به گزارش مشرق، پیروزی انقلاب اسلامی ایران در کنار وجود رهبری حضرت امام خمینی رحمت الله علیه چراغ راهی برای انتخاب و پیمودن مسیر درست بود که البته بدون حضور توده مردم و قشرهای مختلف جامعه رسیدن به سرمنزل مقصود امکان پذیر نبود.
البته در طول سالهای رهبری امام خمینی (ره) جریان های مختلف افراطی و منحرف از مسیر انقلاب بروز یافتند که بنيانگذار جمهوري اسلامي به تناسب حيطه تأثير و ميزان خطرشان با آنها برخورد كردند. جريانات تجزيه طلب پنهان شده پشت نقاب قوميت‌ها و گروهك موسوم به مجاهدين خلق از جمله اين جريان‌ها هستند كه هركدام با تندروي‌هاي مخصوص به خود، به مردم و انقلاب ضررهايي زدند و امام بحران به‌وجود آمده ناشي از تندروي آنها را مديريت و كنترل كرده و با آنها برخورد مي‌كنند.
در این مسیر، شاگردانی هم در محضر حضرت امام(ره) تربیت شدند که کمک شایانی در به ثمر رسیدن انقلاب اسلامی داشتند اما در دیگر سو، کسانی بودند که در مسیر روند انقلاب اسلامی دچار اشتباه شدند و انحرافات تاسف باری را رقم زدند. شخصیت هایی همچون منتظری که به مرور با اقدامات ساده لوحانه و نابخردانه، مسیری منتهی به خروج از مسیر همسنگران انقلابی را انتخاب کردند.
منتظری از شاگردان حضرت امام (رحمت‌الله علیه) و در زمان مبارزه یار و همراه امام بود. تحمل زندان و تبعید در زمان حکومت شاهنشاهی پهلوی دلیلی بود تا آیت‌الله منتظری به عنوان یکی از مهره‌های تأثیرگذار در انقلاب اسلامی معرفی شود.
زمانی که حضرت امام (رحمت‌الله علیه) به فرانسه و منطقه‌ی نوفل‌لوشاتو تبعید شدند و پس از اینکه منتظری از تبعید و زندان خلاص شدند، به نزد حضرت امام رفتند و در خصوص شکل‌گیری حکومت اسلامی با ایشان صحبت کردند.
نقش منتظری در تدوین قانون اساسی
منتظری که پس از پیروزی انقلاب اسلامی به عنوان ریاست مجلس خبرگان انتخاب شد و در تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران نقش ایفا کرد.
در نهایت، در تیرماه 1364، از سوی مجلس خبرگان به عنوان قائم مقام حضرت امام خمینی انتخاب شد این در حالی است که عمر فعالیت‌های سیاسی وی به دلیل انحرافات بزرگ از زمانی که به عنوان قائم مقام رهبری انتخاب شدند بیشتر از 4 سال دوام نیاورد.
شاید بتوان گفت دو دلیل اصلی و عمده موجب کنار گذاشته شدن منتظری شد، اولی بر اساس حمایت های وی از باند سید مهدی هاشمی معدوم، دوم، رخدادهای سال 67 و حمایت از گروهک تروریستی منافقین.
ماجرای باند مهدی هاشمی و حمایت های منتظری
با پیروزی انقلاب اسلامی مهدی هاشمی، به رغم اینکه یک مجرم شناخته می‌شد، با باز شدن در زندان‌ها، از بند اسارت نجات پیدا کرد و در پناه حمایت‌های اقای منتظری، مسئولیت واحد بخش هایی از واحدهای سپاه پاسداران را احراز کرد، اما با توجه به افکار و گرایش‌های انحرافی‌اش با جذب افراد واخورده‌ی شهرها و روستاهای مختلف، گروهی را به نام «گروه ضربت» در قهدریجان اصفهان سازمان‌دهی کرد و با استفاده از موقعیت بیت آیت‌الله منتظری، حرکات مشکوکی را برای بست و گسترش دایره قدرت خود آغاز کرد.
