پس از شهادت امام جواد(ع) در سال 220هـ.ق فرزندش امام هادى(ع) که هنوز بیش از هشت سال نداشت، به امامت رسید. از آنجا که شیعیان به استثناى معدودى مشکل بلوغ امام دربارۀ امام جواد(ع) را پشت سر گذاشته بودند، در زمینۀ امامت امام هادى(ع) تردید خاصى براى بزرگان آنها به وجود نیامد.

در امامت آن جناب، دلائل عام و خاصی وجود دارد؛ مانند:

1. احادیثی که از پیامبر اکرم(ص) نقل شده و در آن اسامی دوازده امام آمده است.

2. در احادیث متعدّدی نیز به صورت خاص به امامت آن حضرت تصریح شده است؛ مانند احادیث زیر:

امام جواد(ع) فرمود: «[پس از من] امر امامت به امام على النقى(ع) واگذار خواهد شد، در صورتى که او پسر بچه‌اى است. دوباره فرمود: آرى و کمتر از هفت‏ ساله، چنان که حضرت عیسى بن مریم(ع) نیز چنین بود».

همچنین آن حضرت فرمود: «امام بعد از من پسرم على است. دستور او دستور من و سخنش سخن من است. فرمان‌بردارى از او فرمان‌بردارى از من است و امامت پس از او در فرزندش حسن خواهد بود...».

علم و دانش امام هادى(ع) همانند آباء و اجداد گرامی‌اش، علم لدنّی بود؛ یعنی مستقیماً از طریق غیب و همچنین از علوم و معارف قرآن و سنّت رسول الله(ص) و پدران بزرگوارش دریافت می‌نمود.

سید محسن امین(ره) تألیفاتی برای امام هادی(ع) بر می‌شمرد:

1. نامه آن حضرت در ردّ معتقدان به جبر و تفویض و اثبات عدل و امر بین الامرین که در تحف العقول آمده است.

2. پاسخ‌هاى آن حضرت به سؤالات یحیى بن اکثم، که آن نیز در تحف العقول نقل شده است.

3. گوشه‌اى از احکام دین، که ابن شهر آشوب در «مناقب» به آن اشاره کرده است.

یکی از آثار ماندگار و ارزشمند امام هادی(ع) زیارت جامعه کبیره است که متقن ترین متن در «امام شناسی» است. زیارت جامعه، دارای مضامین بسیار عالی از زبان امام هادی(ع) است که در پاسخ به خواستۀ یکی از ارادتمندان اهل بیت(ع) صادر شده است. صحت صدور و ارزش سندی این زیارت چنان است که علامه مجلسی(ره) می‌نویسد: «این که سخن دربارۀ زیارت جامعه، اندکی به درازا کشید، (اگرچه حق آن را به جهت پرهیز از طولانی شدن ادا نکردم) بدین خاطر است که این زیارت، صحیح ترین زیارت ها از جهت سند و فراگیرترین آنها نسبت به ائمه(ع) است و در مقایسه با دیگر زیارت‌ها از فصاحت، بلاغت و منزلت بیشتری برخوردار است».

دوران زندگی امام هادی(ع)، هرچند عصر اختناق و استبداد بود و امام(ع) برای فعالیت فرهنگی، علمی و سیاسی، آزادی عمل نداشت و از این نظر فضای جامعه با عصر امام باقر(ع) و امام صادق(ع) تفاوت فراوان داشت، اما آن حضرت در همان شرایط نامساعد، علاوه بر فعالیت‌های فرهنگی؛ نظیر مناظرات، مکاتبات، پاسخ‌گویی به شبهات و ...، راویان و محدّثان و بزرگانی از شیعه را تربیت کرد، علوم و معارف اسلامی را به آنان آموزش داد تا آنان، هم جامعۀ زمان خود را از آسیب‌های فرهنگی اعتقادی حفظ نمایند و هم این میراث بزرگ را به نسل‌های بعدی منتقل کنند.

شیخ طوسی(ره)، دانشمند نامدار اسلامی، تعداد شاگردان و اصحاب آن حضرت را در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی، بیش از 180 نفر می‌داند.

در میان شاگردان امام هادی(ع)، چهره‌های درخشان علمی و معنوی و شخصیت‌های برجسته‌ای مانند: فضل بن شاذان، حسین بن سعید اهوازی، على بن مهزیار اهوازى دورقى‏، ایوب بن نوح، حسن بن راشد (مکنّى به ابو على غلام آل هلب بغدادى)، احمد بن محمد بن عیسى اشعرى قمى و عثمان بن سعید عمری، به چشم می‌خورند که برخی از ایشان شاگرد ائمه دیگر نیز بوده و دارای آثار و تألیفات ارزشمند در زمینه های مختلف علوم اسلامی هستند.

در این جا به منظور سرمشق گرفتن از اخلاق کریمه و رفتار سازنده آن حضرت، نمونه‌هایی را یادآور می‌شویم:

الف. انس با پروردگار

با مطالعه در سیرۀ ائمه اطهار(ع)، صفتى را در آنها برجسته‏تر از همه صفات مى‌بینیم و آن توجّه به خدا و ارتباط با او و شب ‏زنده‌دارى به عبادت و مناجات با خدا و تلاوت قرآن مجید است. امام هادی(ع)، نیز چنین بودند.

