پس از پیروزی انقلاب٬ مهم‌ترین چرخش سیاسی سازمان مجاهدین خلق با تحریم رفراندوم قانون اساسی آغاز شد. آنها مانند سایر گروههای مخالفِ انقلاب به شكل برگزاری رفراندوم كه از سوی امام(ره) تعیین شده بود، اعتراض كردند و آن را تقابل با اسلام دانسته و صراحتاً محكوم كردند.
در آن زمان٬ رابطه بنیصدر و سازمان مجاهدین خلق، خصوصاً پس از اعلام تغییر ایدئولوژیك سازمان در سال 1354 رابطه‌ی خوبی نبود. بنیصدر سازمان را التقاطی می‌‌دانست و اولین كسی بود كه عنوان منافق را برای آنها به كار برد و كتابی به نام «منافقان از دیدگاه ما» نوشت. سازمان هم بنیصدر را «آخوند بی‌عمامه» و «جلاد كردستان» می‌نامید. اما جریانهای بعدی انقلاب كم‌كم مواضع سازمان و بنیصدر را نسبت به هم تغییر داد تا جایی كه با هم متحد شدند. شروع این تغییر مواضع با رد صلاحیت مسعود رجوی از انتخابات ریاستجمهوری و برهم‌‌خوردن برنامه‌ی سازمان برای كسب قدرت كلید خورد.
در دی ماه 1358، رجوی برای ریاستجمهوری نامزد شد، اما به علت آنكه سازمان و رجوی به قانون اساسی رأی نداده بودند و امام (ره) اعلام كرد كسانی كه به قانون اساسی رأی نداده‌اند، نمی‌‌توانند كاندیدا شوند، رجوی بهناچار از كاندیداتوری كناره گرفت.
بنیصدر در اقدامی زیركانه اعلام كرد كه رجوی دارای پایگاه مردمی بوده و با كنار گذاشتن او مخالف بوده است:«... من با این كار مخالف بوده و هستم [حذف رجوی]... من فكر می‌كنم آنهایی كه این مسئله را به وجود آوردند قصد داشتند اوضاع نامساعدی برای انتخابات ایجاد كنند و جای خوشوقتی است كه طرفداران مسعود رجوی ایجاد تشنج نكردند و عاقلانه رفتار كردند و من از ایشان تشكر می‌كنم...»
موضع‌گیری جانبدارانه‌ی بنیصدر در آن زمان تلاش آشكاری برای جلب حمایت سازمان و آرای هواداران آن به شمار می‌رفت. در واقع اولین طلیعه‌ی تعامل بنیصدر و رجوی با این موضع‌گیری نمایان شد. رجوی اعلام كرد كه هواداران سازمان چنانچه تمایل داشته باشند می‌توانند به بنیصدر رأی بدهند و رهبری سازمان مخالفتی ندارد.
محمدرضا عدالتیان، یكی از اعضای سازمان مجاهدین خلق در این باره می‌نویسد: سازمان منتظر نتایج انتخابات شد و بلافاصله پس از انتخاب بنیصدر هواداران سازمان در نقش طرفداران فعال بنیصدر شروع به كار كردند. پس از انتخاب بنیصدر فقط تعداد اندكی از نشریه سازمان برای فروش باقی ماند و كار روزانه‌ی اعضای سازمان تظاهرات به نفع بنیصدر و درگیری با حزب‌اللهی‌ها بود. بنیصدر از شخصیت متزلزلی برخوردار بود، كافی بود به او گفته شود «آقای رئیس‌جمهور» و آن وقت دیگر بهترین فرد در نظرش شناخته می‌‌شدی.
البته تنها رد صلاحیت رجوی در انتخابات ریاستجمهوری عامل اتحاد بین منافقین و بنیصدر نبود، بلكه بنیصدر از ابتدای ورود به ایران درصدد نزدیكی با منافقین برآمده و ساعت های مشخصی را به اصطلاح جهتِ بحثِ ایدئولوژیك قرار داده بود و از طرف دیگر منافقین با تحلیلی از بنی صدر به عنوان «یك نیروی خرده بورژوازی با خصلت لیبرالی ضدارتجاعی» تز نزدیكی با وی و جذب او را میدادند. وجود مشتركاتی از این قبیل عامل مهمی در جهتِ نزدیك‌شدن بنیصدر و منافقین شد.
در آن ایام امام خمینی رهبر انقلاب اسلامی كه علاوه بر ارائه‌ی اندیشه‌ی سیاسی بر مبنای اسلام، در عمل نیز به نهادسازی و هدایت انقلاب می‌پرداختند و مدیریت انقلاب را در كوران حوادث و مشكلات برعهده داشتند٬ با تصمیم‌گیری‌های خود نقش اساسی در حلِ مشكلات پیچیده و مسائل مهم و حیاتی انقلاب ایفا كردند. فتنه‌ی نفاق كه با پیوند بنیصدر و سازمان مجاهدین خلق در نخستین سال‌های پیروزی انقلاب روی داد، یكی از مسائل مهم و اساسی جامعه‌ی ایران در سال‌های 1358 تا 1360 است.
