براساس ماده 2 لایحه مذکور تامین مالی تروریسم در صورتی که در حکم محاربه یا فساد فی‌الارض تلقی شود مرتکب به مجازات آن محکوم می‌شود و در غیر این‌صورت علاوه بر مصادره وجوه و اموال موضوع ماده یک این قانون به نفع دولت به مجازات 2 تا 5 سال حبس و جزای نقدی معادل 2 تا 5 برابر منابع مالی تامین شده محکوم می‌شود.
بهارستان‌نشینان با اصلاح ماده 3 افراد مطلع از جرم موضوع این قانون را موظف کردند مراتب را در اسرع وقت به مقامات صالح اداری، انتظامی، امنیتی یا قضایی ذی‌صلاح اعلام کنند. در غیر این صورت به یکی از مجازات های تعزیزی درجه هفت محکوم می شوند.
در ماده 4 اصلاحی نیز مصوب شد در صورت ارتکاب جرم موضوع این قانون توسط شخص حقوقی، طبق مقررات قانون مجازات اسلامی اقدام می‌شود.
وکلای ملت با اصلاح ماده 5 نیز مراجع قضایی و همچنین ضابطین دادگستری تحت نظارت و تعلیمات و یا دستور مقام قضایی را حسب مورد مکلف کردند اقدامات زیر را انجام دهند:
الف. شناسایی، کشف و مسدود کردن وجوه استفاده شده یا تخصیص داده شده برای جرایم تامین مالی تروریسم و عواید به دست آمده از آنها
ب. شناسایی و توقیف اموال موضوع جرم مذکور در این قانون و عواید آنها که به طور کامل یا جزئی تبدیل به اموال دیگری شده و تغییر وضعیت یافته است.
پ. توقیف اموال و عواید موضوع جرم که با اموال قانونی امتزاج یافته است به نحوی که اموال مزبور به اندازه تخمین زده شده قابل توقیف باشد.
همچنین در اصلاح صورت گرفته در ماده 6 دادگاه مکلف شد علاوه بر مجازات‌های مقرر در ماده 2 مرتکب را متناسب با جرم ارتکابی حداکثر به دو مورد از مجازات تکمیلی محرومیت از حقوق اجتماعی مطابق قانون مجازات اسلامی محکوم کند.
براساس ماده 7 اصلاحی، سردستگی اعم از تشکیل، طراحی، سازماندهی یا اداره گروه مجرمانه دو یا چند فرد در ارتکاب جرم موضوع این ماده اعم از اینکه عمل آنان مباشرت یا معاونت در جرم باشد و همچنین ارتکاب جرم مذکور به صورت سازمان یافته، مشمول مجازات ماده 130 قانون مجازات اسلامی مصوب 1/2/1392 است.
وکلای ملت ضمن اصلاح ماده 8 این لایحه هر شخصی که داخل گروه‌های حامی مالی تروریسم باشد و ریاست یا مرکزیتی نداشته باشد و قبل از تعقیب همکاری موثر در شناسایی شرکا یا معاونان، تحصیل ادله یا کشف اموال و اشیاء حاصله از جرم یا به کار رفته برای ارتکاب آن کند، از مجازات معاف می‌شود و چنانچه پس از شروع به تعقیب با ماموران دولتی همکاری موثری کند، از جهات مخففه محسوب و مطابق مقررات مربوط، مجازات وی تخفیف می‌یابد.
براساس تبصره این ماده در صورتی که شخص، مرتکب جرم دیگری شده باشد معافیت یا تخفیف موضوع این ماده مانع از اعمال مجازات نسبت به آن جرم نیست.
