گروه جهاد و مقاومت مشرق - حسن باقری همزمان با گسترش انقلاب اسلامی و فرمان حضرت امام خمینی (ره) مبنی بر فرار سربازان از پادگان‌ها، خدمت سربازی را رها کرد و به موج خروشان و توفنده امت حزب الله پیوست و به صورت تمام وقت در پیشبرد اهداف انقلاب اسلامی به فعالیت پرداخت. به هنگام تشریف فرمایی حضرت امام خمینی (ره) به میهن اسلامی، در فعالیت‌های کمیته استقبال شرکت چشمگیری داشت و به دلیل برخورداری از آموزش نظامی، به همراه سایر اعضای خانواده و دوستانش در تصرف کلانتری ۱۴ و پادگان، ولی عصر (عج) در تهران نقش بارزی ایفا کرد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی
باقری تا خرداد ۱۳۵۸، در کمیته انقلاب اسلامی و برخی نهادهای دیگر فعالیت داشت و با انتشار روزنامه جمهوری اسلامی، همکاری فعال خود را با این روزنامه در زمینه‌های مختلف آغاز کرد. در این مدت بنا به دعوت سازمان امل، از طرف روزنامه به عنوان خبرنگار، سفر ۱۵ روزه‌ای به لبنان و اردن انجام داد که طی این سفر، گزارش تحلیلی جامعی از اوضاع نابسامان مسلمین در آن منطقه تهیه کرد. در خرداد ماه سال ۱۳۵۸ موفق به اخذ دیپلم ادبی شد. سپس در امتحان ورودی دانشگاه شرکت کرد و با رتبه 104 در رشته حقوق قضایی دانشگاه تهران قبول شد. او در مدت حضور در محیط دانشگاه، نقش فعال و موثری در مقابله با توطئه‌های ضدانقلاب و گروهک‌ها داشت.
شهید باقری اوایل سال ۱۳۵۹ به عضویت سپاه درآمد. ابتدا در واحد اطلاعات مشغول به خدمت شد و در زمینه شناسایی و مقابله با گروهک‌های منحرف و وابسته، فعالیت خود را استمرار بخشید و در این واحد بود که نام مستعار «حسن باقری» برای ایشان در نظر گرفته شد.
حضور در جبهه‌های دفاع مقدس
تهاجم دشمن بعثی به مرزهای کشور اسلامی و آغاز جنگ تحمیلی، نقطه عطفی در زندگی شهید باقری بود. با احساس تکلیف در دفاع از اسلام و میهن اسلامی بلافاصله پس از شروع جنگ ـ در روز اول مهر ماه سال ۱۳۵۹ ـ به همراه عده‌ای از برادران پاسدار راهی جبهه‌های جنوب شد و تا آخرین لحظه حیات، در این سنگر باقی ماند و در بسیاری از صحنه‌های پیروزی دفاع مقدس حضوری فعال و تعیین کننده داشت.
در ادامه بیانات چند تن از فرماندهان شهید در وصف شهید حسن باقری را می‌خوانید:
شهید صیاد شیرازی: محبت حسن به دلم نشست
پس از عملیات موفق شکست حصر آبادان، تعدادی از فرماندهان ارتش و سپاه در یک هواپیمای سی ۱۳۰ قصد بازگشت داشتند که هواپیمای آن‌ها در نزدیکی تهران سقوط کرد و همه آن‌ها به شهادت رسیدند. این حادثه موجب جابجایی در بعضی مسئولیت‌ها شد و سرهنگ علی صیاد شیرازی، فرماندهی نیروی زمینی ارتش را بر عهده گرفت. از سوی دیگر، پس از تعویض چند فرمانده، محسن رضایی از سوی امام خمینی (ره) به فرماندهی سپاه پاسداران منصوب شد.
امیر شهید علی صیاد شیرازی، فرمانده وقت نیروی زمینی ارتش روایت کرد: «حسن باقری بسیار دلسوز، پرتحرک، علاقه‌مند و با انگیزه برای انجام ماموریتش در جبهه بود. دقیق و زیرک بود و با استعدادی که داشت، بعد از مدتی کوتاه یکی از چهره‌های شاخص و موثر قرارگاه کربلا شد. در سال ۵۹ درگیری‌هایی با بنی صدر خائن پیدا کردم و از مسئولیت فرماندهی کردستان برکنار شدم. خدا توفیق داد، از این فرصت استثنایی استفاده کردم و در طرح و عملیات سپاه شروع به همکاری کردم. برای بررسی و شناسایی منطقه خوزستان، به جبهه رفتم. وارد مقر سپاه در گلف شدم. در اتاق عملیات با برادران سپاه صحبت می‌کردیم. برادر جوانی وارد جلسه شد و خواست مرا به منطقه توجیه کند که همان حسن باقری بود. از همان لحظه آشنایی، محبت او به دل ما رفت و یک احساس احترام نسبت به او کردم. در رابطه با قدرت مدیریت او همان قدر کافی است بگویم که ایشان در مسئولیت‌های حساس، بخش عمده‌ای از صحنه عملیات را به دست می‌گرفت و با استعداد و شایستگی که داشت، این کار را به خوبی انجام می‌داد.»
