بعدها برخی توضیحات مسئولان نشان داد که سخنان وزرای علوم چه سرپرست قبلی و چه سرپرست فعلی خالی از حقیقت است و این استعلام‌ها در انتصابات لحاظ نشده است.
البته وزیر اطلاعات در حضور خود در کمیسیون آموزش مجلس به این نکته اشاره کرد که برخی انتصابات علی‌رغم جواب منفی استعلام وزارت اطلاعات انجام شده است که در همان زمان این مسئله مطرح بود که کدامیک از این انتصابات در این مجموعه قرار می‌گیرد.
برخی گزارش ها نشان می‌دهد که حداقل چهار تن از مدیران وزارت علوم از استعلام وزارت اطلاعات سربلند بیرون نیامدند.
مدیرانی که برخی از آن ها بر سرکار هستند و برخی دیگر از آنان نیز فعال هستند و به کار خود ادامه می دهند.
*مشاور وزیر و رئیس مرکز هیات‌های امنا و هیات‌های ممیزه وزارت
سعید سمنانیان در آبان ماه سال جاری به عنوان مشاور وزیر و رئیس مرکز هیات های امنا و هیات های ممیزه وزارت علوم با حکم فرجی دانا منصوب شد.
سعید سمنانیان استاد رشته علوم اعصاب دانشگاه تربیت مدرس و از سوابق اجرایی وی می توان به معاونت پژوهشی، مسئول بخش فیزیولوژی دانشکده علوم پزشکی و عضویت در شورای پژوهشی دانشکده پزشکی دانشگاه تربیت مدرس ، مسئول مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک دانشگاه تهران اشاره کرد.
با این حال استعلامات وزارت علوم نشان می دهد که مراجع ذی صلاح حضور وی را در این سمت تایید نمی کنند.
نامه عدم صلاحیت سمنانیان درباره بکارگیری وی در سازمان امور دانشجویان
*رئیس مرکز جذب اعضای هیئت‌علمی وزارت علوم
علی مقاری در روز 12 آبان‌ماه با حکم فرجی‌دانا وزیر علوم، تحقیقات و فناوری جانشین محمدرضا مردانی به سمت سرپرست مرکز جذب وزارت علوم منصوب شد.
با این حال حضور مقاری تنها سه روز به این سمت منصوب شد و سپس عبدالحسین فریدون به به عنوان رییس جدید این مرکز معرفی شد.
به نظر می رسد مخالفت مراجع ذی صلاح امنیتی باعث برکناری وی از این سمت شد.
نامه عدم صلاحیت مقاری برای بکار گیری در سمت مربوطه
*مشاور وزیر و مدیرکل دفتر ارزیابی عملکرد و پاسخ‌گویی
محمود صادقی مشاور وزیر و مدیرکل دفتر ارزیابی عملکرد و پاسخ‌گویی در آبان ماه سال جاری به این سمت منصوب شده است میز مورد تایید دستگاه های ذی صلاح نمی‌باشد.
نامه عدم صلاحیت صادقی در سمت مربوطه
*معاون وزیر و رئیس سازمان امور دانشجویان
مجتبی صدیقی نیز به عنوان رییس سازمان امور دانشجویان در آبان ماه سال جاری منصوب شده است.
معاونت دانشجویی وزارت علوم ، معاونت فرهنگی آموزشی سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور ، مدیرکلی بورس و امور دانشجویان خارج وزارت علوم و معاونت دانشجویی دانشگاه صنعتی امیرکبیر از جمله سوابق اجرایی وی است.
با این حال صلاحیت وی نیز از سوی دستگاه های امنیتی تایید نشده است.
نامه عدم صلاحیت صدیقی در سمت مربوطه
*معاون آموزشی وزیر علوم
پس از انتصاب جعفر میلی منفرد به سمت معاونت آموزشی وزارت علو پس از عدم تایید صلاحیت وی یکی از مهم ترین مسائل موجود درباره انتصاب وی به این سمت بحث تایید صلاحیت وی برای این سمت بود.
فرجی دانا در جلسه با کمیسیون آموزش وزارت علوم این این مسئله را عنوان کرده است که صلاحیت وی توسط وزارت دوران مصلحی تایید شده است.
در حالی که استعلام کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس عکس این مطلب را نشان می دهد.
جواب مصلحی وزیر سابق اطلاعات به کمیسیون امنیت ملی
*چرا ناخشنودی؟
حال سئوال اینجا است که با این شواهد مسلم می توان انتظار داشت که وزیر از کارت زرد نمایندگان مجلس ناخشنود باشد و نسبت به این مسئله خلاف این قضیه را نشان دهد.
*فارس