با خروج از دانشگاه ارومیه در خردادماه سال ۱۳۵۸، دیپلم ادبی گرفت و در امتحان ورودی دانشگاه‌ها شرکت کرد و با رتبه‌ی ۱۰۴ در رشته‌ی حقوق قضایی وارد دانشگاه تهران شد. نام او غلام‌حسین افشردی بود که با آغاز فعالیتش در اطلاعات سپاه،نام مستعار حسن باقری را برای خود برگزید. وظیفه او در اطلاعات سپاه شناسایی گروهک‌ها بود. با شروع جنگ تحمیلی عراق، در روز اول مهرماه۱۳۵۹، راهی جبهه‌های جنوب در خوزستان شد و با استفاده از همه‌ی امکانات به جمع‌آوری اطلاعات، نقشه‌ها و کالک‌های عملیاتی و شناسایی دقیق محورهای عملیات پرداخت و این اسناد را به گزارش‌های سازمان‌یافته تبدیل کرد. در گلف اطلاعات کامل و جامعی از موقعیت دشمن، به همراه عناصر اطلاعاتی، به تحلیل و ارزیابی دشمن پرداخت و نقشه‌های دقیق مناطق عملیاتی را تهیه کرد. فعالیت‌های او در این زمینه با سازماندهی عناصر اطلاعاتی و برگزاری آموزش مختصری برای آن‌ها، منجر به تقویت واحد اطلاعات‌عملیات در ستاد عملیات جنوب شد.
جوان دانشجوی 24 ساله‌ی رشته‌ی حقوق قضایی دانشگاه تهران، با شناخت عمیق از دشمن و چیرگی بر منطقه‌ی جغرافیایی جنگ و تغییرات حاصل از آن علاوه بر طراحی و اجرای عملیات‌های مهم، با تأسیس اطلاعات‌عملیات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در جنگ، نبض دفاع مقدس هشت ساله مردم ایران را به دست گرفت به واحدهای تخصصی ترجمه‌ی اسناد و آرشیو جنگ اهتمام ورزید و آن‌گاه نیز با تسلط بر جبهه‌ی خودی و دشمن و تغییرات لحظه به لحظه‌ی آن، در شکل گیری سازمان رزم، برآورد اطلاعات و تهیه‌ی طرح عملیات، کادرسازی و تربیت فرماندهان تأثیرگذار و کارآمد نقشی اساسی ایفا کرد.
وی همچنین با ابتکار نظریه ای جدید در خصوص جنگ و راه‌های تقابل با متجاوزان، توانست استراتژی جنگ را تغییر دهد و با تسلط بر زمین نبرد دشمن و درک سریع توانایی آنان و نیز شناخت استعداد نیروهای خودی، راه مقابله را بازیابد. نظریه او مبنی بر ورود نیروهای مردمی به صحنه‌ی جنگ به برداشتن گام‌های بزرگی برای آزادسازی مناطق اشغالی انجامید. حسن باقری جنگ را فرصتی مغتنم برای رشد استعدادها می دانست. چندان که خود نیز در این خصوص چنین نگاشته است: «این جنگ فرصت‌های طلایی بسیاری را جهت رشد استعدادها به ما داده است. نیروهای ما با توجه به بعد انقلابی‌ای که دارند و چشم و گوش بسته تابع قانون‌های از خارج آمده نیستند، می‌توانند از قالب‌های پیش ساخته خارج شوند و با فکر سازنده‌ی خویش، روش‌هایی را ابداع کنندکه دشمن نخواهد توانست به سادگی به دفاع در مقابل آن‌ها برخیزد.»
او نظریه پرداز نظامی بزرگی بود که در جایگاه فرمانده عالی رتبه‌ی جنگ، توانست توازن قوا را به سود جمهوری اسلامی ایران تغییر دهد. آن‌چنان که دشمن بعثی نیز خود به این حقیقت اعتراف کرده و گفته است: «اطلاعات ایران(حسن باقری) در حملات خود اطلاعات کامل و دقیقی در خصوص یگان‌های ما اعم از خطوط حد، فرماندهان، شکاف‌ها، نقاط آسیب‌پذیر، محل استقرار قرارگاه‌ها و مواضع توپخانه و حتی مناطق اداری در اختیار داشته و از این طریق توانسته است طرح‌های خوبی تهیه کند و آن‌ها را به دقت به اجرا درآورد.»