شهید همت: استفاده از نقشه در شرح عملیات
تجربه او در جنگ و هوش و ذکاوتش موجب شد تا جزو تواناترین افراد برای مسئولیت‌های آینده به کار گرفته شوند.
سردار شهید محمدابراهیم همت، فرمانده لشکر ۲۷ محمدرسول الله (ص) در دوران دفاع مقدس روایت کرد: «تازه می‌خواستیم تیپ حضرت رسول (ص) را تشکیل دهیم. جلسه‌ای در سپاه دزفول بود. در این جلسه، نشسته بودیم. نقشه‌ای روی دیوار بود که برادر حسن پای نقشه رفت و شروع به صحبت کرد.
برادرمان حاج احمد متوسلیان رو به من کرد و گفت: حاجی، این‌ها روی نقشه می‌جنگند یا روی زمین!
این‌ها برای ما که در غرب کشور و کردستان کمتر از نقشه استفاده می‌کردیم، جا نیافتاده بود.»
شهید معینیان: جلسات فرماندهی بدون حضور حسن ناقص بود
پس از پایان عملیات طریق القدس، بلافاصله طراحی برای عملیات بعدی آغاز شد. این بار نوبت آزادسازی سرزمین‌های غرب دزفول و شوش بود. او یکی از افراد فعال در جلسات طراحی عملیات بود.
سردار شهید حمید معینیان، مسئول وقت اطلاعات عملیات قرارگاه کربلا روایت کرد: «جلسات مهم فرماندهی، بدون حضور حسن باقری ناقص بود. هر وقت او شرکت نمی‌کرد، می‌دانستیم جلسه ناقص است. چون مهم‌ترین قسمت جلسه، دادن گزارش از وضع موجود بود و این کار، تنها از حسن باقری ساخته بود. کسان دیگری هم بودند که این کار را انجام دهند، ولی نه به دقت و وسواس او. اگر گزارش او ارائه می‌شد، جلسه با پرداختن به قسمت‌های مختلف، گرم می‌شد و نتیجه می‌داد. بعدها بدون هیچ صحبتی، فرماندهان عملیات به این نتیجه رسیدند که از تجربه‌های حسن باقری استفاده کنند تا کسان دیگری هم بتوانند در حد خودشان کار او را انجام دهند.»
شهید همدانی: فرماندهی شهید باقری در تپه علی گره زد
با توجه به گسترش ۳۴۰۰ کیلومتر مربعی منطقه عملیات فتح المبین (کربلا ۲) منطقه به چهار قرارگاه کنترل کننده تقسیم شد. در قرارگاه مرکزی کربلا، محسن رضایی و شهید صیاد شیرازی فرماندهی کل عملیات را بر عهده گرفتند. در این زمان حسن باقری به عنوان مشاور عملیات و مسئول اطلاعات در کنار فرمانده کل سپاه قرار گرفت. در طرح ریزی مانور عملیات، پیش بینی شد که قرارگاه نصر که از جانب شمال منطقه حمله می‌کرد، در میانه راه مجبور شود به دنبال تصرف هدف‌های دیگری نیز برود. به همین دلیل، لازم بود فردی که صلاحیت و لیاقت این کار را دارد، فرماندهی آن را بر عهده گیرد. بدین ترتیب باقری به عنوان فرمانده قرارگاه نصر منصوب شد. در شب دوم فروردین ۱۳۶۱ عملیات با رمز یا زهرا (س) آغاز شد. در مرحله اول، قرارگاه نصر به همه هدف‌های خود و از جمله توپخانه دشمن در تپه علی گره زد دست یافت.
سردار شهید حسین همدانی، فرمانده لشکر ۳۲ انصارالحسین در دوران دفاع مقدس روایت کرد: «صبح روز اول عملیات، دشمن در محور بلتا مقاومت می‌کرد و ما درگیر بودیم. او بدون مکث و ابهام و بدون اینکه حتی مشورت کند، تصمیم گرفت واحد احتیاط را که در منطقه داشتیم، وارد کار کند. این واحد احتیاط، زیر آتش، خط دشمن را شکافت. قطعا اگر حس باقری این تصمیم را نگرفته بود، نیروهایی که فرستاده بودیم تپه‌های علی گره زد را با ۹۰ قبضه توپ گرفته بودند، با مشکل زیادی مواجه می‌شدند. واحد احتیاط، خط دشمن را شکافت و خودش را رساند به نیرویی که شب قبل وارد عمل شده بود.»
شهید مهدی زین الدین: بدون حسن چطور جنگ را ادامه دهیم!
شهادت حسن، ضربه روحی به فرماندهان وارد کرد. فرماندهان جنگ در بهت فرو رفتند. حسن باقری ناگهانی و خیلی زود از میان آن‌ها رفته بود.
سردار شهید مهدی زین الدین، فرمانده لشکر ۱۷ علی ابن ابیطالب (ع) در دوران دفاع مقدس روایت کرد: «ادامه جنگ زیر سوال بود. خب، حالا ما دیگر حسن نداریم. ما فرمانده قرارگاه کربلا نداریم، چطوری می‌خواهیم این جنگ را ادامه دهیم.»