در همان زمان شخصي به نام سيد هادي هاشمي علاوه بر اين كه داماد آقاي منتظري بود، رياست دفتر و بيت وی را نيز بر عهده داشت.
برادر اين شخص سيد مهدي هاشمي كه صاحب نفوذي قابل توجه در برخي نهاد هاي انقلابي از جمله سپاه بود با همراهي و تاييدات سيد هادي فعاليت هاي خرابكارانه و اختلاف برانگيزي را در كشور سازماندهي كردند.
اقدامات خودسرانه منتظری با استفاده از موقعیت و امکانات
هاشمی، با استفاده از موقعیت و امکانات سپاه، دست به اقدامات خودسرانه‌ای زد که از جمله آن می‌توان از اختفای مقادیر زیادی اسلحه، شبکه سرقت اسناد از ادارات، به انحراف کشاندن جوانان مسلمان، سازمان‌دهی و رهبری گروه‌های متعدد، ترور و آدم‌ربایی، ایجاد اختلاف در میان پاسداران و انتشار شایعات از طریق شب‌نامه علیه مسئولان نظام نام برد.
مهدی هاشمی با حمایت ویژه آیت‌الله منتظری توانست ابتدا به عضویت در شورای فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی درآید و پس از چندی هدایت کننده بخش هایی از واحدهایی سپاه شود و این چنین فعالیت خود را در لوای دین، برای رسیدن به قدرت آغاز کرد.
عملکرد و سخنان انحرافی مهدی هاشمی و همچنین مشخص شدن تعارض بسیاری از سخنان وی با مفاهیم اصیل دینی و اصول تشیع، علما و روحانیون منطقه را به مقابله با این جریان فکری واداشت؛ تا جایی که آیت‌الله شمس‌آبادی برای روشنگری و مقابله فکری با این جریان منحرف، قربانی توطئه آنها شد و در سال 1355 توسط باند مهدی هاشمی که بعدها به گروه «هدفی‌ها» معروف شدند کشته شد.
هاشمی می‌خواست با نفوذ در ارکان نظام، زمینه را برای تصاحب نظام و به دست گرفتن قدرت به وجود آورد. در نتیجه وی در صدد بود عواملی را که مانع رسیدن وی به اهدافش در استان اصفهان و موقع حضورش در نهضت‌های آزادی‌بخش بودند حذف فیزیکی کند.
یکی از قتل‌های مهم باند مهدی هاشمی، که به خاطر این عامل به وقوع پیوست، به شهادت رساندن مهندس بحرینیان، مسئول کمیته‌های انقلاب اصفهان، بود. مهندس بحرینیان از جمله کسانی بود که به دلیل شناخت ماهیت باند مهدی هاشمی و مخالفت با دیدگاه‌های حاکم بر باند مهدی هاشمی به دستور او به قتل رسید.
مهدی هاشمی در زمانی به اتهام قتل مرحوم شمس‌آبادی و دیگر قربانیان این جریان، محاکمه و به 3 بار اعدام محکوم شد، توانست با استفاده از شرایط خاص زمانی و تحولات عظیمی که در سایه‌ی انقلاب اسلامی حاصل شده بود، خود را از مهلکه برهاند، اما چون عملکرد او بعد از رهایی از زندان همان رویکرد جنایی بود، مورد سوء‌ظن عده‌ای از مسئولان نظام قرار داشت، اما چون بعد از پیروزی انقلاب اسلامی و داشتن حامی مهمی چون آیت‌الله منتظری به مراکز قدرت راه پیدا کرده بود، با دستی باز و در عین حال به صورت پیچیده‌تر و با استفاده از پوشش‌های قانونی به کارهای خلاف قانون خود می‌پرداخت.
