حجت‌الاسلام امیرعلی حسنلو مدیر گروه تاریخ و سیره مرکز مطالعات و پاسخگویی به شبهات حوزه علمیه قم در یادداشتی به نمونه‌هایی از پاسخ‌های امام باقر(ع) به شبهات اشاره کرده است که در ادامه می‌آید:
*شبهات اعتقادی
1.مردی از خوارج از امام درباره پرستش خدا و رویت خداوند پرسید؟ امام فرمود: خداوند متعال را می‌پرستم. مرد پرسید: آیا او را دیده‌ای؟ امام فرمود: چشم‌ها با مشاهده حسی او را ندیده‌اند، ولی قلبها به حقیقت ایمان خدا را یافته‌اند، خدا را به وسیله مقایسه نمی‌توان شناخت و با حواس نمی‌توان درک کرد و شباهتی با آدمیان ندارد. خداوند به وسیله نشانه‌ها و آیاتش توصیف شده و با آنها شناسایی می‌شود، در حکم و داوریش هرگز ستم نمی‌کند، این همان خدایی است که جز او معبودی نیست. مرد از نزد حضرت بیرون آمد در حالی که قانع شده بود و می‌گفت: خداوند بهتر دانسته است که رسالتش را در کدام خاندان قرار دهد.
2. مردی به نام «سالم» به حضور امام باقر(ع) رسید و گفت: من نزد تو آمده‌ام تا درباره این مرد گفتگو کنم، امام فرمود: کدام مرد؟ سالم گفت: علی بن ابیطالب. امام فرمود: درباره کدام امر او؟ سالم گفت: درباره بدعت‌گذاری و امر تازه و نوین او، امام فرمود: دقت کن ببین کدام روایاتی که راویان از پدران تو روایت کرده‌اند نزد تو معتبرند؟ ای سالم آیا این موضوع به گوش تو رسیده که پیامبر(ص) سعد بن عباده را با پرچم انصار به سوی خیبر فرستاد ولی شکست خورد، آنگاه پیامبر(ص)، عمر بن خطاب را علمدار مهاجرین و انصار قرار داد و عمر و یارانش ترسیدند و برگشتند، سپس پیامبر(ص) فرمود: فردا بیرق را به دست مردی کرار ـ یعنی حمله کننده ـ می‌دهم که فرار کننده نخواهد بود، خدا و رسولش آن مرد را دوست دارند. سالم گفت: آری قبول دارم، این موضوع را همه راویان نیز گفته‌اند، حضرت باقر(ع) فرمود: ای سالم! اگر بگویی خدای متعال علی(ع) را دوست داشت، ولی نمی‌دانست که علی چه عملی انجام خواهد داد، کافر خواهی شد و اگر بگویی خدا علی(ع) را دوست داشت و می‌دانست که علی چه عملی انجام خواهد داد پس چه بدعتی است که علی(ع) پدید آورده است؟! سالم از جواب حضرت قانع شد و گفت: مدت هفتاد سال به گونه‌ای خدا را پرستش می‌کردم که گمراه بودم.
3. عمرو بن عبید از امام باقر(ع) درباره تفسیر برخی از آیات قرآن و معنای گفتار خداوند را پرسید که می‌فرماید: «آیا آنان که کفر ورزیدند ندیدند که آسمان‌ها و زمین بسته بودند پس آنها را شکافتیم»، این بستن و شکافتن در آسمان و زمین چه بود؟ امام فرمود: آسمان بسته بود یعنی باران فرو نمی‌فرستاد و زمین بسته بود؛ یعنی گیاه نمی‌رویاند. عمرو بن عبید خاموش شد و سپس از امام تفسیر و معنای آیه «و من یحلل علیه غضبی فقد هوی»(هرکس خشم من بر او وارد شود سقوط می‌کند) را پرسید که خشم خدا به چه نحو است؟ امام(ع) فرمود: خشم خداوند همان کیفری است که به خطاکاران و منحرفان روا می‌دارد و کسی که گمان کند خشم خداوند همانند خشم آدمیان به تحت تأثیر قرار گرفتن و تغییر روحیه و تحریک قوای درونی است و خشم، تغییری در خدا به وجود می‌آورد به کفر گراییده است.
