مدتی بعد عازم کردستان شد و در سپاه مریوان مشغول خدمت شد. شهید ممقانی در سپاه پاوه و مریوان به همراه دوستان و همرزمان خود حاج احمد متوسلیان، همت، رضا چراغی و دستواره خدمات بزرگی انجام داد. اهالی مریوان از شهید ممقانی هنوز هم به نیکی یاد می‌کنند و خدماتی را که او در زمینه دارو و درمان به اهالی این شهر انجام داده از یاد نبرده‌اند.
پس از پذیرش تشکیل تیپ 27 محمد رسول الله از سوی حاج احمد متوسلیان و همت در پی پیشنهاد فرمانده وقت سپاه پاسداران محسن رضایی، حاج احمد متوسلیان به سراغ شهید ممقانی می‌رود و فرماندهی بهداری را به او پیشنهاد می‌کند ولی از پذیرش آن سر باز می‌زند و در جواب حاج احمد به او می‌گوید چه فرقی می‌کند در کجا باشم هدف ما خدمت به مردم و انقلاب است ولی حاج احمد اصرار می‌کند و وقتی به او می‌گوید این یک تکلیف است او می‌پذیرد.
سرانجام حاج محمد حسین مردی ممقانی در تاریخ 11 تیر 65 در جریان عملیات کربلای یک در منطقه عملیاتی مهران به آرزوی خود رسید. پیکر مطهرش در بهشت زهرا (س) تهران، قطعه 26، ردیف 88 شماره 50 به خاک سپرده شد.
در ادامه فرازی از وصیت نامه شهید محمد حسین مردی ممقانی را می‌خوانید.
من المومنین رجال صدقو ماعاهدو الله علیه و ...(احزاب 23)
با درود به رهبر کبیر انقلاب اسلامی انقلاب کسی که خداوند متعال برای هدایت امت عزیزمان این نعمت را برای ما ارزانی داشته است و ایشان ما را از سد و دام‌های پر پیچ و خم لجنزارها و غیره در راه اصلی که اسلام است رسانیده است و شکر خدای را که ما را در این عصر خلق نموده و هدایتمان کرده است.
درود به شهدایی که با خون خود خیابانها و بیابانها، کوه و دشت ایران را قدم به قدم رنگین نموده و عزیزترین سرمایه خود که همان جان است گذشته تا آن قایق را از دریای پر از نهنگ بگذرانند و ما را به آسایش برسانند که همه مدیونشان هستیم خدایا ما را ایمان و نیرو ده که جزء مجاهدین فی سبیل الله باشیم و خدایا خود می دانی من تنها با تمام وجود هر چقدر توانسته‌ام فهمیدم که خدمت به اسلام انجام وظیفه نموده‌ام و اگر خطا به غیره عمد بود از روی نفهمی و درست درک نکردن اسلام بود.
خدایا با من با مهربانی خودت رفتار کن که شما رحمان و رحیم هستی و اگر با عدالت خود با ما رفتار کنی خود بهتر می‌دانی که آتش‌های جهنم جای ما می‌باشد.
خدایا ما که توان مقاومت آتش جهنم را نداریم خود نجاتمان ده. خدایا تو را به محمد و آل محمد(ص) و تو را به عصمت زهرا (س)، رهبر انقلاب اسلامیمان را، امام امت را که حلقوم بریده شده مظلومین است با ظهور آقا امام زمان (عج) نگهدار و این انقلاب را به انقلاب مهدی موعود(عج) متصل بگردان.
اینک در این انقلاب گوشه‌ای از آن که بدست امام خمینی زنده گشته زنده تر و پایدار بگردان و خود ناظر و نگهبان باش تا مبادا افرادی انحراف ایجاد کنند و تو را به گلوی بریده آن طفل معصوم، علی اصغرت و تو را به پهلوی شکسته دخترت زهرا (س) رزمندگان اسلام را یاری بنما.
ای امام امت خود ناظر امانتت باش تا دزدان سیاستمدار نتوانند این امت را از انقلاب و اسلام ناامید گردانند و در غالب اسلام مجری سیاست‌های شیطانی خودشان باشند و یقین بدان که این امت حزب الله با جان و مال پشتیبان شما می‌باشند. ای امت عزیز ایران امام را درک کنید و هیچ وقت تنهایش نگذارید که باعث بیچارگی می‌شود. بی امام اوضاع خیلی بدتر از رژیم منفور قبلی می‌شود.
ای مادر و ای پدرم شما به گردن من حق زیادی دارید که با خون دل بزرگم کردید و در این راه متحمل زحمات و مشقات زیادی شدید که من نتوانسته‌ام وظیفه‌ام را در قبال شما ادا نمایم حلالم کنید.
پس از شهادتم بسوگ ننشینید چرا که من به نهایت آرزوی خویش که لیاقتش را نداشته‌ام رسیده‌ام. افتخار کنید که فرزندتان در این راه قدم گذاشت.
ای همسرم در طول این مدت من نتوانسته‌ام دین خود را به شما ادا کنم انشاءالله که من را ببخشید و از من بگذرید و از شهادت من ناراحت نشوید که ما همه امانت خداوند در این دنیا هستیم. سعادت ما این بود که در این راه باشیم به راه خود که خدمت به انقلاب و تداوم راه شهدا می باشد ادامه ده.
در شهادت من شاکر باش و با قامتی استوار بلند نظر ایمان بخدا و مسئولیت زینبی خود را انجام ده و در این راه مقاوم باش که دشمنان طعنه‌های فراوانی می زنند.
جواد برادرم بیشتر به خود سازی مواظب باش، بعنوان بازمانده شهید بدنبال اینور و آنور نروی همیشه به فکر خدا باش هر قدمی که بر می داری غیر از اسلام نباشد. چراغ راهت را ولایت فقیه قرار ده که در هر بحرانی که بیفتی نجات دهنده است.
در آخر یک تذکر عمومی به همه برادران و خواهران امت اسلامی می‌دهم اینکه شیاطین شرق و غرب درصدد به سازش کشیدن این انقلاب هستند مواظب باشید و در مقابل این امر مقاوم و استوار ایستادگی بنماید.