پس از پر شدن پیمانه جنایت‌های این باند، دست عدالت از آستین مسئولین امر در نظام بیرون آمد و آنها را به نتیجه اعمالشان گرفتار ساخت و سرانجام مهدی هاشمی و همدستانش در تاریخ 30 مهر 65 ابتدا در رابطه با کشف یک خانه تیمی بازداشت شدند و پس از انجام تحقیقات لازم، سرانجام به اتهامات گوناگون از جمله هدایت گروه‌های ترور و آدم‌ربایی، در قبل و بعد از انقلاب، در تاریخ‌های 20 و 22 و 24 مرداد 66 در دادگاه ویژه روحانیت محاکمه و حکم دادگاه (اعدام) درباره وی صادر و به مرحله اجرا گذاشته شد.
دستگیری مهدی هاشمی و ادامه حمایت های منتظری
البته با دستگیری مهدی هاشمی حمایت‌های بی‌دریغ آیت‌الله منتظری، به رغم تذکرات اکید امام خمینی (رحمت الله علیه) و مقامات ذی‌صلاح، همچنان ادامه داشت. وی اسناد اتهام مهدی هاشمی را قبول نداشت و می‌گفت: «سید مهدی آدم درستی است و او را فردی سودمند می‌شناسم.»
مهدی هاشمی به شدت مورد عنایت آیت‌الله منتظری قرار داشت و تبعاً چنین نیرویی نه تنها از جایگاهی ویژه در بیت، دفتر و مدارس منتظری برخوردار بود، بلکه نقش کلیدی و محوری را در دفتر وی بر عهده داشت. حمایت‌های آیت‌الله منتظری از سید مهدی هاشمی طوری بود که در همان ابتدای کار، ایشان با نگارش نامه‌ای 9 صفحه‌ای و بیان انواع و اقسام مطالب و توجیهات گوناگون، قصد منحرف ساختن حضرت امام از این اقدام را داشت. البته 6 روز بعد از آن، وقتی منتظری به همراه حاج احمد آقای خمینی و رؤسای قوای سه‌گانه در جلسه‌ای با حضور امام (رحمت الله علیه) شرکت می‌کند، ظاهراً با شنیدن توضیحات رؤسای قوا و امام در مورد باند مهدی هاشمی و عملکرد خود وی توجیه می‌شود ولی اندکی بعد دوباره منتظری گویی صحبت‌های مسئولین در آن جلسه را به عمد فراموش می‌کند، به حمایت مجدد از مهدی هاشمی روی می‌آورد.
امام خمینی: و الله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم
دستگيري سيد مهدي هاشمي و طرفدارانش و افشا شدن مفاسد اخلاقي و چندين فقره قتل عمد توسط آنان، سيد مهدي را به پاي چوبه دار برد اما در اینجا بود که تقابل و رويارويي آيت الله منتظري با امام(ره) را به اوج خود رساند كه نشانه هاي آن را مي توان در متن بسيار دردناك نامه امام خميني به آقاي منتظري در تاريخ ششم فروردين 1367 به خوبي مشاهده كرد.
در بخش هایی از این نامه آمده بود:
"سعي كنيد افراد بيت خود را عوض كنيد تا سهم مبارك امام بر حلقوم منافقين و گروه مهدي هاشمي و ليبرال‌ها نريزد. 2 - از آنجا كه ساده‌لوح هستيد و سريعاً تحريك مي‌شويد در هيچ كار سياسي دخالت نكنيد، شايد خدا از سر تقصيرات شما بگذرد. 3 - ديگر نه براي من نامه بنويسيد و نه اجازه دهيد منافقين هر چه اسرار مملكت است را به راديوهاي بيگانه دهند. 4 - نامه‌ها و سخنراني‌هاي منافقين كه به وسيله شما از رسانه‌هاي گروهي به مردم مي‌رسيد؛ ضربات سنگيني بر اسلام و انقلاب زد و موجب خيانتي بزرگ به سربازان گمنام امام زمان -روحي له الفدا- و خون‌هاي پاك شهداي اسلام و انقلاب گرديد؛ براي اينكه در قعر جهنم نسوزيد خود اعتراف به اشتباه و گناه كنيد، شايد خدا كمكتان كند. و الله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم، ولي در آن وقت شما را ساده‌لوح مي‌دانستم كه مدير و مدبر نبوديد ولي شخصي بوديد تحصيل‌كرده كه مفيد براي حوزه‌هاي علميه بوديد و اگر اين گونه كارهاتان را ادامه دهيد مسلما تكليف ديگري دارم و مي‌دانيد كه از تكليف خود سرپيچي نمي‌كنم."