4. محمد بن مسلم از امام باقر(ع) در زمینه اوصاف خداوند و تفسیر توحید پرسید: انه واحد، صمد، ... همانا او یکتای بی‌نیازی است که همه به او نیازمندند. حقیقتی است بسیط و یگانه، در او معانی متعدد و مختلف راه ندارد. محمد بن مسلم می‌گوید به امام عرض کردم: برخی از مردم عراق معتقدند که خداوند با چیزی می‌شنود و با چیز دیگری می‌بیند! امام فرمود: دروغ گفته و ملحد شده‌اند، خداوند را به غیر، تشبیه کرده‌اند، او شنوایی بینا است با همان چیز که می‌بیند می‌شنود و با همان چیز که می‌شنود، می‌بیند. محمّد می‌گوید: برخی مردم عراق گمان می‌کنند که بینایی خداوند بر چیزی است که آن را درک کرده و تعقل نماید! امام فرمود: اندیشه، فکر و تعقل از ویژگی‌های مخلوق است و خداوند از صفات مخلوق مبرّا است.
5. حسن بصری نزد امام باقر(ع) آمد تا مطالبی درباره قرآن از حضرت سؤال کند، امام به او فرمود: آیا تو، فقیه اهل بصره‌ای؟ گفت: بلی، امام فرمود: سخنی از تو برایم نقل کرده‌اند که نمی‌دانم واقعاً تو آن را گفته‌ای یا بر تو دروغ بسته‌اند، حسن بصری گفت: آن سخن چیست؟ امام(ع) فرمود: مردم گمان کرده‌اند تو معتقدی خداوند امور بندگان را به خود آنان واگذارکرده است! حسن بصری سکوت اختیار کرد، امام برای اینکه وی را به اشتباهش متوجه سازد، فرمود: اگر خداوند در قرآنش به کسی ایمنی داده باشد، آیا پس از این ایمنی تضمین شده از سوی خدا، بر او ترسی است؟ حسن بصری گفت: خیر، ترسی بر او نخواهد بود، امام فرمود: اکنون آیه‌ای برایت می‌خوانم، اگر آن را اشتباه تفسیر کرده باشی هم خودت و هم پیروانت را هلاک کرده‌ای. آن آیه این است: «و جعلنا بینهم و بین القری التی بارکنا فیها قری ظاهره و قدرنا فیها السیر سیروا فیها لیالی و ایّاماً آمنین»(میان آنها و سرزمینهایی که برکت داده بودیم و فاصله‌های متناسب و نزدیک مقرر داشتیم (و به آنها گفتیم) شب‌ها و روزها در این آبادی‌ها در امنیت کامل مسافرت کنید)، شنیده‌ام که گفته‌ای مراد از سرزمین امن، مکه است؟ آیا کسانی که برای حج به مکه سفر می‌کنند مورد هجوم راهزنان قرار نمی‌گیرند و ...؟
حسن گفت: چرا. امام فرمود: پس چگونه ایمن هستند! این آیه مثالی است که خداوند درباره ما اهل بیت، بیان داشته است، ما سرزمین مبارکیم و سرزمین‌های آشکار «قری ظاهره» نمایندگان و فقهای پیرو ما هستند که مطالب ما را به شیعیان می‌رسانند و «قدرنا فیها السیر» مثالی از حرکت و کاوش علمی و «سیروا فیها لیالی» مثالی از برانگیختن مردم برای کسب دانش در زمینه حلال و حرام از اهل بیت(ع) است. هرگاه مردم از این روش معارف دین را دریافت کنند ایمن از شک و گمراهی‌اند ... ای حسن بصری! از اعتقاد به تفویض پرهیز کن؛ زیرا خداوند به دلیل ضعف و سستی تمام کار خلق را به آنان واننهاده و نیزآنان را به انجام دادن گناهان مجبور نساخته است.
