پس از پیروزی انقلاب اسلامی و با گسترش دامنه آتش فتنه داخلی، «رستمی» از سوی ارتش به کردستان اعزام و در آن جا با «دکتر مصطفی چمران آشنا» شد. وی در آبان 1358 شمسی در کردستان مجروح شد و 9 ماه در بستر افتاد. در همین ایام بود که دکتر چمران، بارها به عیادت او رفت و هم‌چنین نامه‌ای به او نوشت که نشان از ارادت و محبت عمیق آن عارف وارسته به «ایرج رستمی» داشت. متن نامه مزبور به این قرار است:
بسم الله الرحمن الرحیم
دوست عزیزم! آقای رستمی قهرمان پرافتخار ما
هر وقت که به تو فکر می کنم از شدت شوق قلبم می لرزد و اشک به چشمانم حلقه می زند.
امیدوارم که هر چه زودتر، صحت و سلامت خود را بازیابی و با هم در کوه ها و دشت ها و دره ها و در خطرناک ترین سنگرها برای پاسداری از ایران و انقلاب فداکاری کنیم.
دوست‌دار تو
دکتر چمران
دوستی و هم راهی میان دکتر چمران و سرگرد «ایرج رستمی» تا آخرین روز حیاتِ این افسرِ مومن، پایدار ماند. با آغاز جنگ تحمیلی راهی جبهه‌های حق علیه باطل شد و پس از مدتی به دستور شهید چمران مرکز آموزش نیروهای ستاد جنگ‌های نامنظم را راه‌اندازی کرد و مسئولیت ستاد آن مرکز در منطقه «درب خزینه» از سوی شهید «چمران» بر عهده وی گذاشته شد. پس از مدتی، «ایرج رستمی» جانشین شهید چمران در فرماندهی ستاد جنگ های نامنظم شد و مرد شماره 2 این گروه گردید.
رهبر انقلاب اسلامی، «حضرت آیت الله خامنه ای» در توصیف شهید «ایرج رستمی» گفته است:
«معروف بود در دوران دفاع مقدس میگفتند فلانی نور بالا میزند، روشن است؛ یعنی بزودی شهید خواهد شد. این نورانیتِ حضور بسیجی بود؛ این را من خودم مشاهده کردم؛ نه یک بار و دو بار. یک موردی که مربوط به همین استان شماست، بد نیست عرض کنم. یک سرگرد ارتشی که بعد ما فهمیدیم ایشان اهل آشخانه است - سرگرد رستمی - به میل خود، به صورت بسیجی آمده بود در مجموعه‌ی گروه شهید چمران، آنجا فعالیت میکرد. بنده مکرراً او را می ددیدم؛ می‌آمد، می رفت. یک شبی با مرحوم چمران نشسته بودیم راجع به مسائل جبهه و کارهائی که فردا داشتیم، صحبت میکردیم؛ در باز شد، همین شهید رستمی وارد شد. چند روزی بود من او را ندیده بودم. دیدم سرتاپایش گل‌آلود است؛ این پوتینها گل‌آلود، بدنش خاک‌آلود، صورتش خسته، ریشش بلند؛ اما چهره را که نگاه کردم، دیدم مثل ماه میدرخشد؛ نورانی بود. روزهای قبل، من این حالت را در او ندیده بودم. رفته بود در یک منطقه‌ی عملیاتی، آنجا فعالیت زیادی کرده بود؛ حالا آمده بود، میخواست گزارش بدهد. او بعد از چندی هم به شهادت رسید. ارتشی بود، اما آمده بود بسیجی وارد میدان شده بود؛ فعالیت میکرد، مجاهدت میکرد، حضور فداکارانه داشت - در همان مجموعه‌ی بسیجىِ شهید چمران - بعد هم به شهادت رسید.»
ایشان در جمع دیگری، مجددا از شهید رستمی یاد کرده و فرموده اند:
«مرحوم شهید رستمی - که او هم از شهدای خراسان است؛ یک فرد روستائی و به ظاهر عامی - توی جمعی که فرماندهان درجه‌ی یک نشسته بودند و رئیس جمهور وقتِ آن روز هم نشسته بود، آمد صحبت کرد و گزارش میدان جنگ داد، جوری که همه‌ی این فرماندهان رسمی ای که نشسته بودند مبهوت شدند! »
«ایرج رستمی» سرانجام در بامداد روز 31 خرداد 1360 شمسی، با آتش دشمن بعثی، در منطقه دهلاویه بال در بال ملائک گشود. «دکتر مصطفی چمران» چند ساعت بعد، پس از دریافت خبر شهادت معاونش، این جملات را بر زبان آورد:
«خدا «رستمی» را دوست داشت و برد، اگر ما را هم دوست داشته باشد، می‌برد».
تنها چند ساعت پس از آن، «مصطفی چمران» با خون خویش وضوگرفت و به دوست عزیزش ملحق شد.
روحمان با یادشان شاد
هدیه به ارواح بلندپروازشان صلوات
اللهم صل علی محمد و آل محمد و عجل فرجهم
هدیه به ارواح بلندپروازشان صلوات
اللهم صل علی محمد و آل محمد و عجل فرجهم
شهید «ایرج رستمی» (با دوربین به گردن)
شهید «ایرج رستمی» (با دوربین به گردن)، شهید «ناصر فرج الله» نیز در تصویر دیده می شود
شهید «ایرج رستمی» (با چفیه به گردن)
شهید «ایرج رستمی» (نفر اول از چپ)