در نهایت، بعد از این جریان و اجرای حکم اعدام مهدی هاشمی، امام (رحمت الله علیه) مجبور شدند پس از ناامید شدن از تذکرات، راهنمایی‌ها، پیام‌ها و هشدارها، وارد عمل شوند و به دلیل ساده‌انگاری‌های آیت‌الله منتظری و عدم بصیرتش در شناخت افراد و جریان‌های منحرف، وی را از قائم‌مقامی عزل کنند.
حمایت منتظری از منافقین و مخالفت با دستور امام خمینی(ره)
دیگر موردی که باعث ایجاد اختلاف شدید و سرانجام عزل آیت‌الله منتظری از قائم مقامی رهبری شد، مسئله‌ی منافقین و دستور حضرت امام (رحمت الله علیه) در خصوص اعدام این افراد و مخالف منتظری بود.
پس از عزل بنی‌صدر از ریاست‌جمهوری، سازمان مجاهدین خلق کار خود را با ترورهای وحشتناک و جنایات بسیار ادامه داد. در اوایل جنگ، بسیاری از نیروهای منافقین دستگیر شدند یا به عراق فرار کردند و از آنجا به مبارزه علیه ایران پرداختند. حضرت امام اعلام کرده بود کسانی که در زندان هستند، اگر از مواضع خود کوتاه بیایند و اعتراف کنند که اشتباه کرده‌اند در امان خواهند ماند.
با این حال، قسمتی از جریان مجاهدین، که در خارج از کشور علیه نظام جمهوری اسلامی فعالیت می‌کردند، پس از آنکه قطعنامه آتش‌بس بین ایران و عراق امضا شد و جنگ پایان یافت، از آنجایی که در زندان‌های ایران جاسوسانی داشتند، عملیاتی را در تابستان 67 طرح‌ریزی کردند که به عملیات فروغ جاویدان معروف شد.
منافقین قصد داشتند، طی این عملیات، تهران را تصرف کنند و ضربه آخر را به جمهوری اسلامی بزنند؛ ولی با درایت نیروهای سپاه و ارتش جمهوری اسلامی ایران، این عملیات با شکست مواجه شد و تعداد بسیاری از اعضای منافقین کشته یا زندانی شدند. از آنجایی که این افراد در زندان نیز بسیار برای نظام خطرناک بودند و از اَعمال خود احساس ندامت نمی‌کردند، حضرت امام برای حفظ اسلام و نظام اسلامی دستور اعدام آن دسته از افراد را که هنوز بر عقیده‌ی انحرافی خود باقی بودند، صادر کرد؛ ولی این دستور با واکنش و مخالفت صریح منتظری مواجه شد چنانکه وی اعدام منافقین را خلاف قانون تلقی کرد. وی در حالی به حمایت از این افراد برخواست که نابودی نظام جمهوری اسلامی تنها هدف منافقین بود و این موضوع جای تامل بسیار دارد.
تاریخ این اسلام و انقلاب مملو از حضور کسانی است که با مطامع دنیایی نظیر کسب قدرت، ثروت و... به گذشته ی پرافتخار خویش پشت کردند و در مسیر کامیابی دنیوی گام برداشتند.
آیت الله منتظری در طول دو دهه پایانی عمرش ملاقات ها و دیدارهای بسیاری را با معاندینی برقرار کرد که همگی جزو پیشتازان رویارویی با آرمان انقلابی ملت ایران بودند و بارها ضمن تایید آنها مورد تشویق نیز واقع شد.
حجت الاسلام سید احمد خمینی هم در رنج نامه ای که خطاب به آیت الله منتظری به نگارش درآوردند اشاره‌ای تذکر گونه داشتند به علل و عوامل و ريشه‌های مسائلي که عدم توجه به آنها و نصايح مکرر حضرت امام، موجبات واقعه تلخ قائم مقام رهبری را فراهم آورد.
