طبق مصوبه مجلس هیئت‌امنای مساجد دارای وظایف و اختیارات زیر هستند:
الف- نمایندگی مسجد در برابر معاونت، مرکز امور مساجد و کلیه نهادها و موسسات و ادارات و همچنین تشکل‌های فعال در مسجد
ب- تصمیم‌گیری و هماهنگی تشکل‌های داخل مسجد، مراقبت، نگهداری، انجام تعمیرات و تلاش در رعایت پاکیزگی و آراستگی مسجد، اخذ سند مالکیت و ثبت مسجد در معاونت و ثبت اموال منقول با مشخصات دقیق در دفتر اموال مسجد با رعایت ضوابط شرعی
پ- مشارکت و همکاری در اجرای طرح و برنامه‌های لازم در امور فرهنگی و اجتماعی
ت- تعیین محل مناسب با هماهنگی دستگاه ذیربط برای حفظ آثار و ارزش‌های دفاع مقدس، آثار معنوی، مفاخر و نخبگان محل و ایجاد دفتری یادبود
ث- جلب کمک‌ها و مشارکت‌های اشخاص حقیقی و حقوقی به منظور انجام فعالیت‌ها و تجهیز مسجد به فناوری‌های جدید متناسب با شؤون مسجد
ج- جمع‌آوری درآمدها، کمک‌ها و نذورات نقدی و غیرنقدی و ثبت آن در دفاتر حسابداری مسجد
چ- پرداخت هزینه‌های ضروری و جاری مسجد و پرداخت حقوق و دستمزد به خادم و خادمان مسجد و پیگیری بیمه آنها
ه- تهییه گزارش عملکرد سالانه، صورتحساب و تنظیم و نگهداری اسناد درآمد و هزینه مسجد
خ- طرح دعوی و دفاع از حقوق مسجد و تعقیب دعاوی مربوط به آن و در صورت لزوم انتخاب وکیل برای انجام امور مذکور
نمایندگان مجلس در تبصره این ماده نیز هیئت امنای مساجد را مکلف کردند فعالیت‌های فرهنگی و قرآنی را در اولویت قرار دهند.
