اما ظاهرا این سخنان شمخانی به مذاق سازمان انرژی اتمی خوش نیامده و به دلیل نگرانی از دلخوری احتمای طرف غربی، طی یک موج رسانه‎ای هماهنگ اقدام به تکذیب سخنان دبیر شورایعالی امنیت ملی و مسئول اصلی نظارت بر اجرای برجام کرده‎اند.
 

متاسفانه در روزهای اخیر تعدادی معدودی از رسانه‌ها در خصوص اقدامات سازمان انرژی اتمی مطالب غلطی را منتشر می‌نمایند و اینکار تا جایی پیش رفته است که حتی در رسانه ملی از قول دبیر محترم شورایعالی امنیت ملی که جایگاه والائی در سیاست و امنیت کشور دارد را منتشر می‌نمایند. در این مورد اخیر که امیدواریم آخرین آن باشد از قول دریادار شمخانی گفته شده است که « پس از تذکر به سازمان انرژی اتمی جمع‌آوری سانتریفیوژها متوقف گردیده است».

با توجه به تشابه این نوع ادبیات با مورد قبلی که به نقل از یکی از نمایندگان محترم مجلس عنوان شده بود، بلافاصله سخنگوی سازمان با جناب آقای خسروی معاون رسانه‌ای دبیرخانه شورایعالی امنیت ملی تماس گرفته و صحت و سقم موضوع را جویا شد. جناب آقای خسروی پس از بررسی با سخنگوی سازمان تماس گرفته و اعلام نمودند که هنگام بازدید جناب آقای شمخانی از نمایشگاه مطبوعاتی در پاسخ سوال یکی از خبرنگاران در خصوص موضوع سوریه مطلبی را تایید کرده است لاکن چون هم زمان خبرنگار دیگری در خصوص موضوع تذکر به سازمان انرژی اتمی سوال نموده بود، آن خبرنگار به اشتباه پاسخ جناب آقای شمخانی به سوال روسیه را پاسخ به سوال خود تلقی نموده و این مطلب را منتشر نموده است. 

این در حال است که بعیدی نژاد نیز در این باره سخنان شمخانی را تکذیب کرده و با جانب داری از سخنگوی یک سازمان دولتی، به ایسنا گفته است:  من کاملا در جریان این موضوعات هستم و تا جایی که می دانم آقای کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی ابعاد مسأله را کامل توضیح دادند و اظهارنظری که به نقل از آقای شمخانی منتشر شده است دقیق نیست.

پیش از این زاکانی با اشاره به تذکر درباره جمع آوری سانتریفیوژها گفته بود: در پی این تذکر، کار را متوقف کرده‌اند و حداقل در فردو این روند متوقف شده است. پس از بازگشایی مجدد مجلس در هفته آینده، حتما در کمیسیون این موضوع را پیگیری خواهیم کرد.
 
دولت مجوز اجرای برجام پیش از دریافت تضمین کتبی از اروپا و امریکا برای لغو تحریم ها را نداشته و بنا به گفته عراقچی هنوز دولت به این نتیجه نرسیده است که نامه اخیر اوباما متضمن همان متن کتبی مورد درخواستی باشد که لغو تحریمها را تضمین کرده است. با این حال مشخص نیست اصرار برای جمع آوری سانتریفیوژها با کدام منطق صورت گرفته است!؟
 
برخی گمانه زنی‎ها علت اصرار برای وانمود کردن به جمع آوری سانتریفیوژها را ترس از دلخوری طرف مقابل می‎داند، این در حالی است که گرفتن تضمین کتبی برای اجرای تعهدات امریکا و اروپا حداقل اقدامی است که باید پیش از خالی شدن دست ایران از برگ های برنده اش یعنی سانتریفیوژها نطنز و فوردو انجام شود.