چند ماهی از پیروزی بنیصدر در انتخابات ریاست جمهور نگذشته بود كه وی مواضع تندی را علیه انقلاب و شخصیت‌های انقلاب و حزب جمهوری اسلامی اتخاذ كرد. با بروز اختلاف‌ها در مسائل مختلف مملكت بین رئیس‌جمهور و جناح وی و مجلس، كه اكثریت آن اعضای حزب جمهوری اسلامی بودند، امام آنها را به وحدت و رفع اختلافات دعوت كرد و در سخنرانی‌های خود از هر دو جناح حمایت كرد. این نوع برخورد امام مخصوصاً بعد از شروعِ جنگ تحمیلی ناشی از درنظرگرفتن شرایط ویژه‌ی جامعه بود كه همه‌ی نیروهای داخلی باید برای مبارزه با دشمن خارجی اختلافات خود را به كمترین حد ممكن برسانند. افراد و جناح‌ها طی نامه و پیام‌هایی به امام به طور ضمنی خواستار مؤاخذه‌ی طرف مقابل خود می‌شدند. در بسیاری از موارد امام با اذعان به اینكه برخورد با این موارد در اختیار او نیست و بهتر است از طریق قانونی به حل اختلافات خود بپردازند، سعی می‌نمودند بی‌طرفی خود را نشان دهند.
تدبیر امام خمینی (ره) در ماجرای بنیصدر
تا پایان سال 59 حضرت امام متناسب با مسائلی كه در جامعه ایجاد می‌شد و چالش بین جناح‌ها را به وجود می‌آورد، همواره سعی كردند با توجه به شرایط خاص جامعه به‌عنوان یك وزنه تعادل ایجاد كنند و بی‌طرف باشند. در ماجرای بزرگداشت روز 17 شهریور در میدان شهدا٬ بنی صدر در سخنانی، از اقلیتی سخن گفت كه قصد تسخیر امور سیاسی و نظامی كشور را دارند و اولین هدف آنها رویارویی با رئیس‌جمهور و ازمیان‌بردن قدرت اوست. او گفت كه آنان مترسك می‌تراشند، القای شبهه می‌كنند و دائم این گروه و آن گروه را پیش می‌كشند تا مردم بترسند. در واكنش به این اظهارات و پس از كسب تكلیف هاشمی از حضرت امام٬ ایشان بدون جانبداری وبا توجه به تخلفِ بنیصدر از دستور حفظ حرمتِ دیگران، شخصیت‌های انقلابی را در جواب گفتن آزاد گذاشتند.
بنیصدر سخنان تنش‌زای خود را در عاشورای همان سال و 22 بهمن نیز ادامه داد اما اوج این سخنان كه به درگیری‌های خیابانی نیز منجر شد٬ در 14 اسفند ماه و به مناسبت سالگرد فوت مصدق ایراد شد.
در این غائله٬ شعارهای عمده‌ی یك طرف علیه شهید بهشتی و حزب جمهوری اسلامی و طرف دیگر علیه بنیصدر، مجاهدین خلق و ملی‌گراها بود. در این میان، بنیصدر به جای جلوگیری از تشدید درگیری‌ها و خاتمه‌دادن به آن، با سخنانی تحریك‌آمیز، بر شدت درگیری‌ها افزود. نیروهای محافظ او هم به همراه شبهنظامیان مجاهدین خلق، متشكل از میلیشیای دختر و پسر، به یكباره به كسانی كه شعارهای اسلامی و انقلابی میدادند و تصاویر امام را به همراه داشتند، یورش بردند و آنان را دستگیر كردند. بنیصدر نیز آنها را وابسته به نهادهای انقلابی و گروههای مذهبی معرفی كرد و جمعیتی را كه با شعارهای ضدانقلابی به ضرب و شتم بچهمذهبیها پرداخته بودند، با هیجان و شدتِ عمل بیشتر هدایت می‌كرد و این كار تا پایان مراسم ادامه یافت و در نتیجه ده‌ها زخمی و مجروح برجای ماند. پخش مستقیم این مراسم از تلویزیون و نشان‌دادن ضرب و شتم نیروهای انقلابی و پرت‌كردن خانمها از بالای دیوارها كه با شعارهای ضدانقلابی مجاهدین خلق همراه بود، خشم عمومی را علیه رئیس‌جمهور و هوادارانش برانگیخت.
این حوادث، علاوه بر اعتراضات گسترده در جامعه، خشم اكثریتِ نمایندگان مجلس را هم برانگیخت و تا طرح استیضاح رئیس‌جمهور پیش رفت. پس از سخنرانی بنیصدر، امام خمینی سعی كردند با نصیحت‌های پدرانه تا حد امكان با بنیصدر و منافقان اتمام‌حجت نمایند. منافقان نصایح امام و دادن فرصت برای برگشتن به آغوش اسلام و ملت و اتمام حجت‌ها را دلیل بر ضعف امام دانسته و گمان كردند كه امام به علت مسائل جنگ مجبور به عقب‌نشینی شده است. آنان چنین تحلیل می‌كردند كه اگر ما قدرت در دست‌مان بود هرگز اجازه نمی‌دادیم پس از آنچه در 14 اسفند رخ داد دشمنان ما باز هم در صحنه باشند. بنابراین علتِ در صحنه بودن مجدد بنیصدر و قدرت ما در تحریك و تظاهرات و راه‌پیمایی و ضربه‌زدن به انقلاب اسلامی به دلیل ضعف جمهوری اسلامی به رهبری امام است.
