* فصل ۹۳-۹۲؛ ناکامی قلعه نویی در دفاع از قهرمانی
در این فصل آبی پوشان با مربی قهرمانشان آمده بودند تا از عنوان قهرمانی خود دفاع کنند و این شانس را تا هفته‌های آخرین فصل هم داشتند. اما در هفته‌های آخر اتفاقات خوبی برای آنها نیفتاد تا با پذیرفتن دو شکست در هفته‌های آخر مقامی بهتر از پنجم جدول را به دست نیاورند. قلعه نویی در فصلی که شانس دفاع کردن از عنوان قهرمانی‌اش را داشت، در رقابتی فشرده در دو هفته آخر قافیه را باخت تا بعد از فولاد، پرسپولیس، نفت تهران و سپاهان در رتبه پنجم قرار گیرد.

آبی پوشان در آن سال ۵۳ امتیاز به دست آوردند و با ۴ امتیاز کمتر از تیم قهرمان، ۲ امتیاز کمتر از تیم نایب قهرمان و یک امتیاز کمتر از تیم های سوم و چهارم روی پله پنجم بایستند. شاگردان قلعه نویی در آن فصل ۳۴ گل زدند و ۲۵ گل خوردند. این اتفاقات باعث شد امیر قلعه نویی برای فصل بعد دست به تغییرات گسترده‌ای در تیمش بزند و جمعی از بازیکنانش که به زعم خودش در این ناکامی مقصر بودند را از تیم کنار بگذارد.

* فصل ۹۴-۹۳؛ ضعیف ترین فصل استقلال با قلعه نویی
امیر قلعه نویی برای سومین فصل پی در پی هدایت آبی پوشان را بر عهده داشت و با انگیزه فراوان به جهت ناکامی فصل قبلش این تیم را مهیای حضور در لیگ برتر کرد. غافل از این که قرار است در این فصل نتایجی به مراتب ضعیف تر از فصل گذشته بگیرد تا جایی که باعث شود سال ۹۴ آخرین سال حضور وی روی نیمکت آبی پوشان باشد. 

در سالی که سپاهان در پایانش قهرمان شد و تراکتورسازی و نفت تهران دوم و سوم شدند، تیم تحت هدایت قلعه نویی که فصل را خوب شروع کرده بود، متوسط ادامه داد و ضعیف رو به پایان برده بود رتبه‌ای بهتر از ششم در جدول به دست نیامد تا این بدترین سال آبی پوشان بعد از آخرین قهرمانی شان باشد. 

استقلالی‌ها دفصل ۹۴-۹۳ جمعا با ۱۳ پیروزی، ۸  مساوی، ۹ شکست، ۴۰ گل زده، ۳۴ گل خورده و ۴۷ امتیاز به پایان رساندند و پایین تر از سپاهان، تراکتورسازی، نفت، ذوب آهن و فولاد و بالاتر از سایپا و پرسپولیس در رده ششم جدول قرار گرفتند.

* فصل ۹۵-۹۶؛ شکست سنگین در دربی کار دست مظلومی داد
نتایج ضعیف امیر قلعه نویی باعث شد تا باشگاه در این فصل پرویز مظلومی را جانشین قلعه نویی کند. مظلومی فصل را با نقل و انتقالات گسترده آغاز کرد و با استخدام چند جوان و بازگرداندن مهدی رحمتی که فصل گذشته مورد غضب قلعه نویی قرار داشت و راهی پیکان شده بود سر و صدای زیادی در نقل و انتقالات به پا کرد.

استقلال این فصل را بی ادعا اما با توپ پر آغاز کرد اما در نهایت در حالی که از ابتدا تا آخرین هفته های فصل صدر جدول را در اختیار داشت، قهرمانی و نایب قهرمانی را به استقلال خوزستان و پرسپولیس باخت و با ۵۲ امتیاز تیم سوم جدول شد.

حاصل کار شاگردان مظلومی در آن فصل ۱۳ پیروزی، ۱۳ مساوی و ۴ شکست بود که شکست معروف ۴-۲ در دربی هم یکی از این ۴ شکست بود. آنها ۴۳ بار در این فصل گل زدند و ۲۸ بار هم گل خوردند.

