بني‌صدر پس از عزل به منافقين پيوست و همراه با مسعود رجوي از كشور گريخت و به فرانسه پناهنده شد. در پي فرار او ترورها، جنگ‌ها و آشوب‌هاي خياباني توسط گروه‌هاي محارب، به‌ويژه منافقين همچنان پيگيري مي‌شد و سراسر كشور به تلاطم در آمد. سلسله ترورهاي تابستان سال 1360، با ترور آيت‌الله سيدعلي خامنهاي امام جمعه تهران آغاز شد و با انفجار دفتر مركزي حزب جمهوري اسلامي، دفتر نخست‌وزيري و ترور بيش از 3 هزار نفر از شهروندان عادي ادامه يافت.
روز واقعه
در روز ششم تير ماه سال 1360، در حالي كه فقط شش روز از شهادت دكتر مصطفي چمران گذشته بود، پروژه حذف يكي از رهبران اصلي جريان خط امام به دستور امريكا كليد خورد. يكي از شخصيت‌هايي كه سهم زيادي در تداوم خط امام داشت و از ستون‌هاي اصلي نظام به شمار مي‌رفت.
آيت‌الله سيدعلي خامنهاي امام جمعه تهران، هر هفته در مسجد ابوذر درجنوب شهر سخنراني مي‌كردند و به پرسش‌هاي جوانان پاسخ مي‌دادند. آن روز هم ايشان از جبهه برگشته و به ملاقات امام رفته بودند و همراه با شهيد عباس بابايي عازم مسجد ابوذر شدند. آن دو نيم ساعت زودتر از وقت معمول به مسجد رسيدند و گفت‌وگوي خود را در مسجد ادامه دادند. نماز ظهر كه خوانده شد، حضرت آقا پشت تريبون قرار گرفتند و گفتند:«شايعات زيادي پخش شده است كه قصد دارم به آنها پاسخ بدهم!»
در اين زمان ضبط‌صوتي دست به دست گشت تا نهايتاً به دست جواني با قد متوسط، موهاي فرفري، ته ريش و كت چهارخانه رسيد. او ضبط را گرفت و روي تريبون گذاشت و آن را روشن كرد و رفت. هنوز زمان زيادي نگذشته بود كه بلندگو سوت كشيد. آقا گفتند بلندگو را تنظيم كنيد و از پشت تريبون كمي عقب رفتند و به صحبت ادامه دادند و كمي بعد انفجار بزرگي روي داد و ايشان به طرف چپ جايگاه افتادند. ضبط صوت دو تكه شد و در جداره داخلي آن نوشته شده بود: «عيدي گروه فرقان به جمهوري اسلامي!»
لحظات پس از واقعه
اولين محافظ آقا رسيد و سعي كرد ايشان را به تنهايي بيرون ببرد. به‌زودي بقيه محافظ‌ها هم رسيدند و سعي كردند هر چه سريع‌تر ايشان را به درمانگاه يا بيمارستاني برسانند.
ابتدا ايشان را به درمانگاهي در خيابان قزوين بردند. پرستاري در حالي كه كپسول اكسيژن به دست داشت، فرياد زد:«بايد ايشان را سريع به بيمارستان برسانيد.» پرستار آمد و در تمام طول راه ماسك اكسيژن را روي صورت آقا نگه داشت و به يكي از محافظ‌ها گفت: هر چه سريع‌تر به طرف نزديك‌ترين بيمارستان، يعني بيمارستان بهارلو، سر پل جواديه برود. محافظ‌ها با بيسيم وضعيت را اعلام كردند و گفتند: فوراً دكتر فياض‌بخش، دكتر منافي و دكتر زرگر را به بيمارستان بهارلو بفرستند!
