به گزارش مشرق، مرکز اسناد انقلاب اسلامی نوشت: منافقین که از حمایت مردمی برخوردار نبودند، مشی نفوذ در نهادهای مختلفی مانند دادگاه‌های انقلاب، اداره دوم ارتش، دفتر نخست‌وزیری، کمیته‌ها، سپاه پاسداران، حزب جمهوری اسلامی و دفتر رئیس‌جمهور را در پیش گرفتند. نفوذی‌های این سازمان از جمله محمدجواد قدیری، محمدرضا کلاهی، مسعود کشمیری و محمدکاظم افجه‌ای به تدریج توانستند به مراکز حساسی همچون حزب جمهوری اسلامی و شورای امنیت کشور راه یابند و در دوران ترورها صدماتی جبران ناپذیر به نظام جمهوری اسلامی وارد نمایند. علاوه بر آن، سازمان مجاهدین خلق که از حمایت مردمی برخوردار نبود، نه تنها در برابر دستور خلع سلاح صادره از سوی امام، مقاومت کرد، بلکه به تجهیز تسلیحاتی خود از همه راه‌ها پرداخت.

نخست‌وزیر رجایی درباره‌ی اقدامات سازمان مجاهدین خلق گفت: "سازمان از هر فرصتی استفاده می‌کرد که دست کم سه چیز را برای خودش آماده بکند. یکی از آنها اسلحه بود، به محض اینکه مردم ما در انقلاب پیروز شدند، این‌ها به انواع وسایل متوسل می‌شدند ...

برای روزی که در نظر داشتند، بعد از جمع‌آوری اسلحه، شروع کردند به جمع‌آوری امکانات مالی و تدارکاتی، از بردن ماشین‌ها گرفته تا بردن پول‌های نقد و اسناد و تصرف اماکن که مدت‌ها طول کشید تا مردم توانستند این اماکن را که آنها به زور گرفته بودند از آنها پس بگیرند. به موازات این دو کار، چیزی که برای همه ما تعجب‌آور باشد، اینها شروع کردند به شناسایی شخصیت‌هایی که ممکن است در آینده‌ی این انقلاب نقش داشته باشند."

«ابراهیم خدابنده» از اعضای سابق سازمان مجاهدین خلق، در این خصوص گفت: "رجوی یک بار در صحبت‌هایش گفت: «زمانی که انقلاب شد، همه سازمان‌ها و گروه‌ها دنبال تشکیل حزب و کار سیاسی رفتند اما ما عاقل بودیم و از همان ابتدا رفتیم دنبال جمع‌آوری سلاح، تشکیلات نظامی و فرستادن نفوذی.» فردای انقلاب، کار اصلی سازمان، فرستادن نفوذی بود؛ سازمان هر کسی را که جذب می‌کرد، مثلا مانند کلاهی یا کشمیری، بلافاصله آن‌ها را برای نفوذ مامور می‌کرد. بعضی‌ها هم سرِ پستی که بودند، آن‌ها را جذب می‌کرد، مانند سرهنگ بهزاد معزی؛ این شخص در نیروی هوایی بود، خلبان شاه بود؛ به ایران بازگشت و سازمان او را جذب کرد یا خیلی افراد دیگر. رجوی می‌گفت این نفوذی‌های ما هر جا توانستند تأثیر گذاشتند مانند دفتر بنی‌صدر و هر جا نتوانستند تأثیر بگذارند، آنجا را منفجر کردند، مانند حزب جمهوری اسلامی."

«رضا کیوان‌نژاد» از اعضای سازمان مجاهدین خلق، درباره هدف سازمان از تجهیز و ذخیره سلاح گفت: «با اوج‌گیری و حاد شدن کامل جریانات در روزهای پیروزی انقلاب، خط سرقت سلاح و مهمات به وسیله افراد سازمان پیاده گردید. این خط عمدتاً به وسیله مرکزیت که آن موقع تشکیل شده بود از مسعود رجوی، موسی خیابانی، علی زرکش، مهدی ابریشمچی و عباس داوری بود... تحلیل این مسئله به وسیله مرکزیت این بود که از آنجا که رشد تضادهای دو جریان در نهایت به خشونت گراییده و با سلاح حل می‌شود، لذا باید برای این برخورد آماده گردید... سرقت سلاح و مهمات به وسیله گروهی به نام عملیات و تحت مسئولیت دو نفر از اعضای ارشد به نام‌های فاضل مصلحتی و حمید جلال‌زاده صورت می‌گرفت.»

