10 سال آخر حیات ایشان، هم‌زمان با مرجعیت عامه و زعامت دینى شیعیان بود، از مهم‌ترین آثار این عالم دینی «وسیلة النجاة» و «انیس المقلدین» است، همچنین آیات عظام سید محسن حکیم، سید محمد هادى میلانى، سید محمود شاهرودى، سردار کابلى، علامه طباطبایى، سید عبدالله شیرازى، میرزا هاشم آملى و ... از جمله شاگردان آیت‌الله اصفهانی هستند.
این عالم ربانى سرانجام پس از 81 سال عمر پر برکت در روز نهم ذی‌الحجه در سال 1365 هجری قمری دارفانی را وداع گفت، پیکر شریف ایشان در صحن مطهر امیرالمؤمنین(ع) کنار قبر فرزند شهیدش سید محمد حسن و آرامگاه آیت‌الله خراسانى به خاک آرام گرفت.
*آیت‌الله اصفهانی از طرف امام زمان(عج) اجازه تصرف در سهم امام را داشت
نقل است که آیت‌الله بهجت (از شاگردان آیت‌الله اصفهانی) گفته است: آقا سید ابوالحسن اصفهانی(ره) برای یکی از علماء سنّی مجلس فاتحه اقامه کرد، شخصی به ایشان اعتراض می‌کند که چرا از سهم امام این گونه مجالس را برگزار می‌کنید؟ ایشان به شخص معترض ورقه سبزی را نشان داده بود که بنابر نقل، به خطّ و امضای حضرت غایب(عج) بود و ایشان هم یقین کرده بود که ورقه از جانب حضرت است که به مرحوم سید اجازه داده بود که سهم امام را در آنچه موجب اعتلای مذهب حق است صرف کند.
*ماجرای شیعه شدن عالم یمنی توسط آیت‌الله اصفهانی
از نکات بارز زندگانی این مجاهد نستوه و خستگی‌ناپذیر تشرف بی‌واسطه ایشان به فیض ملاقات امام زمان(عج) بود.
یکی از علمای زیدیّه به نام سید بحرالعلوم یمنی وجود حضرت ولی عصر(عج) انکار می‌کرد و با علما و مراجع شیعه آن روز مکاتبه می‌کرد و برای اثبات وجود و حیات آن حضرت برهان می‌خواست، علمای بزرگوار از کتب اخبار و تواریخ عامه و خاصه اقامه دلیل می‌کردند؛ ولی وی قانع نمی‌شد و می‌گفت: من هم این کتب را دیده‌ام تا اینکه برای آیت‌الله اصفهانی نامه نوشت و جواب قاطعی خواست.
مرحوم آیت‌الله شیخ محمد شریف رازی در کتاب «گنجینه دانشمندان» درباره این ماجرا چنین می‌نویسد:
روزی یک پستچی آمد و یک پاکت نامه به دست سید ابوالحسن داد، ایشان نامه را باز کردند و در داخل آن دو ورقه بود یک ورقه اشعار شخصی سنی در ردّ اعتقاد به وجود حضرت مهدی(عج) بود که برای صاحب نامه فرستاده بود و ورقه دیگر نامه‌ای بود که نویسنده آن درباره اعتقاد شیعه به مهدی(عج) از مرحوم سید دلیل و استدلال خواسته بود. مرحوم سید نامه را خواندند و خندیدند. سپس آن نامه را به صدای بلند خواندند. نامه از طرف بحرالعلوم یمنی بود و دلیلی برای وجود امام زمان درخواست کرده بود.
مرحوم سید ابوالحسن همان وقت جواب نامه او را نوشتند و در ضمن نوشتند: «شما به نجف مشرف شوید تا من امام زمان(عج) را به شما نشان بدهم»! نامه را مهر کردند و به دامادشان سید جواد اشکوری دادند و فرمودند: ببر در پست بینداز.
دو ماه از این قضیه گذشت، شبی بعد از این که سید ابوالحسن در صحن امیرالمؤمنین(ع) نماز مغرب و عشاء را خواندند، یکی از شیوخ عرب به نام شیخ عبدالصّاحب آمد و به ایشان گفت: «بحر العلوم یمنی به نجف آمده است و در محله فلان جا منزل کرده است»، سید ابوالحسن فرمودند: «باید همین حالا به دیدنش برویم»، ایشان همراه با عده‌ای از علما برای دیدن بحرالعلوم حرکت کردند.
دامادهایشان و پسرشان سید علی هم همراهشان بودند، ما هم رفتیم، بالاخره وقتی رسیدیم و تعارف به عمل آمد، بحرالعلوم یمنی شروع به صحبت در آن زمینه کرد، سید ابوالحسن فرمود: الآن وقت صحبت کردن نیست، چون من عجله دارم، فردا شب برای شام به منزل ما بیایید تا آنجا با هم صحبت کنیم. سپس مرحوم سید برخاست و همه با هم به منزل بازگشتیم.
فردا شب، بحرالعلوم با پسرش سید ابراهیم به منزل سید ابوالحسن آمدند، پس از صرف شام، سید خادمشان را صدا زدند و فرمودند: مشهدی حسین! چراغ را روشن کن، می‌خواهیم بیرون برویم.
مشهدی حسین چراغ را روشن کرد و آورد، در این هنگام سید ابوالحسن و بحرالعلوم یمنی و فرزندش سید ابراهیم و مشهدی حسین آماده بیرون رفتن شدند. ما هم خواستیم همراه آنان برویم، اما ایشان فرمودند: «نه هیچ کدامتان نیایید». هر چهار نفر آنها بیرون رفتند و چون تا برگشتن آنها زمان زیاد گذشت، ما آن شب نفهمیدیم که کجا رفتند.
فردا صبح از سید ابراهیم پسر بحرالعلوم یمنی سؤال کردیم: دیشب کجا رفتید؟ سید ابراهیم خندید و با خوشحالی گفت: «الحمدلله استبصرنا ببرکة الامام السید ابوالحسن»؛ ما به برکت امام سید ابوالحسن شیعه شدیم!
گفتیم: کجا رفتید؟ گفت: «رحنا بالوادی مقام الحجة»؛ در وادی السّلام به مقام حجت(عج) رفتیم.
وقتی به اطراف مقام رسیدیم، سید ابوالحسن چراغ را از خادمشان گرفتند و گفتند: اینجا بنشین تا ما بر گردیم، مشهدی حسین همان جا نشست و ما سه نفر وارد مقام شدیم، وقتی در فضای مقام داخل شدیم، سید چراغ را زمین گذاشتند و کنار چاه رفتند و وضو گرفتند و داخل مقام شدند و ما بیرون مقام قدم می‌زدیم، سپس سید ابوالحسن مشغول نماز شدند. پدرم چون معتقد به مذهب شیعه نبود، لبخند می‌زد و می‌خندید.
ناگهان صدای صحبت کردن بلند شد، پدرم با تعجب به من گفت: کسی اینجا نبوده است! آقا با چه کسی صحبت می‌کند؟! دو سه دقیقه صدای صحبت‌ها را می‌شنیدیم، اما تشخیص نمی‌دادیم که صحبت درباره چیست، هیچ یک از مطالب مشخص نبود.
ناگهان سید صدازد: «بحرالعلوم ! داخل شو»، پدرم داخل شد، من هم خواستم به داخل مقام بروم اما سید فرمود: «نه تو نیا!»، باز به قدر چهار - پنج دقیقه صدای صحبت می‌شنیدم، اما صحبت‌ها را تشخیص نمی‌دادم، ناگهان یک نوری که از آفتاب روشن‌تر بود، در مقام حجت تابش کرد و صیحه پدرم به صدای عجیبی بلند شد. یک صیحه زد و صدایش خاموش شد.
سپس سید ابوالحسن صدازد: سید ابراهیم! بیا پدرت حالش به هم خورده است. آب به صورتش بزن و شانه‌هایش را بمال، آب به صورتش زدم و شانه‌هایش را مالیدم، پدرم چشم‌هایش را باز کرد و با صدای بلند گریه می‌کرد. بی‌اختیار از جا بلند شد و روی قدم‌های سید ابوالحسن افتاد و پاهای سید را می‌بوسید و دور سیّد طواف می‌کرد و می‌گفت: «یا بن رسول الله! یابن رسول الله! یابن رسول الله! التوبة! التوبة! التوبة»!
پس از آن سید ابوالحسن، مذهب شیعه را به او تعلیم دادند و او شیعه شد و من هم شیعه شدم، به هر حال این قضیه گذشت و بحرالعلوم هم به یمن بازگشت، چهار ماه بعد زوّار یمنی به نجف آمدند و پول‌های زیادی برای سید ابوالحسن آوردند، به همراه نامه‌ای که سید بحرالعلوم توسط زوّار به حضور سید فرستاده بود و و از او تشکر و قدردانی کرده بود و نوشته بود: «از برکت عنایت و هدایت شما تا کنون دو هزار و اندی از مقلّدین من شیعه دوازده امامی شده‌اند».
