ادامه مقاومت‌های شجاعی در مقابل استعفا از ریاست فدراسیون تیراندازی با کمان و عدم پایبندی وی به قولی که برای استعفا از فدراسیون داده بود، باعث شد وزارت ورزش و جوانان و البته سازمان بازرسی کل کشور در این مسئله ورود کنند و در نهایت هم وزارت ورزش خواستار برگزاری انتخابات این فدراسیون شد.
در مرحله نخست، فدراسیون تاریخ ثبت‌نام از کاندیداها را اعلام کرد تا 12 نفر برای ریاست این فدراسیون ثبت‌نام کنند. با پایان بررسی صلاحیت کاندیداها، وزارت ورزش و جوانان 18 آبان ماه را به عنوان زمان برگزاری انتخابات این فدراسیون اعلام کرد اما این زمان چندان برای شجاعی خوشایند نبود. شجاعی معتقد بود که به دلیل همزمانی این انتخابات با مسابقات قهرمانی آسیا در تایلند، او و ورزشکاران در این انتخابات حضور ندارند. شجاعی برای اثبات ادعای خود راهی وزارت وررش و جوانان و خواستار تاخیر در برگزاری انتخابات شد اما از آنجا که مسئولان وزارت ورزش معتقد بودند حضور شجاعی در تایلند ضرورتی ندارد، زمان انتخابات را تغییر ندادند.
شجاعی پس از چند روز رفت و آمد در وزارت ورزش و جوانان و تلاش برای تغییر مسیر انتخابات متوجه شد که عزم وزارتخانه برای برگزاری انتخابات جزم است و شاید پس از دو سال این پایان راه برای رئیس دوشغله بود.
شجاعی پس از دو سال کش و قوس برای ماندن در فدراسیون تیراندازی با کمان، خود را در پایان راه دید و از خزانه‌داری کمیته ملی المپیک استعفا کرد تا وزارت ورزش و جوانان را از برگزاری انتخابات منصرف و کمیته ملی المپیک را در کمتر از 9 ماه مانده تا المپیک بدون خزانه‌دار رها کند.
در ابتدای امر همه نگاه‌ها به سمت اعضای هیئت اجرایی کمیته ملی المپیک بود تا تائید و یا عدم تائید استعفای شجاعی را اعلام کنند اما در پایان نخستین نشست هیئت اجرایی کمیته ملی المپیک و در حالی که شجاعی با خیال آسوده راهی تایلند شده بود، شهنازی دبیرکل کمیته ملی المپیک گفت: «استعفای محمدعلی شجاعی پس از اخذ نظر مشورتی وزیر ورزش و جوانان در نشست بعدی هیئت اجرایی کمیته ملی المپیک اعلام می‌شود.»
تصمیمی که البته هنوز اتخاذ نشده و کیومرث هاشمی، رئیس کمیته ملی المپیک همچنان منتظر برگزاری نشست با وزیر ورزش است. کمیته ملی المپیک با این تصمیم وضعیت استعفای شجاعی را بر عهده وزارت ورزش گذاشت در حالی که بسیاری معتقد بودند که از نظر کمیته ملی المپیک مانعی برای عدم پذیرش استعفای شجاعی وجود ندارد.
با لغو برگزاری انتخابات فدراسیون تیراندازی با کمان، خبری منتشر شد که حکایت از نامه درخواست 27 نفر از اعضای مجمع فدراسیون تیراندازی با کمان برای برگزاری مجمع فوق‌العاده و بررسی اساسنامه این فدراسیون داشت و طبق اساسنامه نیز باید تا دو هفته تاریخ برگزاری این مجمع از سوی وزارت ورزش اعلام می‌شد اما این پرونده ظاهرا در وزارت ورزش و جوانان مسکوت مانده و آنها برای تصمیم در این خصوص در بین دو راهی قرار گرفته‌اند.
شجاعی معتقد بود که این تعداد امضا وجود ندارد و تعداد آن حتی کمتر از انگشتان یک دست است اما اخبار حکایت از افزایش تعداد این امضاها دارد. رئیس فدراسیون فدراسیون تیراندازی با کمان هنوز این امضاها را ندیده و از طرفی هم در تلاش است هیئت‌های حاضر در این لیست را شناسایی کند. شجاعی حتی با روسای هیئت‌های استانی تماس گرفته اما آنها امضای خود برای برگزاری مجمع فوق‌العاده را رد کرده‌اند.
طولانی‌تر شدن روند رسیدگی به درخواست اعضای مجمع باعث شده این موضوع رو به فراموشی برود و مطمئناً بی‌تفاوتی وزارت ورزش در مقابل درخواست اعضای مجمع منطقی نیست و تاخیر بیشتر در اعلام زمان مجمع می‌تواند تنها به سود شجاعی باشد که با تصمیمش ورزش ایران را در شرایط دشواری آن هم در سال منتهی به المپیک قرار داد.
در حال حاضر دبیر و نایب رئیس فدراسیون برای حضور در انتخابات فدراسیون از سمت خود استعفا کرده‌اند و کارها توسط سرپرست پیگیری می‌شود که این امر به صلاح این ورزش نخواهد بود. در هر حال وزارت ورزش و جوانان و کمیته ملی المپیک باید تصمیمی قاطع در این باره بگیرند.