گروه تاریخ مشرق- آیت الله سید جواد فرزند سید حسین و پدر مقام معظم رهبری که با شهرت خامنه ای شناخته می شود در سال 1274 شمسی (1313 ق) در نجف اشرف در خانواده‌ای روحانی، متولد شد. در کودکی (حدود 3 سالگی) به همراه خانواده به تبریز بازگشت و تحت تربیت پدر فقیه و عالم خود سید حسین حسینی خامنه ای رشد یافت.



ایشان در نوجوانی شاهد ماجراهای مشروطیت بود، مخصوصاً اینکه شوهر خواهرش «شیخ محمد خیابانی» بخش بزرگی از جریان مشروطه خواهی را در شمال غرب ایران رهبری می کرد و بطور بدیهی تمام خانواده را درگیر این جریانات ساخته بود.

آیت الله سید جواد خامنه ای پس از سالها زندگی در زادگاه و سپری کردن دوران تحصیل در تبریز، مشهد و نجف و کسب مقام اجتهاد به مشهد مقدس کوچ کرد و در جوار بارگار امام رضا(ع) اقامت گزید.

ایشان در مشهد به تدریس‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، تعلیم و تربیت طلاب و ارشاد مردم مشغول بود و چندین سال متمادی امامت جماعت مسجد صدیقی‌ها یا مسجد آذربایجانی‌ها (ترک‌ها) را برعهده داشت.


آیت الله سید جواد خامنه ای در کمال زهد و پرهیزگاری زیست و پس از عمری طولانی و پربار سرانجام در 93 سالگی در 15 تیر 1365 از دنیا رفت و در توحید خانه (رواق پشت سر مرقد امام رضا (ع)) به خاک سپرده شد. امام خمینی در پیام تسلیتی که به مناسبت رحلت ایشان دادند، او را عالمی متعهد و باتقوا خواندند.