از امام هادى(ع) چندین دعا به یادگار مانده است و این دعاها نمونه حدّ انقطاع او از غیر و نهایت اتّصال به حق تعالى است؛ مانند «خدایا! سرچشمه‌هاى کرامت و بزرگواری‌ات با بخشش‌های فراوانت مملوّ است و درهاى مناجات به روى آرزومندان باز است، و توجّهات تو براى کسى که در پیشگاهت خاضع است گسستنى نیست. دهان‌ها بسته شده است، درماندگى شدید گشته، و منتظران از صبر و بردبارى ناتوان‏ مانده‏اند، و تو اى خداوند در کمین گاهى، اى خدایى که با وجود تأخیر بندگان در اداى وظیفه سخت‌گیرى نمى‏کنى، و پناهندۀ به تو در امان است، و آن را که از مردم کناره گرفته و رو به تو آورده تکیه‌گاه سودمندى، خدایا نزدیکان به تو در امانند».

پارسایی و انس با پروردگار، آن چنان نمودی در زندگی امام هادی(ع) داشت که برخی از شرح حال‌نویسان در مقام بیان برجستگی‌ها و صفات والای آن گرامی به ذکر این ویژگی پرداخته‌اند. «ابن کثیر» می‌نویسد: «او عابدی وارسته و زاهد بود».

ب. حلم و بردباری

امام هادی(ع) همچون نیاکان خود در برابر ناملایمات بردبار بود و تا جایی که مصلحت اسلام ایجاب می‌کرد، با دشمنان و ناسزاگویان و اهانت کنندگان به ساحت مقدس آن حضرت، با بردباری برخورد می‌کرد.

بریحه عباسى که مسئول نظارت بر اقامه نماز در حرمین شریفین (مکه و مدینه) بود، دربارۀ امام هادی(ع) به متوکّل نوشت: اگر به مکه و مدینه نیاز داری، علی بن محمد را از این دو شهر بیرون ببر؛ زیرا او مردم را به سوی خود خوانده و گروه زیادی از او پیروی کرده‌اند.

بر اثر سخن چینی‌ها و بدگویی‌های پی درپی بریحه؛ متوکّل، امام هادی(ع) را از کنار حرم جدّ بزرگوارش رسول خدا(ص) تبعید کرد. هنگامی که امام(ع) از «مدینه» به سمت «سامراء» در حرکت بود، بریحه نیز او را همراهی کرد. در بین راه بریحه رو به آن حضرت کرد و گفت: تو خود می دانی که عامل تبعید تو من بودم. با سوگندهای محکم و استوار، سوگند می‌خورم که چنانچه شکایت مرا نزد حاکم عباسی یا یکی از درباریان و فرزندان او ببری، تمامی درختانت را در مدینه آتش می‌زنم و بردگان و خدمت کارانت را می‌کشم و چشمه‌های مزارعت را کور خواهم کرد و بدان‌که این کارها را خواهم کرد.

امام(ع) متوجه او شد و فرمود: «نزدیک‌ترین راه برای شکایت از تو این بود که دیشب شکایت تو را نزد خدا بردم و چون شکایت تو را بر خدا عرضه کردم، پس نزد غیر او از بندگانش نخواهم برد».

بریحه چون این سخن را از امام(ع) شنید، به دامن آن حضرت افتاد و تضرّع کرد و از او تقاضای بخشش نمود. امام(ع) فرمود: تو را بخشیدم.

دوران‏ آخرین‏ امامان‏ شیعه‏(ع) همراه‏ با اختناق‏ شدید از سوى‏ خلفاى‏ عباسى‏ بود. در عین حال در همین دوران، شیعه در سرتاسر بلاد اسلامى گسترده شده بود. رشد کمّى شیعه در این دوران، از فعالیت‌هاى ضد شیعى که از این دوره بر جاى مانده و همچنین از اقدامات سیاسى و نظامى حاکمان به منظور جلوگیرى از گسترش روزافزون تشیّع به خوبى روشن است.

میان امام هادی(ع) و شیعیان عراق، یمن، مصر و نواحى دیگر نیز رابطه برقرار بود. سیستمى که ضامن پیدایش و دوام و استحکام این ارتباط بود مسئلۀ وکالت بود. کسانى که به عنوان وکالت از طرف امام رضا(ع) و پس از آن امام جواد و امام هادى(ع) کار ایجاد و تنظیم ارتباط میان امام و شیعیان را بر عهده داشتند علاوه بر جمع‌آورى خمس و ارسال آن براى امام، در معضلات کلامى و فقهى نیز، نقش سازنده‌اى داشته و در جا انداختن امامت امام بعدى، موقعیت محورى در منطقه خود داشتند. گاهى افرادى از این وکلا دستخوش انحراف از خط امام شده و مورد تکذیب آن حضرات قرار مى‏گرفتند. در این شرایط کسان دیگرى جایگزین آنها مى‌شدند.