* فصل ۹۶-۹۵؛ بهترین فصل استقلال با منصوریان
به طور کلی می توان گفت این فصل بهترین فصل آبی پوشان در ۵ سال اخیر بود و آنها بهترین نتایجشان را به دست آوردند. آبی پوشان این فصل را با علیرضا منصوریان آغاز کردند. در حالی که تیم آغاز امیدوار کننده ای نداشت اما رفته رفته شرایط بهتر شد تا جایی که آنها در پایان فصل نه تنها به عنوان نایب قهرمانی فصل رسیدند، بلکه عنوان بهترین تیم نیم فصل دوم را هم از آن خود کردند.

استقلال با منصوریان در این فصل ۱۶ بار پیروز شد، ۹ بار مساوی کرد و در ۵ بازی شکست خورد. ۴۵ بار گلزنی کرد ۲۷ بار هم گل خورد  تا در نهایت با ۵۷ امتیاز بعد از پرسپولیس بعنوان نایب قهرمانی برسد. یکی دیگر از مشخصه های این استقلال گلزنی در  تمام بازی های فصلش چه در جام حذفی، چه در آسیا و چه در لیگ برتر به جز دو بازی بود. آبی ها تنها در دو بازی در لیگ برتر موفق به گلزنی نشدند که اولین بازی دربی رفت و دومین بازی در نیم فصل دوم مقابل تراکتورسازی بود.

یکی از نتایج جالب آبی پوشان در این فصل پیروزی ۳-۲ در دربی بود. آبی پوشان در این فصل توانستند ۵ بازی پی در پی در لیگ برتر و آسیا را با پیروزی پشت سر بگذارند که این یکی از بهترین مقاطع فصل آنها بود. آبی پوشان در حالی در این فصل بهترین نتیجه را در ۵ سال اخیر به دست آورد که پنجره نقل و انتقالاتی این تیم در نیم فصل بسته بود و مشکلات فراوانی گریبان آبی پوشان را گرفته بود.

* فصل ۹۷-۹۶؛ پایان خوش
آبی ها فصل را همانند فصل قبل خوب شروع نکردند اما التهاب سکوها و گستردگی اعتراض هواداران در فضای مجازی مدیران باشگاه را تسلیم کرد تا آنها خیلی زود و در همان اوایل فصل مجاب به استخدام وینفرد شفر شوند.  استقلال در این فصل هم مثل فصل گذشته رفته رفته بهتر شد و اوج گرفت و به روزهای خوب خود رسید. اما در نهایت استقلال فصل را با ایستادن در رتبه سوم به اتمام رساند.

تیم شفر این فصل را با ۱۵ پیروزی، ۹ مساوی، ۶ شکست، ۴۳ گل زده، ۱۸ گل خورده و ۵۴ امتیاز به پایان رساند تا بعد از پرسپولیس و ذوب آهن و بالاتر از سایپا و پارس جنوبی جم در رده سوم جای گرفته باشد.

بهترین‌های استقلال در هر آیتم به شرح زیر است:

۱- بیشترین برد: فصل ۹۶-۹۵ با ۱۶ برد - سرمربی: علیرضا منصوریان

۲- کمترین شکست: فصل ۹۴-۹۳ با ۴ شکست - سرمربی: پرویز مظلومی

۳- بهترین خط حمله: فصل ۹۶-۹۵ با ۴۵ گل زده - سرمربی: علیرضا منصوریان

۴- بهترین خط دفاع: فصل ۹۷-۹۶ با ۱۸ گل خورده - سرمربی: وینفرد شفر

۵-- بیشترین امتیاز: فصل ۹۶-۹۵ با ۵۷ امتیاز: سرمربی: علیرضا منصوریان

بدترین های استقلال در هر آیتم به شرح زیر است:

۱- کمترین برد: فصل های ۹۴-۹۳ و ۹۵-۹۴ با ۱۳ برد - سرمربیان: امیر قلعه نویی و پرویز مظلومی

۲- بیشترین شکست: فصل ۹۴-۹۳ با ۹ شکست - سرمربی: امیر قلعه نویی

۳- ضعیف ترین خط حمله: فصل ۹۳-۹۲ با ۳۴ گل زده - سرمربی: امیر قلعه نویی

۴- ضعیف ترین خط دفاع: فصل ۹۴-۹۳ با ۳۴ گل خورده - سرمربی: امیر قلعه نویی

جدول رده بندی تیم های استقلال در ۵ فصل آخر حضور در لیگ برتر؛