پس از غائله‌ی 14 اسفند، بسیاری انتظار داشتند كه امام تندتر از سابق با بنیصدر برخورد كند ولی ایشان برای اتمام حجت و نجات بنیصدر از چنگال منافقین، در تاریخ 25 اسفند طی یك بیانیه‌ی 10 ماده‌ای٬ مجدداً بر فرماندهی كل قوای بنیصدر تأكید نمودند تا شاید بنیصدر به خود آید. ایشان از سران مملكت خواستند تا سعی كنند تا پایان جنگ موضع‌گیری و سخنرانی‌ای نكنند كه باعث اختلاف و درگیری شود. همچنین امام سایر نهادها نظیر مجلس و قوه قضائیه را هم مشروع و قانونی خواندند و تعرض به آنها را غیرقانونی اعلام كردند. از سوی دیگر هیئتی مركب از نمایندگان طرفین و نماینده‌ی خود تشكیل دادند كه ترمزی برای كارهای خلاف قانون باشد.
منافقین و بنیصدر و دیگر گروهك‌های ضدانقلاب٬ در وهله‌ی اول به نظر می‌رسید كه از این فرمان بسیار راضی و خشنود باشند. اما امام با درایت كافی بنیصدر را در چارچوب قانون محصور و مورد حمایت و تأیید قرار داده بودند. بنابراین بنیصدر هرگاه می‌خواست عملی خارج از محدوده‌ی خود انجام دهد، خلاف فرمان امام و خلاف قانون بود و باعث افشای او می‌شد. بُعد دیگر فرمان امام ممنوع‌الكلام كردن همه‌ی مسئولان بود و این فرصت را ایجاد می‌كرد كه مردم در آرامش بیشتری بتوانند مسائل و عملكردها را ببینند.
از سویی دیگر امام كه از حمایت‌های مجاهدین خلق از بنیصدر آگاه بود و او را بدون منافقین عملا دارای ظرفیتی برای آشوب و اغتشاش نمی‌دید٬ تلاش كرد تا با نصایحشان٬ مجاهدین را به آغوش ملت بازگردانند. امام با دیدن توطئه‌های سازمان و بنیصدر باز هم در سخنرانی‌های مختلف ضمن نصیحت‌های پدرانه می‌فرمایند:«من به شما نصیحت می‌كنم كه دست از این شیطنت‌ها و از این توطئه‌ها بردارید... مرگ مخالفین اسلام و جمهوری اسلامی نزدیك است...»
از اسفند 59 به بعد٬ منافقین برای مقابله با امام رفته رفته در شهرها دست به آشوب زدند. امام خمینی پس از آشوب و اغتشاش مجاهدین خلق در هفتم اردیبهشت سال 60، در 11 اردیبهشت به مناسبتِ روز جهانی كارگر خطاب به گروهك‌ها می‌فرمایند: «شما چیزی نیستید كه بتوانید در مقابلِ این موج خروشان انسان‌های برپاخاسته مقاومت كنید، پس صلاح شما و صلاح ملت شما و صلاح همه این است كه اسلحه‌ها را زمین بگذارید و این شیطنت‌ها را دست بردارید و به آغوش ملت برگردید و مثل سایر برادران ما همراه با آنها به زندگی خودتان ادامه بدهید.»
پس از اتمام حجت امام با سازمان، سران مجاهدین خلق به امام نامه نوشتند و درخواستِ راه‌پیمایی به سمت جماران كردند. منافقین به این نتیجه رسیده بودند كه اگر امام آنها را بپذیرد به معنای آن خواهد بود كه مندرجات نامه را در محكومیت جناح خط امام و ادعای قانون‌شكنی و سركوب‌گری‌های آن و همچنین عملكرد مظلومانه‌ی سازمان را پذیرفته است. حالت دوم اینكه امام تقاضای آنها را نپذیرد در این صورت در افكار عمومی این گونه وانمود می‌شد كه مجاهدین خلق می‌خواستند كارها با تفاهم پیش رفته و مملكتِ در حال جنگ دچار بحران و تفرقه نشود، اما با اعلام این مطلب از سوی امام كه «اگر یك در هزار هم در اینها صداقتی سراغ داشت خودش نزد آنها می‌رفت» و همچنین اعلام این مطلب كه «شما دارید تهدید به قیام مسلحانه می‌كنید و بایستی سلاح‌هایتان را تحویل بدهید»، سازمان نه تنها به هیچ یك از اهداف دوگانه‌ی خود دست نیافت بلكه در برابر سؤالات جدیدی قرار گرفت.