سلاح‌های به غارت رفته، در خانه‌های اعضای سازمان یا در مکان‌های امن دیگر مخفی می‌شد. علاوه بر این، سازمان منافقین به دلیل کمک‌های مالی بنی‌صدر توانسته بود مقدار قابل توجهی سلاح از طریق واسطه‌های عراقی از راه کردستان وارد کند.

«احمدرضا کریمی»، از اعضای سابق سازمان مجاهدین خلق، درباره‌ی قصد قبلی سازمان برای ترور آیت‌الله بهشتی پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، نوشته است: "نکته‌ی مهمی که در ارتباط با مسائل فوق نباید از نظر دور بماند،‌ اعترافی است که وحید [افراخته] در مورد شهید بهشتی دارد. در تک نویسی وحید برای تقی شهرام، ‌آخرین عبارت آن این است که شهرام و دار و دسته‌اش قصد داشتند در سال ۱۳۵۴، دکتر بهشتی را ترور کنند. (‌حتماً برای این احتمال که مخالفت و عدم حمایت روحانیون را ناشی از ایشان می‌دانستند.) این اعتراف را در سال۵۹،‌ من در پرونده تقی شهرام دیدم و متأسفانه روی آن کار نشد؛ بالاخره تروری که توسط مرکزیت سال ۵۴ سازمان طراحی شده بود، در ۷ تیر ۱۳۶۰، توسط مرکزیت سال ۶۰ سازمان به اجرا در آمد."

«ابراهیم خدابنده» در این باره گفته است: "رجوی از زندان پیام داد و این [جریان مارکسیستی تقی شهرام] را محکوم کرد که نَه! این جریان اپورتونیستیِ چپ‌نما بوده و ما همچنان مسلمانیم و یک ۱۲ ماده‌ای از زندان بیرون داد، ماده ۱۰ آن می‌گوید: «تهدیدِ اصلیِ مبارزات ما جریان راست ارتجاعی است که ما با آن مبارزه می‌کنیم.» این همان حرف تقی شهرام بود یعنی مسعود رجوی در آن ۱۲ ماده هارت و پورت کرده که نخیر ما مسلمانیم و مارکسیست نیستیم اما اصل مطلب همان حرف تقی شهرام بود که می‌گفت تهدید اصلی، تهدید جریان انقلابی است؛ یعنی جریان مذهبی مشکل آن‌ها بود که شاخص اصلی‌اش شهید بهشتی بود. رجوی می‌گفت: «وقتی که من از زندان آزاد شدم، تمام سعی‌ام را کردم که نگذارم امام وارد ایران شود،» حتی به نزد آیت‌الله لاهوتی و افراد دیگری رفته بود که به امام خبر بدهید اینجا ما اطلاعات داریم، تهدید می‌شود، اینجا برسد ترور می‌شود."

آیت‌الله بهشتی در ابتدای انقلاب به خاطر القائات منافقین و روزنامه‌های ضد انقلاب، همواره مورد تهمت و توهین بود. توطئه‌چینی برای عزل بنی‌صدر، آمریکایی و مدافع غرب بودن از جمله اتهاماتی بود که دکتر بهشتی صبورانه و مظلومانه با آن‌ها برخورد می‌کرد.

زمانی که سازمان با عزل بنی‌صدر احساس کرد که دیگر امکان پیشروی و کسب قدرت از طریق سیاسی مقدور نیست، به بهانه‌ای واهی اعلان جنگ مسلحانه داده، فعالیت‌های تروریستی خود را آغاز کرد و اولین ضربه‌ی هولناک را با انفجار دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی و به شهادت رساندن ۷۲ تن از مسئولان طراز اول مملکت، از جمله دکتر بهشتی، رئیس دیوانعالی کشور، وارد آورد.

سازمان مجاهدین خلق بر این گمان بود که آیت‌الله بهشتی بر روی امام خمینی نفوذ دارد و با کشتن او، نظام با مشکل جدی رو به رو خواهد شد. «مسعود خدابنده»، عضو جدا شده سازمان، در این باره گفته است:"متاسفانه اشتباه محاسبه مجاهدین در مقابله با حکومت نه از این نقطه شروع شده بود و نه به این نقطه پایان یافت. شروع اشتباه محاسبه سیاسی مجاهدین تحلیلی بود که بواسطه آن از آغاز انقلاب، جناح حاکم و مغز متفکر و رهبر این جناح را آیت‌الله بهشتی دانسته و آیت‌الله خمینی را هم اگر چه همنوع ولی بازیچه تحلیل‌های وی می‌دید. این تحلیل حالا می‌گفت حکومت پس از حذف بنی‌صدر یکپارچه شده و دیکتاتور واقعی کشور اکنون آیت‌الله بهشتی است. پس با زدن این سر (آیت‌الله بهشتی) رژیم سرنگون خواهد شد."