البته در طول سالهای رهبری امام خمینی (ره) جریان های مختلف افراطی و منحرف از مسیر انقلاب بروز یافتند که بنيانگذار جمهوري اسلامي به تناسب حيطه تأثير و ميزان خطرشان با آنها برخورد كردند. جريانات تجزيه طلب پنهان شده پشت نقاب قوميت‌ها و گروهك موسوم به مجاهدين خلق از جمله اين جريان‌ها هستند كه هركدام با تندروي‌هاي مخصوص به خود، به مردم و انقلاب ضررهايي زدند و امام بحران به‌وجود آمده ناشي از تندروي آنها را مديريت و كنترل كرده و با آنها برخورد مي‌كنند.
در این مسیر، شاگردانی هم در محضر حضرت امام(ره) تربیت شدند که کمک شایانی در به ثمر رسیدن انقلاب اسلامی داشتند اما در دیگر سو، کسانی بودند که در مسیر روند انقلاب اسلامی دچار اشتباه شدند و انحرافات تاسف باری را رقم زدند. شخصیت هایی همچون منتظری که به مرور با اقدامات ساده لوحانه و نابخردانه، مسیری منتهی به خروج از مسیر همسنگران انقلابی را انتخاب کردند.
منتظری از شاگردان حضرت امام (رحمت‌الله علیه) و در زمان مبارزه یار و همراه امام بود. تحمل زندان و تبعید در زمان حکومت شاهنشاهی پهلوی دلیلی بود تا آیت‌الله منتظری به عنوان یکی از مهره‌های تأثیرگذار در انقلاب اسلامی معرفی شود.
زمانی که حضرت امام (رحمت‌الله علیه) به فرانسه و منطقه‌ی نوفل‌لوشاتو تبعید شدند و پس از اینکه منتظری از تبعید و زندان خلاص شدند، به نزد حضرت امام رفتند و در خصوص شکل‌گیری حکومت اسلامی با ایشان صحبت کردند.
نقش منتظری در تدوین قانون اساسی
منتظری که پس از پیروزی انقلاب اسلامی به عنوان ریاست مجلس خبرگان انتخاب شد و در تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران نقش ایفا کرد.
در نهایت، در تیرماه 1364، از سوی مجلس خبرگان به عنوان قائم مقام حضرت امام خمینی انتخاب شد این در حالی است که عمر فعالیت‌های سیاسی وی به دلیل انحرافات بزرگ از زمانی که به عنوان قائم مقام رهبری انتخاب شدند بیشتر از 4 سال دوام نیاورد.
شاید بتوان گفت دو دلیل اصلی و عمده موجب کنار گذاشته شدن منتظری شد، اولی بر اساس حمایت های وی از باند سید مهدی هاشمی معدوم، دوم، رخدادهای سال 67 و حمایت از گروهک تروریستی منافقین.
ماجرای باند مهدی هاشمی و حمایت های منتظری
با پیروزی انقلاب اسلامی مهدی هاشمی، به رغم اینکه یک مجرم شناخته می‌شد، با باز شدن در زندان‌ها، از بند اسارت نجات پیدا کرد و در پناه حمایت‌های اقای منتظری، مسئولیت واحد بخش هایی از واحدهای سپاه پاسداران را احراز کرد، اما با توجه به افکار و گرایش‌های انحرافی‌اش با جذب افراد واخورده‌ی شهرها و روستاهای مختلف، گروهی را به نام «گروه ضربت» در قهدریجان اصفهان سازمان‌دهی کرد و با استفاده از موقعیت بیت آیت‌الله منتظری، حرکات مشکوکی را برای بست و گسترش دایره قدرت خود آغاز کرد.
در همان زمان شخصي به نام سيد هادي هاشمي علاوه بر اين كه داماد آقاي منتظري بود، رياست دفتر و بيت وی را نيز بر عهده داشت.