6. پاسخ شبهه نسبت فرزندی حسنین(ع) با پیامبر(ص): ابوالجارود گفت: مردم در این مسأله که حسنین(ع) فرزندان پیامبرند شبهه می کنند، امام باقر(ع) پاسخ این شبهات را به ابوالجارود یاد داد تا در برابر شبهه‌کنندگان بدهد، امام با استناد از قرآن فرمود: قرآن حسنین(ع) پسران صلبی پیامبر(ص) معرفی می‌کند و آن آیه را غیر از شخص کافر، منکر نخواهد شد. ابوالجارود گفت: آن کدام آیه است؟ امام باقر(ع) فرمود: آنجا که خداوند می‌فرماید؛ حرام شده بر شما (ازدواج) با مادرانتان و دخترانتان و خواهرانتان. تا آنجا که می‌فرماید: و زنان پسرانتان که از صلب شما باشند، آنگاه امام فرمود: آیا برای پیامبر (ص) حلال است که با زنان امام حسن(ع) و حسین(ع) ازدواج کند؟ اگر بگویند جایز است که رسول خدا(ص) با زنان ایشان ازدواج کند دروغ گفته‌اند و اگر بگویند برای رسول خدا(ص) حرام است با زنان آنها ازدواج کند، پس ثابت می‌شود که امام حسن(ع) و امام حسین(ع) فرزندان صلبی پیامبر خدا(ص) هستند، زیرا غیر از زنان فرزندان صلبی آن بزرگوار بر او حرام نشده است.
5. علم الهی: یکی از شاگردان امام باقر(ع) به وی می‌گوید: اگر صلاح می‌دانید به من تعلیم دهید که آیا خداوند، پیش از خلق موجودات، به یگانگی خود آگاه و عالم بوده است یا خیر؟ زیرا برخی معتقدند که عالم بوده و بعضی می‌گویند که اگر معتقد شویم خداوند علم ازلی به یگانگی خود داشته، مستلزم این است که غیر از خدا چیز دیگری را هم ازلی بدانیم، امام فرمود: خداوند بزرگ همواره عالِم بوده و دارای علم ازلی است.
*شبهات سیاسی
شبهات کلامی و اعتقادی در رویش شبهات سیاسی و اجتماعی و از جمله قیام‌ها موثر بود؛ امام باقر(ع) باید با موضع‌گیری خاص به این شبهات نیز پاسخ می‌داد یا عملاً با آنها همراهی می‌کرد و موضع روشن می‌گرفت، از این رو می‌توان گفت، اقدامات سیاسی و علمی امامان به خصوص امام باقر(ع) باعث پیدایش مکتبی با فرهنگ غنی خاص اهل بیت شد که بعدها به مکتب جعفری شهرت یافت، این مکتب فکری که در تمام زمینه‌ها، علوم اهل بیت(ع) را به طور منظم ارائه می‌دهد، نتیجه نزدیک به 55 سال ( 94 ـ 48 ) تلاش‌های سخت امام باقر(ع) و امام صادق(ع) است.
امویان و عباسیان ضمن اینکه حاکمیت داشتند، در طول حاکمیت خود سعی داشتند دو مسأله را رواج داده و در اذهان دانشمندان و جامعه نهادینه کنند، یکی مشروعیت و حقانیت حاکمیت خود، دیگری انتساب به پیامبر(ص) و مشروعیت حاکمیت خود با نسبت به پیامبر(ص)، در جامعه سیاسی آن روز که اموی‌ها و بعدها عباسی‌ها برای بقای حکومت خویش هر مخالفتی را به شدت سرکوب می‌کردند، با مراجعه به تاریخ زمان امام باقر(ع) روشن می‌شود که امام با ذکر مواضع استوار در مقابل اندیشه‌های بنیادین آنها مقابله کند.
امام باقر(ع) موضع اصلی و سیاسی خویش را با بیان معارف دینی و تدوین فرهنگ اسلام ناب محمدی قرار دادند و مقدمات تأسیس یک دانشگاه بزرگ اسلامی را که در دوران فرزندش امام صادق(ع) به اوج خود رسید پی‌ریزی کردند، البته این بدان معنا نبود که ایشان هیچ وقت علیه زورگویان حاکم موضع‌گیری نکردند. از این رو شیعیان خود را از همکاری با حکام جز در مواردی که به طور استثنایی و بنا به دلایل خاصی تجویز می‌شد منع می‌کردند. اما این مسأله در شکل یک مبارزه رسمی، پیگیر و مسلحانه و شرکت در قیام‌های انقلابی تحقق نیافت. بنابراین مخالفت و دعوت به عدم همکاری و مبارزه منفی از مواضع روشن و مشخص امام(ع) بود.
امام باقر(ع) به شکل‌های گوناگون، مردم را تشویق به اعتراض و نصیحت حکام می‌کردند. در روایتی از آن حضرت آمده: کسی که نزد سلطان ظالم رفته و او را دعوت به تقوای الهی کرده و موعظه کند و از قیامت بترساند، برای او همچون پاداش جنّ و انس خواهد بود.
