به گزارش مشرق، دوره ولایت امام جواد(ع) در تاریخ شیعه دوره‌ای خاص محسوب می‌شود؛ امام جواد(ع) به واسطه سن کمی که داشت اغلب از سوی حاکمیت عباسی مورد آزار قرار می‌گرفت و در نهایت نیز در اوج مظلومیت به شهادت رسید.
حجت‌الاسلام روح‌الله حسینیان در بخشی از کتاب «۱۴ قرن تلاش شیعه برای ماندن و توسعه» درباره سیره علمی و ملی امام جواد(ع) می‌نویسد: در سال ۲۰۳ ق امام رضا(ع) به دستور مأمون مسموم شد و به شهادت رسید. شیعه برای اولین مرتبه با مسئله‌ای غیر مترقبه روبه‌رو شد و آن کودک بودن وصی و جانشین امام هشتم بود. اگرچه امام رضا(ع) در زمان حیاتشان ابوجعفر، محمدبن‌علی‌الثانی، معروف به جواد را به عنوان جانشین خود معرفی کرده بود؛ اما شیعیان، شهادت زودهنگام امام را پیش‌بینی نکرده بودند و امام جواد(ع) در آن موقع فقط ۸ سال داشت. در شهرهای شیعه‌نشین مانند بغداد و کوفه و بعضی از بلاد ایران متحیر شدند که چه کنند. بزرگان شیعه در بغداد در خانه عبدالرحمان‌بن‌حجاج برای عزاداری اجتماع کرده بودند. عبدالرحمن گفت: گریه را رها کنید تا مسئله رهبری را تحقیق کنیم.
تصمیم بر این شد تا ۸۰ نفر از فقهای شیعه نزد امام جواد، پسر امام هشتم بیایند و مسئله را تحقیق‌کنند. آنان به مدینه مشرف شدند و ابتدا عبدالله، عموی امام جواد(ع) را آزمودند، اما وی نتوانست مسائل آنها را پاسخ دهد. سپس نزد امام جواد(ع) رفتند و هر مسئله‌ای را که مطرح می‌کردند، حضرت پاسخ آن را مطابق نظر شیعه ابراز می‌داشت و فقها مطمئن شدند که امام جواد(ع)، امام و جانشین پدر است.
مسئله امامت امام جواد(ع) در بلاد شیعه منتشر شد و شیعیان، گروه گروه، به مدینه رهسپار و از سرچشمه فیاض الهی امام سیراب می‌شدند و حضرت به هزاران سؤال آنها پاسخ می‌داد. ازدیاد شیعه در بلاد اسلامی و رهبری امام جواد(ع) بر مأمون سخت گران آمد. او به خیال خود پس از شهادت امام رضا(ع) احساس می‌کرد که موضوع شیعه خاتمه یافته است، اما وقتی تحرک شیعه را احساس کرد، تصمیم گرفت تا همان سیاست قبلی را در پیش بگیرد. دستور داد تا امام(ع) را از مدینه به بغداد منتقل کنند و حضرت را در خانه‌ای در کنار خانه‌اش اسکان داد و ام الفضل، دخترش را به عقد امام درآورد. مأمون تلاش کرد تا در جلسه عروسی، امام(ع) را بدنام کند. از این رو دستور داد تا در حضور امام، مُخارق، نوازنده دربار، شروع به نوازندگی کند. حضرت سر بلند کرد و فریاد زد: «ای ریش‌دراز! از خدا بترس.» ضرب از دست مخارق افتاد. مأمون بعدها علت را از مخارق پرسید. وی گفت: «ابوجعفر(ع) چنان بر من فریاد کشید که از او ترسیدم و هنوز افاقه نیافته‌ام.»
از طرف دیگر، عباسیان بار دیگر مأمون را به خاطر ازدواج دخترش مورد سرزنش قرار دادند. هر چه عذر می‌آورد نمی‌پذیرفتند؛ تا اینکه دستور داد مجلسی بر پا کردند و یحیی‌بن‌اکثم، فقیه و قاضی‌القضات را دعوت کرد و قرار شد وی با امام به بحث علمی بنشیند. یحیی پرسید: «نظر شما درباره صید محرم چیست؟» امام(ع) ۱۰ سؤال فرعی بر این سؤال افزود: «آیا صید را در حرم کشته یا خارج از آن؟ صیاد، حُکم را می‌دانسته یا نه؟...» و آنگاه امام(ع) پاسخ تمام فروع مسئله را بیان کرد. یحیی به لکنت افتاد و مأمون گفت: «این خانواده بزرگ و کوچک ندارد؛ همه اهل علم‌اند و پایین بودن سن، مانع کمال علمی آنها نیست.» امام(ع) پس از مدتی آزاد شد و به مدینه بازگشت و در آنجا به تبیین مسائل دینی پرداخت. شیخ طوسی، ۱۱۴ راوی مرد و ۲ راوی زن برای امام(ع) نام برده است که از حضرت روایت نقل کرده‌اند. در اثر تلاش رهبران شیعه، در این زمان شیعیان آشکارا اعمال عبادی خود را مطابق فقه خودشان به‌جای می‌آوردند. راویان نقل کرده‌اند: «ابوجعفر ثانی (امام جواد)(ع) نماز مغرب را درمسجد دارالمسیب بغداد امامت کرد و قنوت را طبق نظر اهل بیت، قبل از رکوع به‌جا آورد.»
مأمون در سال ۲۱۸ ق به هلاکت رسید و معتصم جانشین او شد. معتصم از همان ابتدای حکومتش بنای بدرفتاری با شیعیان را گذاشت. محمدبن‌قاسم، یکی از علویان که از عباد، زهاد و پارسایان عصر خویش بود مورد اذیت معتصم قرار گرفت. عده‌ای از مردم خراسان به رهبری یکی از شیعیان ایرانی به نام ابومحمد به مدینه آمدند و با او پیمان بستند تا برضد حکومت مرکزی قیام کنند. آنها به جوزجان (گرگان) و از آنجا به‌طالقان رفتند. در سال ۲۱۹ قیام خود را آغاز و مردم را به «الرّضا من آل محمد» دعوت کردند. عبدالله‌بن‌طاهر، والی خراسان، برای سرکوبی قیام دست به لشکرکشی زد و پس از جنگ‌های متعدد، محمد شکست خورد و به نساء فرار کرد. سرانجام دستگیر و زندانی شد و از زندان متواری شد. سال بعد معتصم امام را به بغداد احضار کرد و با توطئه‌ای امام را مسموم و به شهادت رساندند.
شیعه در زمان امام جواد(ع) به یک حزب قدرتمند تبدیل شده بود، خصوصاً بغداد یکی از پایگاه‌های تشیّع شده بود. معتصم تصمیم داشت امام(ع) را بدون تشییع جنازه دفن کنند، اما همین که خبر شهادت امام(ع) به شیعیان بغداد رسید، اطراف خانه امام(ع) تجمع کردند و جنازه امام ۲۵ ساله‌شان را از منزل بیرون آوردند و با هم، پیمان شهادت بستند و مسلحانه بدن امام را تشییع کردند. حضرت را در مقابر قریش، کنار جدش موسی‌بن‌جعفر(ع) به خاک سپردند.