به گزارش مشرق، فدراسیون فوتبال بدون نام بردن از حسین شمس به صحبتها و انتقادات وی واکنش نشان داد و نوشت: « فدراسیون فوتبال اعلام می دارد که سازمان لیگ فوتسال به صورت مستقل و با نظارت هیات رئیسه این سازمان فعالیت می کند و کلیه باشگاه‌های حرفه ای زیر نظر این سازمان اقدامات خود را به صورت کاملا حرفه ای و مستقل انجام می دهند.

در ارتباط با موضوع عدم دعوت از اهالی فوتسال به مراسم برترین های فوتبال کشور در لیگ پانزدهم، لازم به توضیح است که سازمان لیگ فوتبال کشور برگزار کننده این مراسم بوده و کلیه مدعوین و برترین های معرفی شده مربوط به لیگ فوتبال کشور در بخش بانوان و آقایان بوده اند و می بایست در آینده ای نزدیک، سازمان لیگ فوتسال نیز مطابق برنامه ریزی مدون، مراسم برترین های فوتسال کشور را برگزار کند.

از سوی دیگر در تمامی مراجع بالا دستی فوتبال مانند فیفا و کنفدراسیون فوتبال آسیا و مطابق با اساسنامه تدوین شده، رشته فوتسال زیر نظر فدراسیون فوتبال فعالیت می کند و اساسا در هیچ فدراسیونی فوتسال و فوتبال ساحلی فعالیتی مستقل از فدراسیون خود نخواهند داشت.

در پایان لازم به یاد آوری است، این فدراسیون حساسیت  و دلسوزی افراد خدوم فوتسال را درج می نهد و انتظار دارد ضمن کمک به آرامش به وجود آمده در حوزه فوتبال و فوتسال کشور و با توجه به جایگاه فوتسال ایران در آسیا و جهان تمام تلاش خود را در رشد و توسعه فوتسال مبذول دارند تا ضمن حفظ جایگاه فعلی در فوتسال جهان، شرایط مناسبی را در جهت بهبود جایگاه و رشد و ارتقا این رشته ورزشی فراهم شود و سازمان لیگ فوتسال نیزموظف است دغدغه های این عزیزان را مدنظر قرار دهد.»

حسین شمس امروز در مصاحبه‌ای، ضمن انتقاد از عدم دعوت اهالی فوتسال به مراسم انتخاب برترین‌های فوتبال، از برنامه ریزی مسئولان برای مسابقات لیگ انتقاد کرده و همچنین خواستار جدایی فوتسال از فوتبال شده بود.