مقرر شد محمد بنا اسامی کادر فنی خود را جهت تأیید به شورای فنی تیم های ملی کشتی فرنگی ارائه کند و اردوی این تیم بعنوان اردوی هماهنگی از روز 12 مهرماه آغاز شود.
بنا اولین بار در سال 2005 هدایت این تیم را بر عهده گرفت.با هدایت او تیم ملی کشتی فرنگی ایران 3 سال پیاپی صاحب مدال طلا در رقابتهای قهرمانی جهان شد.
بنا در سال 2007 و پس از اختلاف با محمدرضا یزدانی خرم رئیس فدراسیون کشتی از مربیگری تیم ملی کنار رفت اما پس از شکست سنگین تیم ملی کشتی ایران در المپیک پکن دوباره مربی این تیم شد و توانست تیم ملی ایران را در مسابقات جهانی 2009 با یک مدال طلا و سه مدال برنز به مقام دوم جهان برساند. این اولین بار بود که کشتی فرنگی ایران روی سکوی جهانی قرار میگرفت، در حالیکه 5 کشتیگیر این تیم برای اولین بار در مسابقات جهانی حاضر میشدند.
در سال 2010 در جام جهانی کشتی در ارمنستان، تیم ملی کشتی فرنگی ایران با هدایت بنا برای نخستین بار قهرمان جام جهانی شد. در همین سال این تیم با 4 مدال طلا و یک مدال برنز به مقام نخست بازیهای آسیایی 2010 گوانگجو رسید که بهترین نتیجهٔ کشتی فرنگی ایران در بازیهای آسیایی پس از بازیهای آسیایی 1974 تهران (8 طلا و یک نقره در ده وزن) محسوب میشد. تیم ملی کشتی فرنگی ایران در مسابقات جهانی سال 2011 در ترکیه با سرمربیگری محمد بنا علی رغم حضور نداشتن حمید سوریان با کسب دو طلا و یک برنز بر سکوی سوم جهان تکیه زد. در این سال محمد بنا به عنوان بهترین مربی سال کشتی فرنگی انتخاب شد.
در المپیک 2012 لندن تیم کشتی ایران با مربیگری محمد بنا، برای اولین بار در تاریخ کشتی فرنگی قهرمان المپیک شد تا بهترین عملکرد تاریخ ورزش ایران در این رشته ورزشی رقم بخورد. در این المپیک تیم ایران علی رغم ناداوریها با درخشش حمید سوریان، امید نوروزی و قاسم رضایی صاحب سه مدال طلا شد و به مقام نخست تیمی دست یافت. گفتنی است که ایران پیش از این نتوانسته بود در رشتهٔ کشتی فرنگی به مدال طلا برسد. بعد از این قهرمانی وی در اظهارنظری اعلام کرد که از دنیای کشتی خداحافظی خواهدکرد.
وی بعد از المپیک اعلام کرد از تیم ملی جدا خواهد شد، اما محمود احمدینژاد، رئیس جمهور وقت، از وی قول گرفت تا بماند و کار را ادامه دهد.
محمد بنا در مهرماه 91 و بعد از روی کار آمدن رسول خادم، مدیر فنی وقت تیمهای ملی فدراسیون کشتی، با اختیارات بیشتر دوباره به کشتی فرنگی بازگشت، اما 18 دی ماه 91 بار دیگر از این سمت کنارهگیری کرد، اما بعد از گذشت حدود 11 ماه با توجه به نتایج نه چندان مطلوب این تیم در مسابقاتی که به میدان رفته بود، وی آمادگی خود را برای بازگشت به تیم ملی کشتی فرنگی اعلام کرد و 18 آذرماه 92 در زمان سرپرستی رسول خادم در فدراسیون کشتی بار دیگر بازگشت. اما مجددأ اردیبهشت ماه سال 93 و بعد از کسب عنوان سومی در رقابتهای قهرمانی آسیا در قزاقستان و پیش از جام جهانی کشتی فرنگی در تهران، در اعتراض به شرایط حاکم بر کشتی فرنگی، کنارهگیری کرد تا ابتدا ناصر نوربخش به صورت موقت تا جام جهانی و سپس احد پازاج عهدهدار این مسئولیت شود.