پس از این بود که زندگی و مبارزات مخفیانه وی با حکومت پهلوی آغاز شد. آن‌ها که از یافتن اندرزگوی مبارز مایوس شده بودند در محاکمه‌ای غیابی، رای به اعدام وی دادند.
اندرزگو برای ادامه دادن فعالیت‌های مبارزاتی خود، راهی کشور عراق شد و در كنار امام خمینی(ره) به مبارزه ادامه داد اما پس از مدتی دوباره به ایران بازگشت و به صورت جدی‌تری به فعاليت‌هاي انقلابي پرداخت.
دستگیری یکی از دوستانش در سال 1351 و اعتراف او به رابطه با اندرزگو موجب تحت تعقیب قرارگرفتن وی به مدت 6 سال شد. در نهایت، دوم شهريور 1357 در جریان محاصره‌ای خیابانی این مبارز انقلابی که اسنادی را با خود حمل می‌کرد، به شهادت رسید.
وی پیش از شهادت، توانست بعضی اسنادي كه در جيبش پنهان کرده بود، در دهان گذاشته و بجود و بعضي ديگر را به خون آغشته كند تا به دست ماموران ساواک نيفتد.
بر اساس جستجو در سایت موسسه خانه کتاب، آثار منتشر شده درباره شهید اندرزگو به شرح زیر است:
1. گذري بر زندگي شهيد حجت‌الاسلام و المسلمين سيدعلي اندرزگو
محمدجواد هوشيارحاجيان‌يزدي ؛ ويراستار: محمدرضا نجفي - آواي كلك - 160 صفحه - رقعي (شوميز) - چاپ 1 سال 1390 - 2000 نسخه - 39000 ريال
2. شهيد سيدعلي اندرزگو، زمانه و زندگي
- كتاب سبز - 30 صفحه - بياضي (شوميز) - چاپ 1 سال 1389 - 1000 نسخه - 9000 ريال
3. به كي مي‌گن قهرمان: روايتي داستاني از زندگي شهيد سيدعلي اندرزگو
نرگس آبيار - شركت انتشارات سوره مهر - 96 صفحه - رقعي (شوميز) - چاپ 1 سال 1388 - 2500 نسخه - 16000 ريال
4. فضيلت‌هاي ماندگار: مفاخر شهداي روحانيت خراسان: شهيد حجت الاسلام و المسلمين سيدعلي اندرزگو
محمدجواد هوشيارحاجيان‌يزدي - سخن گستر - 144 صفحه - رقعي (شوميز) - چاپ 1 سال 1386 - 2000 نسخه - 15000 ريال
5. شهيد اندرزگو
رضا زنگي‌آبادي - سازمان پژوهش و برنامه ريزي آموزشي، انتشارات مدرسه - 74 صفحه - پالتويي (شوميز) - چاپ 1 سال 1385 - 3000 نسخه - 5000 ريال
6. ستاره شمال: زندگينامه داستاني شهيد سيدعلي اندرزگو
ناهيد سلماني ؛ ويراستار:احمد بروجردي - سوره مهر - 192 صفحه - رقعي (شوميز) - چاپ 1 سال 1381 - 4400 نسخه - 11000 ريال
7. سفر صبح: زندگينامه شهيد سيدعلي اندرزگو
محمد عزيزي - نشر شاهد - 454 صفحه - رقعي (شوميز) - چاپ 1 سال 1379 - 3000 نسخه - 14000 ريال
8. حماسه شهيد اندرزگو (بر اساس اسناد و خاطرات)
تدوين: مركز اسناد انقلاب اسلامي - مركز اسناد انقلاب اسلامي - 268 صفحه - وزيري (شوميز) - چاپ 1 سال 1379 - 3000 نسخه - 10000 ريال
9. «سردار سرفراز» شهيد حجه‌الاسلام و المسلمين سيدعلي اندرزگو
- مركز بررسي اسناد تاريخي وزارت اطلاعات - 562 صفحه - وزيري (شوميز) - چاپ 1 سال 1377 - 5000 نسخه - 19000 ريال