سازمان در نامه‌ی دیگری خطاب به امام بدون پذیرش خلع سلاح از موضع مظلومانه و حق به جانب و در عین حال مدعی قدرت این گونه تهدید كرده بود: «...بی‌گمان شما در هر موقعیتی كه مقتضی بدانید «تكلیف نهایی» مورد اشاره در سخنان ده اردیبهشت را مقرر خواهید فرمود، لیكن ما باز هم به عنوان انقلابیون یكتاپرست به عرض می‌رسانیم... تا وقتی راه‌های مسالمت‌آمیز ابراز عقیده و فعالیت انقلابی مطلقاً مسدود نشده و به اصطلاح حجت تمام نگردیده است [تلاش خواهیم نمود] از عكس‌العمل‌های خشونت‌بار و قهرآمیز بپرهیزیم... در برابر «تكلیفی» كه گوشزد فرمودید چاره‌ای جز نوشتن و تقدیم وصیتنامه‌ها باقی می‌ماند؟»
حضرت امام خمینی طی سخنانی در 21 اردیبهشت 60 در پاسخ به نامه‌ی سازمان كه در واقع آخرین اتمام حجت‌ها با سازمان محسوب می‌شود، با اعلام این مطلب كه «اگر یك در هزار هم در اینها صداقتی سراغ داشت خودش نزد آنها می‌رفت و با آنها تفاهم می‌كرد» و همچنین اعلام این مطلب كه «شما دارید تهدید به قیام مسلحانه می‌كنید و بایستی سلاح‌هایتان را تحویل بدهید»، سازمان نه تنها به هیچ یك از اهداف دوگانه‌ی خود دست نیافت بلكه در برابر سؤالات جدیدی قرار گرفت.
با اوج‌گیری تنش در فضای سیاسی كشور، بنیصدر در مقابله با مجلس شورای اسلامی و دولت رجایی و در شرایط حساس ناشی از جنگ عراق علیه ایران با حمایت تبلیغاتی سازمان مجاهدین خلق مدعی رسیدن به «بن‌بست» شد و برگزاری رفراندوم را پیشنهاد كرد. مسعود رجوی كه در طرح‌های بنیصدر همفكری و هماهنگی سازمان با وی را هدایت می‌كرد، طی نامه‌ای با تبریك به رئیس‌جمهور به خاطر ارائه‌ی تز رفراندوم، او را در پیگیری این طرح تشجیع و تشویق نمود و تأكید كرد: «هیچ‌یك از حضرات را یارای حذف شما نیست... طرف دیگر به خوبی می‌داند كه شما چه از نظر سیاسی و چه به لحاظ اجتماعی در وضعی هستید كه اگر بخواهید و اگر بایستید می‌توانید فی‌الواقع جارویش كنید.»
در پاسخ به تشنج‌آفرینی بنیصدر و سازمان كه در حمله به مجلس و روحانیت و دولت رجایی از همراهی علنی سیاسی و تبلیغاتی نهضت آزادی نیز برخوردار بودند، حضرت امام خمینی در دیدار با نمایندگان مجلس شورای اسلامی در تاریخ 6 خرداد 1360 پس از ماه‌ها سكوت علیه تخلفات بنیصدر٬ به روشنگری درخصوص این جریان برای مردم پرداختند. ایشان طی سخنان مشروحی ضمن حمایت قاطع از مجلس شرایط كشور را تحلیل كردند. امام در سخنان خود مواضع آشكار و قاطعی در برابر رسیدن به بن‌بست و طرح رفراندوم ارائه داد و رئیس‌جمهور و متحدانش را نسبت به تخطی از قانون انذار نمود...»:نگویید كه «ملت با من است» «ملت با من است»، ملت با اسلام است، نه با من است و نه با شما و نه با دیگری... ملت اسلام را می‌خواهد ملت شخص نمی‌خواهد... شما به بن‌بست رسیدید! اشتباه می‌كنید. مملكت اسلام كه به بن‌بست نمی‌رسد...آقای رئیس‌جمهور حدودش در قانون اساسی چه هست. یك قدم آن ور بگذارد من با او مخالفت می‌كنم... نمی‌شود از شما پذیرفت كه ما قانون را قبول نداریم ... همه باید مقید به این باشید كه قانون را بپذیرید ولو برخلاف رأی شما باشد... اگر می‌خواهید كه از صحنه بیرونتان نكنند بپذیرید قانون را.»
در پی افشاگری‌های امام خمینی، ملت هوشیار و در صحنه‌ی ایران با راه‌پیمایی 15 خرداد یكبار دیگر نشان دادند كه در پناه عشق و ایمان جوشیده از مكتب به ولایت فقیه همواره برای سركوبی توطئه علیه انقلاب اسلامی آماده است.
امام خمینی در 16 خرداد كه روز میلاد امام حسین (ع) و روز پاسدار بود، در پیامی تاریخی صریحاً اعلام نمودند كه امت ما همراه امام خویش تصمیم گرفته‌اند كه در مقابل همه‌ی توطئه‌های داخلی و خارجی بایستند و تا قطع دو دستِ آمریكای جهانخوار به مبارزه ادامه دهند. تظاهرات مردمی و میلیونی پانزدهم و شانزدهم خرداد آن‌چنان رؤیاهای بنیصدر و منافقین را در داشتن زمینه‌های مردمی نقشِ برآب نمود كه مجبور شدند به دنیای خیالات ازهاری و بختیار پناه ببرند و ادعا كنند كه مردم در این راه‌پیمایی‌ها شركت نكرده‌اند. بنیصدر درست به مانند ازهاری ادعا می‌كند: «...به مناسبت 15 خرداد روز رستاخیز مردم را به خیابان بكشانند و شما را برانگیزانند تا بر ضد رئیس‌جمهور منتخبِ خودتان شعار بدهید و چون مردم نیامدند و این شكست آشكار را دیدند اینك به راه دیگری رفتند«...
