حسن روحانی که به تدوین برنامه ششم توسعه از سوی مجمع تشخیص معترض بوده، تاکید کرده که دولت باید به تدوین این برنامه بپردازد که با مخالفت هاشمی‌رفسنجانی و اعضای مجمع مواجه شده است و پس از این جلسه دیگر در جلسات مجمع شرکت نکرده است.
رئیس‌جمهور که یکی از اعضای حقوقی مجمع است باید در جلسات حضور داشته باشد اما وی نیز همچون محمود احمدی‌نژاد رئیس‌جمهور سابق، غیبت‌های زیادی در این زمینه دارد و به بهانه مشغله کاری در جلسات مجمع شرکت نمی‌کند.
در همین زمینه حجت‌الاسلام محمود محمدی عراقی عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام، درباره علت غیبت روحانی در جلسات مجمع، اظهار داشت: این مسئله در همین جلسه اخیر از سوی آقای هاشمی مطرح شد؛ وقتی بحث سیاست‌های برنامه ششم توسعه در مجمع مطرح شد، آقای روحانی معتقد بود که تعیین این سیاست‌ها از وظایف دولت است و نباید مجمع در این مسئله ورود کند اما اکثر اعضای مجمع خواستند که مجمع درباره این سیاست‌ها ورود پیدا کند، لذا آقای روحانی بعد از آن جلسه دیگر در جلسات مجمع شرکت نکردند.
وی در پاسخ به این سوال که آیا ایشان به دلیل اعتراض به این روند مجمع از حضور در جلسات امتناع می‌کند، گفت: از صحبت‌های آقای هاشمی اینطور استفاده می‌شد، که انگار آقای رئیس‌جمهور وقتی نظر اعضای مجمع این گونه شد، قهر کردند و به مجمع نیامدند.
حجت‌الاسلام محمدی عراقی در عین حال به موضع سخنگوی دولت درباره علت غیبت روحانی اشاره کرد و یادآور شد: نماینده دولت گفته است که این غیبت فقط به خاطر مشغله کاری بوده است چراکه ممکن است مجمع چندین ساعت درباره یک ماده بحث کند؛ بنابراین دلیل‌شان این بود که البته واقعیت این نیست.