پدر او عالم عارف، مرحوم آیت‌الله آخوند ملا محمد جواد صافی، علاوه بر تخصص، تحقیق، تألیف و تدریس در گرایش‌های مختلف علوم اسلامی مانند فقه، اصول، کلام، اخلاق، حدیث و … در زمینه هنرهای ارزشمندی چون شعر و خوشنویسی نیز سرآمد بود.

وی در نوجوانی ابتدا در گلپایگان، کتب پایه ادبیات عرب را نزد مرحوم آخوند ملا ابوالقاسم آغاز کرد و ادامه مباحث ادبیات، کلام، تفسیر، حدیث، فقه و اصول را تا پایان سطح در همان‌جا پی گرفت.

در سال ۱۳۶۰ قمری، گلپایگان را ترک کرد و با رنج مشکلات هجرت به قم رفت تا با حضور در مجلس درس و بحث اساتید بزرگ حوزه علمیه قم به تکمیل تحصیلات و تحقیقات خود بپردازد.

وی چند سال بعد به نجف اشرف رفت و در آن‌جا نیز از محضر مراجع عالیقدر آن حوزه، برای یک سال بهره‌ گرفت.

از اساتید مهم وی در قم، مراجع تقلید، آیات عظام: سید محمد تقی خوانساری، حجّت، صدر، بروجردی و در نجف، آیات عظام: شیخ محمّد کاظم شیرازی، سید جمال‌الدین گلپایگانی و شیخ محمّد علی کاظمی را می‌توان نام برد.

با پیروزی انقلاب اسلامی ایران، وی در سال ۱۳۵۸، به عنوان عضو مجلس خبرگان اوّل، انتخاب و در سال ۱۳۵۹، از سوی حضرت امام خمینی (ره) به عضویت شورای نگهبان منصوب شد.

برخی از آثار آیت‌ الله صافی گاپایگانی:

• راه اصلاح یا امر به معروف و نهی از منکر
• سفرنامه حج
• نیایش در عرفات
• حدیث بیداری (مجموعه پیام‌ها)
• شهید آگاه
• پرتوی از عظمت امام حسین (ع)
• با عاشوراییان
• بزم حضور(دفتر شعر رضوی)
• نغمه مشتاقان(دفتر شعر)
• آفتاب مشرقین(دفتر شعر عاشورایی)
• صحیفة المؤمن (دفتر شعر)
• سبط المصطفی (دفتر شعر)
• دیوان اشعار
• در آرزوی وصال (دفتر سروده‌های امام زمانی)
• پاسخی به کتاب «عقیده مهدویت در شیعه امامیه»
• ‌نوید امن و امان
• ‌پاسخ ده پرسش
• اصالت مهدویت
• تجلی توحید در نظام امامت
• نظام امامت و رهبری
• ولایت تکوینی و ولایت تشریعی
• پیرامون معرفت امام
• عقیده نجات بخش
• به سوی دولت کریمه
• باورداشت مهدویت