برادر اين شخص سيد مهدي هاشمي كه صاحب نفوذي قابل توجه در برخي نهاد هاي انقلابي از جمله سپاه بود با همراهي و تاييدات سيد هادي فعاليت هاي خرابكارانه و اختلاف برانگيزي را در كشور سازماندهي كردند.
اقدامات خودسرانه منتظری با استفاده از موقعیت و امکانات
هاشمی، با استفاده از موقعیت و امکانات سپاه، دست به اقدامات خودسرانه‌ای زد که از جمله آن می‌توان از اختفای مقادیر زیادی اسلحه، شبکه سرقت اسناد از ادارات، به انحراف کشاندن جوانان مسلمان، سازمان‌دهی و رهبری گروه‌های متعدد، ترور و آدم‌ربایی، ایجاد اختلاف در میان پاسداران و انتشار شایعات از طریق شب‌نامه علیه مسئولان نظام نام برد.
مهدی هاشمی با حمایت ویژه آیت‌الله منتظری توانست ابتدا به عضویت در شورای فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی درآید و پس از چندی هدایت کننده بخش هایی از واحدهایی سپاه شود و این چنین فعالیت خود را در لوای دین، برای رسیدن به قدرت آغاز کرد.
عملکرد و سخنان انحرافی مهدی هاشمی و همچنین مشخص شدن تعارض بسیاری از سخنان وی با مفاهیم اصیل دینی و اصول تشیع، علما و روحانیون منطقه را به مقابله با این جریان فکری واداشت؛ تا جایی که آیت‌الله شمس‌آبادی برای روشنگری و مقابله فکری با این جریان منحرف، قربانی توطئه آنها شد و در سال 1355 توسط باند مهدی هاشمی که بعدها به گروه «هدفی‌ها» معروف شدند کشته شد.
هاشمی می‌خواست با نفوذ در ارکان نظام، زمینه را برای تصاحب نظام و به دست گرفتن قدرت به وجود آورد. در نتیجه وی در صدد بود عواملی را که مانع رسیدن وی به اهدافش در استان اصفهان و موقع حضورش در نهضت‌های آزادی‌بخش بودند حذف فیزیکی کند.
یکی از قتل‌های مهم باند مهدی هاشمی، که به خاطر این عامل به وقوع پیوست، به شهادت رساندن مهندس بحرینیان، مسئول کمیته‌های انقلاب اصفهان، بود. مهندس بحرینیان از جمله کسانی بود که به دلیل شناخت ماهیت باند مهدی هاشمی و مخالفت با دیدگاه‌های حاکم بر باند مهدی هاشمی به دستور او به قتل رسید.
مهدی هاشمی در زمانی به اتهام قتل مرحوم شمس‌آبادی و دیگر قربانیان این جریان، محاکمه و به 3 بار اعدام محکوم شد، توانست با استفاده از شرایط خاص زمانی و تحولات عظیمی که در سایه‌ی انقلاب اسلامی حاصل شده بود، خود را از مهلکه برهاند، اما چون عملکرد او بعد از رهایی از زندان همان رویکرد جنایی بود، مورد سوء‌ظن عده‌ای از مسئولان نظام قرار داشت، اما چون بعد از پیروزی انقلاب اسلامی و داشتن حامی مهمی چون آیت‌الله منتظری به مراکز قدرت راه پیدا کرده بود، با دستی باز و در عین حال به صورت پیچیده‌تر و با استفاده از پوشش‌های قانونی به کارهای خلاف قانون خود می‌پرداخت.
پس از پر شدن پیمانه جنایت‌های این باند، دست عدالت از آستین مسئولین امر در نظام بیرون آمد و آنها را به نتیجه اعمالشان گرفتار ساخت و سرانجام مهدی هاشمی و همدستانش در تاریخ 30 مهر 65 ابتدا در رابطه با کشف یک خانه تیمی بازداشت شدند و پس از انجام تحقیقات لازم، سرانجام به اتهامات گوناگون از جمله هدایت گروه‌های ترور و آدم‌ربایی، در قبل و بعد از انقلاب، در تاریخ‌های 20 و 22 و 24 مرداد 66 در دادگاه ویژه روحانیت محاکمه و حکم دادگاه (اعدام) درباره وی صادر و به مرحله اجرا گذاشته شد.
