محمد هادی ذوالفقاری سرانجام در بهمن ماه سال 93 به دست نیروهای تکفیری در عراق به شهادت رسید. وی در بخش اول وصیت نامهاش آورده است: «اینجانب محمدهادی ذوالفقاری وصیت میکنم که من را در ایران دفن نکنند و اگر شد ببرند حرم امام رضا علیه السلام طواف بدهند و برگردانند و همینطور در نجف و سامرا و کربلا و کاظمین طواف بدهند و در وادیالسلام دفن کنند و دوست دارم نزدیک امام باشم و تمام مستحبات انجام شود و در داخل دور قبر من پارچه سیاهی بزنند و دستمال گریه مشکی و غیره مانند تربت داخل قبرم بگذارند تا مثل حسینیه شود و اگر شد جایی که سرم میخورد به سنگ لحد یک اسم حضرت زهرا(س)بگذارند که به آن سنگ آخ نگویم و بگویم یا زهرا(س).»
طبق وصیت شهید، پیکر وی بر گرد بارگاههای منور 5 امام طواف شد و در وادی السلام آرام گرفت.
به واسطه علاقه شهید ذوالفقاری به شهید ابراهیم هادی چندی پیش سنگ مزار یادبودی از این شهید مدافع حرم در نزدیکی مزار یادبود شهید ابراهیم هادی نصب شد. مزاری که اگرچه خالی از پیکر شهید است اما بی شک دلهای زیارت کنندگان را تا وادی السلام نجف روانه میکند.