عزل بنیصدر از فرماندهی كل قوا
به دنبال مصاحبه‌های متعدد بنیصدر و سخنرانی‌های تحریك‌آمیز وی در تاریخ 12/3/1360، سخنگوی هیئت سه نفری حل اختلاف، اعلام كرد كه سخنرانی‌ها و مصاحبه‌ی مطبوعاتی بنیصدر، تخلف از بیانیه‌ی ده ماده‌ای امام خمینی(ره) و تخلف از قانون اساسی می‌باشد.
از این مقطع، چرخ زمان علیه بنیصدر به حركت درآمد و عدهای از اطرافیانش دور او را خالی كردند. در هجدهم خرداد ماه، تعدادی از روزنامه‌ها به حكم دادگاه توقیف شدند. روزنامه انقلاب اسلامی نیز به خاطر انتشار مقالات تشنج‌آفرین در 18 خرداد 60 توقیف شد. امام خمینی (ره) در همین روز در یك سخنرانی پرشور و قاطع در مورد اقدامات بنیصدر و مؤتلفین وی اتمام حجت كرد و مقاومت در برابر قانون و مصوبات قانونی مجلس را دیكتاتوری نامید و صریحاً به تشنج‌آفرینان هشدار داد. با دعوت بنیصدر از مردم برای مقاومت و ایستادگی در دفاع از وی، در چند نقطه‌ی تهران و شهرستان‌ها در روزهای 18 و 19 خرداد تجمع‌های غیرقانونی و آشوبگرانه گروه‌هایی از طرفداران بنیصدر و مجاهدین خلق با حضورِ خودجوش مردم خاتمه یافت و نشان داد كه جریان مخالفِ رهبری انقلاب برخلاف تصور پایگاه مردمی ندارد.
روز بعد امام خمینی با یك حكم ـ كه در جمله‌ای واحد نگاشته بود ـ ابوالحسن بنیصدر را از فرماندهی نیروهای مسلح عزل كرد:
«بسم الله الرحمن الرحیم
ستاد مشترك نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، آقای ابوالحسن بنیصدر از فرماندهی نیروهای مسلح بركنار شده‌اند.
روح‌الله الموسوی الخمینی»
بدین‌ترتیب دایره‌ی فعالیت‌های بنیصدر تنگ‌تر شد و بهناچار به زادگاه خود، همدان، فرار كرد. در آنجا با حضور عدهای از مردم همدان، «دفتر همكاری‌های مردم با رئیس‌جمهور» را افتتاح كرد. بنیصدر پس از اطلاع از عزل خود از فرماندهی كل قوا توسط امام خمینی، طی سخنانی مردم این شهر را به ایستادگی و مقاومت در برابر دولت و نیروهای انقلابی دعوت كرد. در پی این سخنرانی، دفتر همكاری‌های مردم با رئیس‌جمهور در چند شهر مختلف مورد حمله قرار گرفت و تخریب شد. در این شرایط سازمان مجاهدین خلق كه فعالیت‌های گسترده‌ی خود را در گروی حفظ بنیصدر بر مسند قدرت می‌دید، در 18 خرداد 1360 حمایت كامل و یكپارچه‌ی خود را از وی اعلام كرد. فردای آن شب سازمان اطلاعیه‌ای در حمایت از بنیصدر تحت عنوان «هشدار نسبت به حفظ جان رئیس‌جمهور» صادر كرد: «در این شرایط[سازمان] حمایت از شخص رئیس‌جمهور و حفاظت از جان او را یك وظیفه‌ی مبرم انقلابی در سراسر كشور تلقی می‌كند». سازمان تحولات سیاسی كشور و اقدامات قانونی رهبری انقلاب و مجلس شورای اسلامی برای جلوگیری از قانون‌شكنی بنیصدر و دفاع از حریم قانونی اركان نظام را «كودتای خزنده‌ی مرتجعین» نام‌گذاری كرد و مردم را به مقابله با نظام فراخواند.
در این ایام، اعلامیه‌های فراوانی از سازمان مجاهدین خلق صادر می‌شد كه در آنها از هیچ‌گونه تهمت و افترا به نهادهای انقلابی و مسؤلان حكومتی فروگذار نمی‌شد. در این اوضاع و قبل از آنكه درگیری‌های خیابانی شكلِ كاملِ یك جنگ داخلی به خود بگیرد، حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی، با امام خمینی دیدار كرد و پس از این ملاقات، در24/3/1360، نظرات مجلس را درباره‌ی عملكرد رئیس‌جمهور اعلام كرده، خواستار طرحِ بحث عدم كفایت سیاسی وی شد.
