هنگامی که نوبت به انتخاب فرماندهی واحد برای این نهاد تازه تاسیس رسید ، طبیعی بود که محمد بروجردی به دلیل سوابق و تجربیاتش ، اولین گزینه های مطلوب باشد اما وی از پذیرش این مسئولیت سر باز زد.
با شروع غائله تجزیه طلبان ضد انقلاب در کردستان ، محمد بروجردی در کردستان مستقر شد و تمامی توان خود را بر سامان دادن به اوضاع سیاسی-اجتماعی کردستان متمرکز کرد. بروجردی به دلیل سیره اخلاقی و نتایج عملکرد خالصانه اش در کردستان برای استقرار ثبات و امنیت ، در میان ساکنان بومی منطقه به محبوبیتی منحصربفرد دست پیدا کرد تا جایی که به «مسیح کردستان» معروف شد.
«میرزا محمد پدر دره گرگی» معروف به «محمد بروجردی» سرانجام در اول خرداد 1361 در جاده مهاباد-نقده ، خلعت شهادت پوشید.
تصویر زیر ، در ایامی برداشته شده است که «مسیح کردستان » آخرین روزهای نقاهت ، پس از مجروح شدن در جبهه های نبرد را طی می کند:
