بلافاصله پس از تعویض دولت، تغییرات مدیران ارشد دانشگاهها در دوران سرپرستی جعفر توفیقی و وزارت فرجی دانا شروع شد و تاکنون قریب به اتفاق روسای دانشگاه ها تغییر کرده اند. جدول ذیل تنها بخشی از تغییراتی که در سطح روسای دانشگاهها صورت گرفته را تا پایان فروردین ماه 1393 نشان می دهد.