عزل بنیصدر از ریاستجمهوری
عزل بنیصدر از فرماندهی كل نیروهای مسلح توسط امام خمینی و عدم تمایل بنیصدر به همكاری و كاهش تنش‌های موجود میان خود با جناح مقابلش، نیروهای خط امام را به این نتیجه رساند كه چاره‌ای جز حذفِ رئیس‌جمهور نیست. فراكسیون همنام برخلافِ جناح اكثریت مجلس اعتقاد داشتند كه برای حلِ مشكلات بهتر است مجلس از راه رفراندوم منحل شود و انتخابات مجلس مجدداً برگزار شود. به این وسیله، دولت رجایی سقوط می‌كند و موقعیتِ رئیس‌جمهور تحكیم می‌شود. این طرح از سوی امام رد شد. از سوی دیگر، برخورد شدید نیروهای غیرمذهبی و حتی نهضت آزادی با لایحه‌ی قصاص كه از جانب نیروهای مذهبی به مجلس ارائه شده بود، موجب تضعیف جناح بنیصدر در مجلس و انسجام نیروهای مذهبی شد.
پس از عزل بنیصدر از فرماندهی كل قوا در 20 خرداد 1360، برای نخستین بار در مجلس مهدی نصیری لاری درباره‌ی عزل رئیس‌جمهور سخن گفت. هاشمی رفسنجانی در این باره می‌نویسد: «آقای نصیری لاری، عدم كفایت سیاسی بنیصدر را مطرح كرد و خیلی خوب صحبت كردند». 120 نفر از نمایندگان مجلس نیز طرح عدم كفایت سیاسی بنیصدر برای ریاستجمهوری را به مجلس ارائه كردند و چون این طرح فاقد آیین‌نامه‌ی لازم برای بررسی‌های مربوط بود، برای آنكه كار قانونی انجام شود و دستاویزی برای ضدانقلاب فراهم نشود، طی جلسات 165 تا 168 مجلس مورد بررسی قرار گرفت و در نهایت آیین‌نامه‌ای با عنوان «طرح دو فوریتی آیین‌نامه‌ی چگونگی بررسی كفایت سیاسی رئیس‌جمهور»، پس از صحبت‌های مخالف و موافق در جلسه‌ی 27/3/1360 مجلس شورای اسلامی، تصویب شد. این طرح كه با دو سوم آرای نمایندگان به مجلس تقدیم شده بود، نشان می‌داد كه نظرِ اكثر نمایندگان بر عدم كفایت سیاسی رئیس‌جمهور است. هم‌زمان با این مسئله، در روز 26 خرداد، سازمان مجاهدین خلق، اطلاعیه‌ای در حمایت از بنیصدر به چاپ رساند كه در آن آمده بود: «جان رئیس‌جمهور در خطر جدی است. مردم تهران، آماده‌ی نجات جان دكتر بنیصدر باشید.»
پس از تصویب طرح بررسی عدم كفایت سیاسی رئیس‌جمهور در مجلس، تعداد زیادی از مردم مقابل مجلس شورای اسلامی تجمع كرده، خواهان رسیدگی فوری به مسئله‌ی كفایت سیاسی بنیصدر شدند. در پاسخ به این تجمعِ مردمی، از سوی سازمان مجاهدین خلق، اطلاعیه‌ی دیگری با این مضمون در حمایت از بنیصدر صادر شد: «بار دیگر فریاد پرخروش الله‌اكبر را در مخالفت با روش‌های انحصارطلبانه‌ی ضدمردمی و ضداسلامی و در حمایت از آزادی‌های اساسی و رئیس‌جمهور، در بام خانه‌ها طنین‌افكن سازیم.»
این دعوت از سوی مردم ایران بدون پاسخ باقی ماند. امام خمینی نیز در 28 خرداد به مناسبت نیمه‌ی شعبان، طی پیامی در مورد توطئه‌های جبهه‌ی داخلی ضدانقلاب هشدار دادند و خواستار رسیدگی سریع‌تر به این موضوع شدند.
اما سازمان مجاهدین خلق نسبت به عواقب عزل رئیس‌جمهور و مسئولیت‌های نمایندگان در این باره هشدار داد و ضمن اطلاعیه‌ای تهدیدآمیز، نمایندگان را از شركت در جلسه‌ی بررسی عدم صلاحیت رئیس‌جمهور برحذر داشت: «سازمان مجاهدین خلق ایران به تمامی نمایندگان كه در مجلس حضور می‌یابند، نسبت به كلیه‌ی عواقبِ گسترده‌ی عزل رئیس‌جمهور در فضای هیستریك ارتجاعی حاكم، زنهار می‌دهد. از این رو با یادآوری مجالس و ادوار قانون‌گذاری كه در تاریخ معاصر ایران به استقرار دیكتاتوری منجر شده است، ما به فرد فرد نمایندگان حاضر و به ویژه آنها كه نسبت به سرنوشت مردم ایران احساس مسؤلیت می‌كنند، تذكر می‌دهیم كه خود را شایسته‌ی لعن و نفرین ابدی ملت ایران نساخته و مرعوب صحنه‌های ساختگی چماق‌داران در برابر مجلس نشوند».