در مورد ادعای امامت در خاندان اهل بیت(ع) شواهد تاریخی زیادی وجود دارد و این مسأله برای اغلب مردم روشن بوده است و همه می‌دانستند که ائمه شیعه امامت را حق منحصر به فرد خود می‌دانند و لذا با فرمایشات خود سعی در سوق دادن مردم به سوی اهل بیت و روشن ساختن آنها نسبت به ظلم و جور و ستم ولات حاکم بر مردم بود. تکیه‌های مکرر امام(ع) بر اینکه ولایت در کنار نماز، روزه، حج، زکات پنج حکم اساسی اسلام است، بر همین اساس بوده «خدا مردم را به چیزی فرا نخوانده که به پایه ولایت برسد، با این حال مردم چهار تا را گرفتند ولایت را رها کردند».
چنان که گزارش شده روزی امام باقر(ع) بر هشام بن عبدالملک وارد شد و به او به عنوان خلیفه و امیرالمؤمنین سلام نکرد. هشام ناراحت شد و به مردمی که در اطرافش بودند دستور داد تا امام(ع) را در این زمینه سرزنش کنند، در این حال امام(ع) رو به مردم کرده فرمودند: «ایها الناس این تذهبون و این یراد بکم بنا هدی الله اوّلکم و بنا ختم آخرکم فان یکن لکم ملک معجّل فان لنا ملکا موجلا و لیس بعد ملکنا ملک لانا اهل بیت العاقبه یقول الله و العاقبه للمتقین».
ای مردم به کجا می‌روید و چرا به حرف این مرد گوش می‌کنید؟ به کجا رانده می‌شوید شما در آغاز به وسیله ما اهل بیت(ع) هدایت شدید و سرانجام کار شما نیز با ما پایان می‌پذیرد، اگر شما زودتر زمام امور را به دست گرفتید در پایان کار اداره امت اسلامی و امور آن به دست ما خواهد بود ،برای اینکه ما خانواده‌ای هستیم که عاقبت با آنان است خدا می‌فرماید: عاقبت کار از آن پرهیزگاران است.
در مسیر اصلاح‌گری هر چند حرکت فرهنگی و ایجاد تحول فکری مقدم بر اتخاذ روش‌های قهرآمیز است، ولی نباید همواره در مقام موعظه‌گر باقی ماند و دل به امر و نهی کردن خوش داشت، بلکه پند و اندرز تا زمانی ارزش دارد و سبب ایفای مسئولیت می‌شود که منشأ تأثیر و تحول آفرین و مایه اصلاح باشد، آن گاه که رهنمودها، پندها و اندرزها، در مفسدان و ستمگران کارساز نیفتاد، باید شیوه مبارزه را تغییر داد و در صورت ضرورت از روش‌های قهرآمیز نیز استفاده کرد. امام محمد باقر(ع) در ترسیم این بینش می‌فرماید: «در برابر عمل ناشایست مفسدان و ظالمان با قلب و زبان به مبارزه و انکار برخیزید و بر پیشانی ستمکاران بکوبید در مسیر خدا از ملامت ملامتگران نهراسید. اگر پند واندرز شما اثر بخشید و آنان به سوی حق بازگشتند، دست از ایشان بردارید، همانا اهرم قهر و قدرت را باید نسبت به کسانی روا داشت که به مردم ستم می‌ورزند و در زمین سرکشی می‌کنند. آنان مستحق شکنجه‌ای دردناک هستند.
در همین راستا و جهت نامشروع جلوه دادن حاکمیت های غیر الهی، در بیان مذمت سلاطین جور امام(ع) در تفسیر آیه «و قال الذین اتبعوا لو انّ لنا کرهً فنتبرأ منهم کما تبرؤا منا ...»(در روز قیامت پیروان می‌گویند کاش باردیگر ما به دنیا بر می‌گشتیم تا از این پیشوایان گمراه بیزاری جوییم، آنچنان که آنها امروز از ما بیزاری جستند) و بیان مصداق این پیشوایان و پیروان فرمودند: به خدا سوگند این پیشوایان همان رهبران، ستمگرند که در روز قیامت و مشاهده عذاب الهی از پیروان و حامیان خود دوری و بیزاری می‌جویند.