به گزارش مشرق، رضا سراج کارشناس مسائل راهبردی با اشاره به نامه خویینی‌ها خطاب به رهبری در کانال تلگرامی خود نوشت: انتشار نامه موسوی خوئینی‌ها به رهبر انقلاب، یادآور نقش مهم وی در وقوع فتنه‌ی ۱۳۷۸ در کوی دانشگاه است. از این رو باید با دقت و تامل در محتوای نامه ایشان، از فراخوان‌های ضدانقلاب رمزگشایی کرد.

در سال ۷۸ با تبدیل شدن نشریات زنجیره‌ای به پایگاه دشمنان انقلاب، اصلاح قانون مطبوعات در دستور کار مجلس قرار گرفت. از این رو شبکه همکار داخلی غرب در ایران سعی نمود با فتنه‌انگیزی از مصوب شدن آن ممانعت کند. برای این مهم موسوی خوئینی‌ها به عنوان مدیر مسئول روزنامه سلام، نامه محرمانه وزارت اطلاعات را منتشر ساخت و در نقش چاشنی انفجاری فتنه‌ی ۱۳۷۸ عمل کرد. هدف گذاری در فتنه مذکور، معرفی رهبری به عنوان مسئول حمله به کوی دانشگاه بود تا در ادامه با پروژه کشته سازی، به زعم فتنه‌گران، رهبری مجبور به عذرخواهی و سپس استعفاء شود و یا اینکه از طریق مجلس خبرگان عزل گردد. در همین رابطه با هدایت ستاد براندازی، دو اقدام در دستور کار قرار گرفته بود.

اول) مطالبه از رهبری با شعار فرمانده کل قوا استعفاء
دوم) تهیه نامه به مجلس خبرگان برای عزل رهبری

اگر چه با حضور حماسی مردم در ۲۳ تیر ۷۸ فتنه براندازی عقیم ماند، اما متاسفانه به دلیل تضعیف چتر اطلاعاتی کشور، طراحان و آمران فتنه مذکور محاکمه نگردیدند.

با این تفاسیر به نظر می‌رسد رابطه معناداری بین محتوای نامه موسوی خوئینی‌ها با طرح آمریکایی‌ها وجود دارد. در فتنه آینده دقیقا می‌خواهند از یک سو رهبری را مسئول وضع موجود معرفی کنند و از سوی دیگر با ایجاد اغتشاش و کشته‌سازی در محیط داخلی ایران، تغییر محاسبات نظام را فراهم و پذیرش مذاکره مجدد با آمریکا را میّسر سازند.