با وجود این، شنبه 30 خرداد 1360، روز طرح عدم كفایت سیاسی بنیصدر در مجلس بود. در اولین جلسه‌ی بررسیِ طرح مزبور، 15 تن از نمایندگان از شركت در جلسه خودداری كردند كه برخی از شناخته‌شده‌ترین آنها عبارت بودند از: مهدی بازرگان، ابراهیم یزدی، یدالله سحابی، احمد سلامتیان، احمد صدر حاج-سیدجوادی، احمد غضنفرپور، محمد مجتهد شبستری و هاشم صباغیان. همه‌ی گروه‌ها و جریانهای مخالفِ نظام جز اندكی كه مرزبندی ایدئولوژیك و استراتژیك با لیبرال‌ها داشتند، قرار حمایت از بنیصدر را گذاشته بودند. در این زمان بنیصدر مخفی شده بود و هیچ‌كس از محل اختفای او خبر نداشت. تا آنجا كه دادستان انقلاب اسلامی مركز نیز اعلام كرد كه از محل سكونت بنیصدر هیچ‌گونه اطلاعی در دست نیست.
در جلسه‌ی روز 30 خرداد، ابتدا عزت‌الله سحابی به عنوان مخالف دعوت شد كه به علت عدم آمادگی تنها سؤالی را در مورد كلیت طرح مطرح نمود كه توسط رئیس پاسخ داده شد و سپس به جای او٬ معین‌فر حاضر شد. او در ابتدا با بیان اینكه به علت سخنرانی در حمایت از بنیصدر دیگر تأمین جانی نخواهد داشت، سعی در تحت‌تأثیر قرار دادن نمایندگان و شنوندگان داشت. او گفت شرایط موجود را شرایط خوبی برای مطرح‌كردن این طرح نمی‌داند و سعی كرد نشان دهد كه اگر اشكالاتی هم در عملكرد رئیس‌جمهور وجود داشته باشد تنها تخلف ایشان را اثبات می‌كند. وی سعی كرد به صورت ضمنی این طرح را به سلایق حزبی اكثریت مجلس ارتباط دهد. این سخنرانی محكم‌ترین سخنرانی در مخالفت با طرح بود و مخالفان بعدی عملاً حرف قابل ذكری برای دفاع نداشتند كه این سخنان نیز روز بعد توسط آیت‌الله خامنه‌ای مورد نقد و رد قرار گرفت. اولین موافق طرح، دكتر ولایتی، دلایلی در موافقت با طرح اعلام كرد از جمله: 1- ایشان تفكیك‌كننده‌ی قوا بودند. 2- رفتار ایشان در طول این مدت حاكی از دورویی و دوچهرگی و غدر و حیله بوده 3- عدم صداقت سیاسی 4 ـ ترویج اخلاق استكباری 5 ـ ترویج و اعمال خودمحوری 6- اتحاد با دشمنان قسم‌خورده‌ی داخلی و خارجی اسلام 7ـ تلاش برای بی‌اعتباركردن نهادهای انقلابی كه استوانه‌های این انقلاب هستند. 8ـ بی‌اعتبار كردن اسلام و رشد ملی‌گرایی و هر نوع مكتب و تفكر ضداسلامی در مقابل اسلام 9ـ بی‌اعتبار كردن یاران امام 10ـ متشكل‌كردن ضدانقلاب زیر چتر دفتر هماهنگی (اسنادی كه از دفتر هماهنگی به‌دست آمده این را نشان می‌دهد) و... مخالف بعدی طرح آقای جعفری بود كه در حمایت از بنیصدر صحبت قابل توجهی نكرد. تنها بركناری وی را در شرایط موجود به نفع كشور ندانست و دلیل مخالفت خود را وحدت نیروها اعلام كرد. در ادامه دكتر زرگر صحبت كرد. وی ابتدا به طرح‌های مختلف برای انحرافِ انقلاب‌ها اشاره نموده و در ادامه حضور بنیصدر را طرح و برنامه‌ای برای انحراف انقلاب ایران دانست و سیر حضور ایشان از پیش از انقلاب تا زمان حاضر را بیان كرد. پس از ایشان آقای خلخالی صحبت كرد. پس از ایشان آقای سحابی و اعظم طالقانی در حمایت از بنیصدر صحبت كردند.
روز 31 خرداد 60، اولین سخنران علی‌اكبر معصومی بود كه درباره‌ی التقاط فكری بنیصدر صحبت كرد. در ادامه حجت‌الاسلام خلخالی به شورش‌های مسلحانه‌ی تهران و لزوم رسیدگی به پرونده بنیصدر اشاره كرد. سپس حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها نطق طولانی و مهمی ایراد كرد. وی در ابتدا به برخی عملكردهای اشتباه بنیصدر اشاره نمود و گفت این اعمال باعث رأی به عدم كفایت وی نیست و مهم‌ترین دلیل برای رأی به عدم كفایت سیاسی بنیصدر را وابستگی او به جریان آمریكایی ضداسلامی دانست و مستنداتی در این راستا ارائه نمود. در ادامه‌ی جلسه حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی سخنانی راجع به اغتشاشاتِ روزهای اخیر عنوان و این اغتشاشات را دلیلی بر عدم كفایت سیاسی بنیصدر خواند.
