به گزارش مشرق، وی در سال ۱۹۵۱ در شهر المعادی در نزدیکی قاهره زاده شد. نام کامل او ایمن محمد ربیع مصطفی عبدالکریم الظواهری است و خانواده او در روستای کفر الشیخ الظواهری در شهر ههیا در استان «الشرقیه» واقع در شمال مصر اقامت گزیدند. پدر ایمن الظواهری محمد ربیع الظواهری، استاد داروسازی در دانشکده پزشکی، دانشگاه عین شمس بود که در سال ۱۹۹۵ درگذشت.
برادر او محمد ربیح الظواهری ملقب به ابو ایمن المصری است و از رهبران القاعده است. برادر کوچکتر او حسین الظواهری، مهندس برنامه ریزی و خواهرش هبه الظواهری که استاد انکولوژی در انستیتوی ملی سرطان در دانشگاه قاهره است.
پدربزرگ مادری او، عبدالوهاب عزام، نویسنده و استاد ادبیات دانشگاه «الشرقیه»، رئیس دانشکده هنر دانشگاه قاهره و عضو آکادمی زبان عربی در قاهره بود.
ایمن الظواهری که یک پزشک بود، در اواخر دهه شصت میلادی قبل از پیوستن به دانشکده پزشکی که در سال ۱۹۷۵ از آن فارغ التحصیل شد، به سازمان الجهاد پیوست.
او در سال ۱۹۸۱ به اتهام داشتن انبار اسلحه غیرقانونی در مصر بازداشت و به سه سال زندان محکوم و در سال ۱۹۸۵ از زندان آزاد شد. در نیمه دوم دهه هشتاد به افغانستان رفت در آنجا با بن لادن آشنا شده و به القاعده پیوست.
او پیش از کشته شدن بن لادن، به عنوان نفر دوم شبکه القاعده بوده و گفته می شود در جریان بمب گذاری‌های ۷ اوت ۱۹۹۸ در سفارتخانه‌های آمریکا در دارالسلام (تانزانیا) و نایروبی (کنیا)، حمله به کشتی جنگی یواس‌اس کول، حملهٔ ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ به مرکز تجارت جهانی و پنتاگون نقش موثر داشته و تحت تعقیب بین‌المللی قرار داشت.
ایمن الظواهری مطابق قطعنامه ۱۲۶۷ شورای امنیت سازمان ملل به دلیل آنچه که عضویت مؤثر گروه القاعده نامیده شد، در فهرست سیاه و تحریم شده بود.
همچنین وزارت امور خارجه آمریکا ۲۵ میلیون دلار جایزه نقدی را برای اطلاعاتی که به دستگیری یا کشته شدن او منجر شود، اختصاص داده بود.