به هر روى نظام وکالت، نقشى اساسى در تثبیت موقعیت سیاسى و فرهنگى شیعه ایفا مى‌کرد. هدف اصلی این سازمان، جمع‌آوری خمس، زکات، نذور و هدایا از مناطق مختلف توسط وکلا و تحویل آن به امام، و نیز پاسخ‌گویی امام به سؤالات و مشکلات فقهی و عقیدتی شیعیان و توجیه سیاسی آنان توسط وکیل امام بود. این سازمان کاربرد مؤثّری در پیشبرد مقاصد امامان(ع) داشت.

وکلاى ائمه(ع) بیشتر به وسیلۀ نامه، آن هم توسط افراد مطمئن با امام در رابطه بودند. بخش عمده‏اى از معارف فقهى و کلامى آن بزرگواران، طىّ نامه‌هایى به شیعیانشان مى‌رسید که به نقل از نامه‌ها در مصادر حدیثى آمده و امروزه در دسترس ما قرار گرفته‏ است. على بن جعفر یکى از وکلاى امام هادى(ع) و از اهالى همینیا از روستاهای بغداد بود. دربارۀ وى گزارش‌هایى به متوکّل رسیده بود که به دنبال آن او را بازداشت و زندانى کرد. وى پس از گذراندن دورۀ طولانى زندان، به دستور امام هادى(ع) رهسپار مکه گشت و تا آخر عمر در آن جا ماندگار شد.

خلاصه این که امام هادی(ع) که در سامرا تحت نظر و کنترل شدیدی قرار گرفته بود، برنامه تعیین کارگزاران و نمایندگان را که پدرش امام جواد(ع) اجرا کرده بود، ادامه داد و نمایندگان و وکلایی در مناطق و شهرهای مختلف منصوب کرد و بدین وسیله یک سازمان ارتباطی هدایت شده و هماهنگ به وجود آورد که هدف‌های یاد شده را تأمین می‌کرد.

دورۀ امامت حضرت هادی(ع) در زمان چند تن از خلفای عباسی بود که به ترتیب زمان عبارت‌اند از:

1. معتصم، برادر مأمون (217 - 227).

2. واثق، پسر معتصم (227 - 232).

3. متوکل، برادر واثق (232 - 248).

4. منتصر، پسر متوکل (6 ماه).

5. مستعین، پسر عموی منتصر (248 - 252).

6. معتز، پسر دیگر متوکل (252 - 255).[28]

در زمان خلفای قبل از متوکّل، ایشان در مدینه بودند که فعالیت‌های مختلفی از جمله ارتباط با شیعیان و مطلع کـردن آنها از جریانات سیـاسی را انجام می‌دادند.

امام هادی(ع) به دستور متوکّل و به اجبار او وارد سامرّا شد. آن حضرت به هنگام ورود به سامرا، با استقبال مردم مواجه شد و در خانۀ خزیمة بن حازم سکنا داده شد. اما به نقل شیخ مفید، نخستین روزى که امام وارد سامرّا شد، متوکل دستور داد تا او را یک روز در «خان صعالیک» (محل فرود کاروان ها، مسافر خانه) نگاه داشتند و روز بعد به خانه‏اى که براى اسکان آن حضرت در نظر گرفته شده بود، بردند.

یحیى بن هرثمه مى‌گوید: وقتى در سر راهمان وارد بغداد شدیم، اسحاق بن ابراهیم طاهرى را که والى بغداد بود دیدم. او دربارۀ امام به من چنین گفت: اى یحیى! این مرد فرزند رسول خداست؛ با توجه به وضعیت اخلاقى متوکل- که خود بدان آشنایى کامل دارى- اگر دربارۀ او گزارش تحریک‌آمیزى به خلیفه بدهى او را مى‌کشد؛ و اگر چنین شود، در روز قیامت کارت با رسول خداست. هنگامى که به سامرّا رسیدیم نخست وصیف ترکى را دیدم و خبر ورود امام را به اطلاع وى رساندم. او گفت: اگر یک مو از سر این مرد کم شود، بازخواست خواهى شد. سپس پیش متوکل رفتم و گزارشى دادم که حاکى از حسن سیرت و ورع و زهد امام بود و بدو گفتم که در جریان تفتیش از منزل او، چیزى جز چند کتاب علمى و مصحف نیافتم.

امام(ع) تا پایان عمر خود- بیش از بیست سال- در این شهر به سر برد. شیخ مفید با اشاره به اقامت اجبارى امام در سامرّا مى‌نویسد: «آن حضرت به ظاهر مورد احترام خلیفه بود، ولى در باطن به وسیله متوکل دسیسه‌هایى علیه آن حضرت مى‏شد که هیچ یک از این نقشه‏ها در عمل موفق نبود».

امام علی النقی(ع) در ماه رجب سال 254 هـ.ق[34] در شهر سامرا به وسیله زهری که به ایشان خورانده شد به شهادت رسیدند.