت (ع) را نیز برعهده دارد.