به استناد كتيبه موجود در ايوان مسجد جامع، اين بنا در سال 796 هـ. ق به دستور امير جمشيد قارني ساخته شده است. بنابراين مسجد جامع قاين از آثار ساخته شده در اواخر دوره ايلخاني و اوايل دوره تيـموري است. اين اثر داراي اجزايي از قبيل صحن، ايوان، شبستان‌‌ها، حجره‌ها، در ورودي، پاياب و ساعت آفتابي است. ايوان مسجد شاخص‌ترين عنصر معماري آن است. عمده تزيينات به كار رفته در بنا شامل آجركاري‌هاي پيشاني ايوان، نقاشي‌هاي سطوح داخلي ايوان و تزيينات بكار رفته در محراب‌هاي دوگانه آن مي‌باشد.