دستگیری مهدی هاشمی و ادامه حمایت های منتظری
البته با دستگیری مهدی هاشمی حمایت‌های بی‌دریغ آیت‌الله منتظری، به رغم تذکرات اکید امام خمینی (رحمت الله علیه) و مقامات ذی‌صلاح، همچنان ادامه داشت. وی اسناد اتهام مهدی هاشمی را قبول نداشت و می‌گفت: «سید مهدی آدم درستی است و او را فردی سودمند می‌شناسم.»
مهدی هاشمی به شدت مورد عنایت آیت‌الله منتظری قرار داشت و تبعاً چنین نیرویی نه تنها از جایگاهی ویژه در بیت، دفتر و مدارس منتظری برخوردار بود، بلکه نقش کلیدی و محوری را در دفتر وی بر عهده داشت. حمایت‌های آیت‌الله منتظری از سید مهدی هاشمی طوری بود که در همان ابتدای کار، ایشان با نگارش نامه‌ای 9 صفحه‌ای و بیان انواع و اقسام مطالب و توجیهات گوناگون، قصد منحرف ساختن حضرت امام از این اقدام را داشت. البته 6 روز بعد از آن، وقتی منتظری به همراه حاج احمد آقای خمینی و رؤسای قوای سه‌گانه در جلسه‌ای با حضور امام (رحمت الله علیه) شرکت می‌کند، ظاهراً با شنیدن توضیحات رؤسای قوا و امام در مورد باند مهدی هاشمی و عملکرد خود وی توجیه می‌شود ولی اندکی بعد دوباره منتظری گویی صحبت‌های مسئولین در آن جلسه را به عمد فراموش می‌کند، به حمایت مجدد از مهدی هاشمی روی می‌آورد.
امام خمینی: و الله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم
دستگيري سيد مهدي هاشمي و طرفدارانش و افشا شدن مفاسد اخلاقي و چندين فقره قتل عمد توسط آنان، سيد مهدي را به پاي چوبه دار برد اما در اینجا بود که تقابل و رويارويي آيت الله منتظري با امام(ره) را به اوج خود رساند كه نشانه هاي آن را مي توان در متن بسيار دردناك نامه امام خميني به آقاي منتظري در تاريخ ششم فروردين 1367 به خوبي مشاهده كرد.
در بخش هایی از این نامه آمده بود:
"سعي كنيد افراد بيت خود را عوض كنيد تا سهم مبارك امام بر حلقوم منافقين و گروه مهدي هاشمي و ليبرال‌ها نريزد. 2 - از آنجا كه ساده‌لوح هستيد و سريعاً تحريك مي‌شويد در هيچ كار سياسي دخالت نكنيد، شايد خدا از سر تقصيرات شما بگذرد. 3 - ديگر نه براي من نامه بنويسيد و نه اجازه دهيد منافقين هر چه اسرار مملكت است را به راديوهاي بيگانه دهند. 4 - نامه‌ها و سخنراني‌هاي منافقين كه به وسيله شما از رسانه‌هاي گروهي به مردم مي‌رسيد؛ ضربات سنگيني بر اسلام و انقلاب زد و موجب خيانتي بزرگ به سربازان گمنام امام زمان -روحي له الفدا- و خون‌هاي پاك شهداي اسلام و انقلاب گرديد؛ براي اينكه در قعر جهنم نسوزيد خود اعتراف به اشتباه و گناه كنيد، شايد خدا كمكتان كند. و الله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم، ولي در آن وقت شما را ساده‌لوح مي‌دانستم كه مدير و مدبر نبوديد ولي شخصي بوديد تحصيل‌كرده كه مفيد براي حوزه‌هاي علميه بوديد و اگر اين گونه كارهاتان را ادامه دهيد مسلما تكليف ديگري دارم و مي‌دانيد كه از تكليف خود سرپيچي نمي‌كنم."