آيت‌الله خامنهاي را به بيمارستان بهارلو رساندند. دكتر محجوبي تازه از اتاق عمل بيرون آمده بود و با ديدن وضعيت آقا دستور داد سريع اتاق عمل را آماده كنند. سمت راست بدن ايشان پر از تركش‌ها و قطعات ضبط صوت بود! قسمتي از سينه سوخته بود و استخوان‌هاي كتف و سينه ديده مي‌شدند. دست راست هم ورم كرده و از كار افتاده بود. به آقا خون تزريق كردند، اما نبض ايشان دو سه بار متوقف شد! خونريزي بند نمي‌آمد. دكتر منافي كه عازم بيمارستان بهارلو بود، به دكتر سهراب شيباني جراح عروق و دكتر ايرج فاضل زنگ زده بود كه خودشان را برسانند. دكتر بهشتي هم دكتر زرگر را خبر كرده بود.
عمل تا آخر شب ادامه پيدا كرد، اما ديگر نمي‌شد درمان را در بيمارستان بهارلو ادامه داد و ايشان را با هليكوپتر به بيمارستان قلب شهيد رجايي منتقل كردند. تا به بيمارستان شهيد رجايي برسند، دو باره نبض متوقف شد و آقا چند بار تا مرز شهادت رفتند و برگشتند. خونريزي زياد و غير قابل كنترل بود و بيمار تب و لرز شديدي داشت. در ريه هم ضايعه كوچكي ديده مي‌شد. زخم‌ها متعدد و زياد بودند و درد شديد بود و از مسكن‌ها كاري برنمي‌آمد. شكستگي دست راست در حال ترميم بود، اما دست حركت نداشت. ساعت دو بعد از ظهر راديو پيام امام را پخش كرد. يكي از پزشكان راديو را كنار گوش آقا گذاشت. با شنيدن سخنان اميدبخش امام گويي روح تازه‌اي در كالبد آقا دميد.
بي‌خبري از فاجعه 7 تير!
حال ايشان بهتر شده بود، اما هنوز از قضيه هفت تير خبر نداشتند. از آوردن راديو، روزنامه و تلويزيون براي ايشان خودداري مي‌شد. پزشكان مي‌گفتند امواج راديويي دستگاه‌هاي درماني را مختل مي‌كنند. خيلي‌ها براي عيادت آقا آمدند، اما از شهيد آيت‌الله بهشتي خبري نبود. آقا شك كرده بودند كه بايد اتفاقي افتاده باشد، ولي كسي حرفي به ايشان نمي‌زد. اولين كسي كه در بيمارستان بهارلو به ديدن ايشان آمد، محمد منتظري بود، ولي حالا هيچ خبري از او نبود. آقا از هر كسي كه مي‌آمد سؤال مي‌كردند چه خبر شده است، اما پاسخ قانع‌كننده‌اي نمي‌شنيدند. بالاخره دكتر ميلاني‌نيا عزم خود را جزم كرد و ماجرا را براي ايشان توضيح داد.
بعداً معلوم شد سوء قصدكننده جواد قديري نام داشت. حضرت آقا مدت 42 روز تحت درمان بودند. استخوان ترقوه شكسته و چند رگ و عصب دست راست ايشان قطع شده بود. هر چه هم پزشكان تلاش كردند متأسفانه اين دست سلامتي خود را بازنيافت و آقا در قامت جانباز انقلاب اسلامي براي آينده نظام ذخيره شدند.