با این همه، شهید حسن باقری، بیش از تجهیزات جنگی، بر ایمان و اندیشه متکی بود. وی خود در این باره نوشته است: «چیزی که دشمنان و امریکایی‌ها را به تنگ می‌آورد، این است که ما در فکر کردن به بن بست نمی‌رسیم و این باعث می‌شود در عمل نیز به بن بست نرسیم.»
حسن باقری بر آن بود که ابتکار عمل را باید از دشمن گرفت و فرصت برنامه‌ریزی به او نداد. او معتقد بود که هدف ما انهدام و کشتار نیروهای دشمن نیست، بلکه در برنامه‌ریزی‌ها و طراحی‌ها باید دشمن را دور بزنیم تا امکانات آن‌ها سالم به دست رزمندگان اسلام بیفتد و از سوی دیگر، باید سربازان ارتش بعث را به اسارت درآوریم تا اطراف صدام از این نیروها خالی شود و این افراد بتوانند در آینده‌ی انقلاب اسلامی عراق نقشی مؤثر ایفا کنند. او در سطح عالی جنگ در عملیات‌های محدود در محورهای دزفول، شوش، سوسنگرد، حمیدیه، اهواز، دارخوین، ماهشهر، آبادان و خرمشهر در سمت مسئول اطلاعات‌عملیات و فرماندهی در محور دارخوین در عملیات ثامن‌الائمه (ع)، معاونت فرماندهی عملیات طریق القدس، فرماندهی قرارگاه نصر در عملیات فتح المبین، بیت‌المقدس، رمضان، فرماندهی قرارگاه کربلا، جانشین فرماندهی کل در قرارگاه های جنوب توانست نقش مؤثرش را ایفا کند.
پس از عملیات رمضان، در شرایطی که طرح‌ریزی عملیات از منطقه‌ی جنوب به جبهه‌ی غرب منتقل شده بود، همزمان با اجرای عملیات مسلم‌بن عقیل(ع)، حسن باقری در قرارگاه کربلا با شناسایی و پی‌گیری مستمر، عملیات محرم را طرح‌ریزی کرد و با کسب موافقت، نسبت به اجرای آن وارد عمل شد. با توجه به کسب تجربیات و نتایج حاصله از موفقیت‌های رزمی و نظامی، ساختار سازمان رزمی سپاه شکل گرفت و بر اثر لیاقت و شایستگی قابل توجه و در خور تحسین حسن باقری، در قرارگاه خاتم‌الانبیاء توانست نقش مؤثری در طراحی و اجرای عملیات ایفا کند.
حسن باقری معروف به «سقای بسیجیان»، جوان‌ترین فرمانده جنگ ایران در دوران جنگ عراق علیه ایران بود. فرماندهان جنگ حسن باقری را از فرماندهان نابغه‌ی سپاه ایران می‌دانستند و از او به عنوان بن‌بست شکن در این عرصه نام می‌بردند. وی پایه‌گذار سازمان رزم سپاه بود. او بنیان‌گذار تفکر انقلابی جنگ بود که به‌جای تکیه بر تجهیزات نظامی، بر ایمان، فرهنگ علوی و عاشورایی تکیه کرد و فکر و اندیشه را مبنای شکست بن‌بست‌های جنگ قرار داد. حسن باقری ادبیات جنگ را تغییر داد و با اتکا برآموزه‌های قرآنی طرح‌هایی را نوشت که به شکست دشمن منجر شد. او بعد انسانی جنگ را محور کار خود قرار داد،به نحوی که گفت هدف ما از جنگ کشتار و انهدام نیست، بلکه به دنبال انقلاب اسلامی در عراق هستیم. طرح‌های عملیاتی او به آزادسازی بسیاری از مناطق اشغالی انجامید. براساس یادداشت‌های روزانه آن فرمانده جوان، وی به عنوان فرمانده در هر 24 ساعت 18 ساعت فعالیت می‌کرد و طی اجرای عملیات‌ها شب‌ها بیدار می‌ماند تا عملیات‌ها را به‌خوبی هدایت و فرماندهی کند.
امام خمینی(ره) پس از شهادت حسن باقری بر روی عکس وی نوشتند: «خداوند شهید شب‌زنده‌دار ما را با شهدای صدر اسلام محشور فرماید. اگر چه نمی‌توان با اندک اطلاعات به روی کاغذ، معرف شخصیت حسن باقری به عنوان یک نخبه، میراث معنوی و سرمایه‌ی ملی بود.»