در نهایت، بعد از این جریان و اجرای حکم اعدام مهدی هاشمی، امام (رحمت الله علیه) مجبور شدند پس از ناامید شدن از تذکرات، راهنمایی‌ها، پیام‌ها و هشدارها، وارد عمل شوند و به دلیل ساده‌انگاری‌های آیت‌الله منتظری و عدم بصیرتش در شناخت افراد و جریان‌های منحرف، وی را از قائم‌مقامی عزل کنند.
حمایت منتظری از منافقین و مخالفت با دستور امام خمینی(ره)
دیگر موردی که باعث ایجاد اختلاف شدید و سرانجام عزل آیت‌الله منتظری از قائم مقامی رهبری شد، مسئله‌ی منافقین و دستور حضرت امام (رحمت الله علیه) در خصوص اعدام این افراد و مخالف منتظری بود.
پس از عزل بنی‌صدر از ریاست‌جمهوری، سازمان مجاهدین خلق کار خود را با ترورهای وحشتناک و جنایات بسیار ادامه داد. در اوایل جنگ، بسیاری از نیروهای منافقین دستگیر شدند یا به عراق فرار کردند و از آنجا به مبارزه علیه ایران پرداختند. حضرت امام اعلام کرده بود کسانی که در زندان هستند، اگر از مواضع خود کوتاه بیایند و اعتراف کنند که اشتباه کرده‌اند در امان خواهند ماند.
با این حال، قسمتی از جریان مجاهدین، که در خارج از کشور علیه نظام جمهوری اسلامی فعالیت می‌کردند، پس از آنکه قطعنامه آتش‌بس بین ایران و عراق امضا شد و جنگ پایان یافت، از آنجایی که در زندان‌های ایران جاسوسانی داشتند، عملیاتی را در تابستان 67 طرح‌ریزی کردند که به عملیات فروغ جاویدان معروف شد.
منافقین قصد داشتند، طی این عملیات، تهران را تصرف کنند و ضربه آخر را به جمهوری اسلامی بزنند؛ ولی با درایت نیروهای سپاه و ارتش جمهوری اسلامی ایران، این عملیات با شکست مواجه شد و تعداد بسیاری از اعضای منافقین کشته یا زندانی شدند. از آنجایی که این افراد در زندان نیز بسیار برای نظام خطرناک بودند و از اَعمال خود احساس ندامت نمی‌کردند، حضرت امام برای حفظ اسلام و نظام اسلامی دستور اعدام آن دسته از افراد را که هنوز بر عقیده‌ی انحرافی خود باقی بودند، صادر کرد؛ ولی این دستور با واکنش و مخالفت صریح منتظری مواجه شد چنانکه وی اعدام منافقین را خلاف قانون تلقی کرد. وی در حالی به حمایت از این افراد برخواست که نابودی نظام جمهوری اسلامی تنها هدف منافقین بود و این موضوع جای تامل بسیار دارد.
تاریخ این اسلام و انقلاب مملو از حضور کسانی است که با مطامع دنیایی نظیر کسب قدرت، ثروت و... به گذشته ی پرافتخار خویش پشت کردند و در مسیر کامیابی دنیوی گام برداشتند.
آیت الله منتظری در طول دو دهه پایانی عمرش ملاقات ها و دیدارهای بسیاری را با معاندینی برقرار کرد که همگی جزو پیشتازان رویارویی با آرمان انقلابی ملت ایران بودند و بارها ضمن تایید آنها مورد تشویق نیز واقع شد.
حجت الاسلام سید احمد خمینی هم در رنج نامه ای که خطاب به آیت الله منتظری به نگارش درآوردند اشاره‌ای تذکر گونه داشتند به علل و عوامل و ريشه‌های مسائلي که عدم توجه به آنها و نصايح مکرر حضرت امام، موجبات واقعه تلخ قائم مقام رهبری را فراهم آورد.