سيد محمد صنیع خانی در بهار سال1358 به عضویت رسمی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در آمد و با توجه به اینکه سپاه منطقه 13 و کمیته منطقه 13 عملا در هم ادغام شد و هر دو با مدیریت واحد اداره می‌شد و پس از مدتی کل مجموعه مبارزه با مواد مخدر به همراه افراد شاغل به واحد اطلاعات سپاه منتقل گردید.سيد محمد از ابتدای جنگ تحميلي با ایجاد مرکز اعزام نيروي سپاه در محل لانه جاسوسي آمريكا، مسئوليت اعزام رزمندگان را به مناطق عملیاتی بر عهده گرفته بود. سردار شهید سید محمد صنیع خانی بنيانگذار و فرمانده ترابري سپاه بود. وی نقش موثر و تعیین کننده‌ای در ایجاد تحرک در یگانهای رزم و پشتیبانی و رفع کمبود وسایل نقیله سنگین ایفا نمود و به شایستگی از عهده این وظیفه خطیر بر آمد.
پس از پايان جنگ تحميلي، او همچنان مديری توانا برای مهار و كنترل هر بحراني در سطح كشوربود. در اين رابطه، حضوراو در زلزله رودبار منجيل و سيل زابل و حوادث مشابه باعث شده موثر بود سيد محمد بلافاصله پس از رحلت امام (ره) ساخت حرم مطهر را آغاز كرد و كارهاي اساسي آن را تا روز چهلم و سپس اولين سالگرد ارتحال به نتيجه رساند.
آخرين مسئوليت شهيد صنيع خاني قائم مقامي بنياد تعاون سپاه بود. سيد محمد در فاو و بخصوص در عمليات والفجر10 در حلبچه در معرض گازهاي شيميايي قرار گرفت و آسيب ديد.
سيد محمد صنيع خاني پس از پايان جنگ علي رغم درد و رنج مجروحيتش، به كشور و مردم محروم خدمت كرد و آرام آرام همانند شمعي سوخت و به متن جامعه، نورانيت بخشيد. او كام بسياري از هموطنان محرومش را با ياري بي ريغ شيرين كرد و در نهايت در روز چهاردهم شهريور ماه سال 1373 به آرزوي ديرينه اش رسيد.