پيام تاريخي امام
امام كه مستمراً توسط مرحوم سيد‌احمد آقا از حال ايشان جويا مي‌شدند، در پيامي بسيار مهم و مؤثر به زبوني دشمن كه چون از منطق بي‌بهره است، به ترورهاي كور دست مي‌زند اشاره كردند و ايشان را از استوانه‌هاي محكم انقلاب و مايه اميد براي آينده نظام دانستند و از مردم خواستند هوشياري خود را در تقابل با دشمن غدار و وحشي حفظ كنند و لحظه‌اي براي حفظ انقلاب و دستاوردهاي ارزشمند آن از پاي ننشينند:
بسم‌الله‌‌الرحمن‌الرحيم
جناب حجت‌‌الاسلام آقاي حاج سيدعلي خامنهاي ـ دامت افاضاته
خداوند متعال را شكر كه دشمنان اسلام را از گروه‌ها و اشخاص احمق قرار داده است و خداوند را شكر كه از ابتداي انقلاب شكوهمند اسلامي هر نقشه كه كشيدند و هر توطئه كه چيدند و هر سخنراني كه كردند ملت فداكار را منسجم‌‌تر و پيوندها را مستحكم‌تر نمود و مصداق «لازال يؤيدُ هذا الدين بالرجل الفاجر»تحقق پيدا كرد. اينان هر جا سخن گفتند خود را رسواتر كردند و هر چه مقاله نوشتند ملت را بيدارتر نمودند و هر چه شخصيت‌ها را ترور نمودند قدرت مقاومت را در صفوف فشرده ملت بالاتر بردند. اكنون دشمنان انقلاب با سوءقصد به شما كه از سلاله رسول اكرم و خاندان حسين بن علي هستيد و جرمي جز خدمت به اسلام و كشور اسلامي نداريد و سربازي فداكار در جبهه جنگ و معلمي آموزنده در محراب و خطيبي توانا در جمعه و جماعات و راهنمايي دلسوز در صحنه انقلاب مي‌‌باشيد، ميزان تفكر سياسي خود و طرفداري از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندند.
اينان با سوءقصد به شما عواطف ميليون‌ها انسان متعهد را در سراسر كشور بلكه جهان جريحه‌‌دار نمودند. اينان آنقدر از بينش سياسي بي‌‌نصيبند كه بي‌‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پيشگاه ملت به اين جنايات دست زدند و به كسي سوءقصد كردند كه آواي دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمين جهان طنين‌‌انداز است.
اينان در اين عمل غيرانساني به جاي برانگيختن و رعب، عزم ميليون‌ها مسلمان را مصمم‌‌تر و صفوف آنان را فشرده‌‌تر نمودند. آيا با اين اعمال وحشيانه و جرائم ناشيانه وقت آن نرسيده است كه جوانان عزيز فريب خورده از دام خيانت اينان رها شوند و پدران و مادران، جوانان عزيز خود را فداي اميال جنايتكاران نكنند و آنان را از شركت در جنايات آنان برحذر دارند؟ آيا نمي‌دانند كه دست‌‌زدن به اين جنايات، جوانان آنان را به تباهي كشيده و جان آنان به دنبال خودخواهي مشتي تبهكار از دست مي‌رود؟ما در پيشگاه خداوند متعال و ولي بر حق او حضرت بقيه‌‌الله ـ ارواحنا فداه ـ افتخار مي‌كنيم به سربازاني در جبهه و در پشت جبهه كه شب‌ها را در محراب عبادت و روزها را در مجاهدت در راه حق تعالي به سر مي‌‌برند.
من به شما خامنهاي عزيز، تبريك مي‌گويم كه در جبهه‌هاي نبرد با لباس سربازي و در پشت جبهه با لباس روحاني به اين ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالي سلامت شما را براي ادامه خدمت به اسلام و مسلمين خواستارم.
والسلام عليكم و رحمه‌‌الله و بركاته
روح‌‌الله الموسوي الخميني
آغاز مجدد فعاليت
حضرت آقا به‌رغم توصيه‌هاي مكرر پزشكان مبني بر استراحت بيشتر بار ديگر خود را به تريبون امامت جمعه تهران و شوراي عالي دفاع رساندند تا در نبود بزرگاني كه در فاجعه هفت تير از دست رفته بودند، نقش مديريت و مقوم ارزش‌هاي اسلامي را به عهده بگيرند.
دشمن تلاش كرد با از بين بردن عده‌اي از سران انقلاب حركت شتابان انقلاب را متوقف سازد، غافل از اينكه خون شهيد ضامن بقاي انقلاب است و دشمن «عِرض خود مي‌برد و زحمت ما مي‌دارد.»