در نهایت در ساعت 4:30 بعد ازظهر، رأی مجلس مبنی بر تصویب عدم كفایت سیاسی رئیس‌جمهور با 177 رأی موافق، 12 رأی ممتنع و یك رأی مخالف اعلام شد.
به دنبال عزل بنیصدر، حجت‌الاسلام قدوسی، دادستان انقلاب اسلامی، حكم دستگیری بنیصدر را صادر كرد و حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی طی نامه‌ای به بنیصدر این حكم را ابلاغ نمود:
«بسمه تعالی
جناب آقای سید ابوالحسن بنیصدر رئیس‌جمهور ـ طرح قانونی آیین‌نامه‌ی بررسی عدم كفایت سیاسی رئیس‌جمهور كه در جلسه مورخ 27/2/60 مجلس شورای اسلامی تصویب شده و مورد تأیید شورای محترم نگهبان قرار گرفته به پیوست ارسال می‌گردد رئیس مجلس شورای اسلامی اكبر‌هاشمی» در روز اول تیرماه 1360، حضرت امام خمینی(ره) حكم عزل بنیصدر از مقام ریاستجمهوری را رسماً بدین شرح اعلام كردند: «پس از رأی اكثریت قاطع نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی مبنی بر اینكه آقای ابوالحسن بنیصدر برای ریاستجمهوری اسلامی كفایت سیاسی ندارد، ایشان را از ریاستجمهوری عزل نمودم.»
به بنیصدر گفتم گرگها می‌خواهند تو را به تباهی بكشند
امام خمینی(ره) همچنین بعد از عزل بنیصدر طی یك سخنرانی یكبار دیگر بر مبنای عطوفت اسلامی بنیصدر را نصیحت فرمودند و به او عاقبتِ كارش را گوشزد كردند و با اشاره به قدرت مردم كه قادر است هر توطئه‌ای را سركوب نماید، فرمودند: «این گروه‌هایی كه مع‌الأسف عدهای از جوانان ما و بچه‌های عزیزی را كه اینها باید برای میهن خودشان و اسلام خودشان عمل كنند بازی می‌دهند و بر ضد انقلاب اسلامی كه دست قدرت‌ها را از این كشور قطع كرده است بسیج می‌كنند و در خیابان‌ها می‌آورند و در مقابل ملت می‌خواهند بایستند در اشتباه‌اند و من باید به این جوان‌های گول‌خورده كه از چند نفر گرگ اینها گول خورده‌اند نصیحت كنم...
كراراً من[به بنیصدر] گفتم كه بیا برو از این گروهك‌های فاسد از این منافقین تبری كن ـ حیثیت خودت را از دست نده بیا برو در ملاءعام و اینها را از خود بران، اینها تو را به تباهی می‌كشند. این گرگ‌هایی كه اطراف تو جمع شده‌اند الا بعض معدود آنها، همه‌ی آنها گرگ‌هایی هستند كه می‌خواهند تو را به تباهی بكشند. اینها را از خود بران و برای اینكه نتوانست بفهمد اسلام یعنی چه و كشور اسلامی یعنی چه و ملت اسلام یعنی چه و ارتش اسلام یعنی چه و سایر قوای مسلح اسلام یعنی چه، این خودش را به تباهی كشاند...
متنبه بشوید و برخلاف این سیل‌ِ خروشان اسلام و ملت اسلامی شنا نكنید، من خیر شما را می‌خواهم من خیر همه‌شان را می‌خواستم، من خیر این گروهك‌ها را هم می‌خواهم. [اگر] این گروهك‌ها دست بردارند و در مقابل اسلام و كشور اسلامی قیام نكنند، آنهایی كه قیام نكردند توبه كنند برگردند به دامن اسلام و این جوان‌هایی كه به دامن اینها افتادند تنبه پیدا كنند و برگردند به دامن اسلام ...
من الآن هم نصیحت می‌كنم آقای بنیصدر را به اینكه مبادا در دام این گرگ‌هایی كه در خارج كشور نشستند و كمین كردند بیفتید و این آبرویی كه از دست دادید بدتر بشود من علاقه دارم كه تو بیشتر از این خودت را تباه نكنی من علاقه دارم همه‌ی اشخاصی كه در این مملكت زندگی می‌كنند یك زندگی انسانی الهی داشته باشند...
من حق خودم را بخشیدم به شما، هرچه بد گفتید بخشیدم لكن خیر شما را می‌خواهم كه از این خطاها كه تاكنون شده است دست بردارید و با ملت حسابتان را یكی كنید و با این گروههای مختلفی كه می‌خواهند از حیثیت شما برای خودشان كسب وجاهت كنند و هرچه آنها كسب وجاهت كنند شما وجاهت‌تان را از دست می‌دهید از اینها ببرید... »
پس از عزل بنیصدر، او به نصیحت امام گوش نداد و همان مسیری را رفت كه امام او را از آن منع می‌كرد. او در نهایت بنیصدر در تاریخ ششم مرداد سال 1360 به اتفاق رجوی با همكاری عدهای از منافقین با هواپیمای بوئینگ 707 با هدایت سرهنگ خلبان معزی ـ خلبان مخصوص شاه- به سوی فرانسه فرار كرد.