وی در سال 1358 شمسی و در حالی که قریب 40 سال امام جماعت حرم حضرت ابوالفضل (ع) و استاد حوزه علمیه نجف بود، توسط رژیم بعث عراق دستگیر و از این کشور تبعید شد و به همراه گروهی از علما به ایران آمد.

آیت‌الله سیبویه از علمای ساده‌زیست و بود که سال‌ها در منزلی در خیابان گرگان تهران زندگی می‌کرد. وی در اواخر عمر از بیماری سرطان خون رنج می‌برد.

آیت الله سیبویه در روز شنبه پنجم آذر 1384 در سن 89 سالگی در بیمارستان ساسان دار فانی را وداع گفت. پیکر این عالم جلیل‌القدر در شهر قم تشییع شد و پس از اقامه نماز میت توسط مرحوم آیت‌الله محمدتقی بهجت، در حرم حضرت معصومه مجاور قبر شهید مفتح برای همیشه آرام گرفت. 

مهدی صادق‌نژاد، از دوستان نزدیک مرحوم سیبویه می‌گوید: پدر و مادر مرحوم سیبویه در یک روز از دنیا رفتند و زمانی که آنها فوت کردند، مرحوم سیبویه در بستر بیماری بود و پزشکان از بهبودش قطع امید کرده بودند. مرحوم سیبویه 20 روز بعد از فوت والدینش زمانی که کمی بهبود یافته بود، متوجه فوت آنها می‌شود.

بعد از اینکه میرزا احمد سیبویه (ره) بهبود یافت، گفت: «در بستر بیماری در عالم مکاشفه بودم، همراه پدرم در حرم امام حسین (ع) ایستاده بودیم؛ پدرم از امام حسین (ع) شفای مرا خواست. حضرت اباعبدالله (ع) فرمودند: «اجلش رسیده است» و پدرم امام حسین (ع) را به مادرش حضرت زهرا (س) قسم می‌دهد و می‌گوید: اگر شما بخواهید، می‌شود.

مرحوم سیبویه گفت: امام حسین(ع) به داخل حرم رفتند و بعد از مدتی بیرون آمدند و خطاب به پدرم فرمودند: «ما شفای پسر شما را از خدا گرفتیم!»

بعد از این واقعه، مرحوم سیبویه بارها می‌گفتند که من آزاد شده امام حسین(ع) هستم. از این رو وی علاوه بر «احمد» با نام کوچک «حسین» نیز معروف بود.

مرحوم آیت‌الله سیبویه در یکی از ماندگارترین روضه‌های خود، بخش‌هایی از «زیارت ناحیه مقدسه» را می‌خواند.

ـ أَلسَّلامُ عَلَى الْمَظْلُومِ بِلا ناصِر، سلام بر آن مظلومِ بى‌یاور؛

أَلسَّلامُ عَلى ساکِنِ التُّرْبَةِ الزّاکِیَةِ، سلام بر آن جاى گرفته در خاک پاک؛

ـ أَلسَّلامُ عَلى صاحِبِ الْقُبَّةِ السّامِیَةِ، سلام بر صاحـبِ آن بارگـاهِ عالى‌رتبه؛

ـ أَلسَّلامُ عَلى مَنْ طَهَّرَهُ الْجَلیلُ، سلام بر آن کسى که ربّ جلیل او را پاک و مطهّر گردانید؛

ـ أَلسَّلامُ عَلى مَنِ افْتَـخَرَ بِهِ جَبْرَئیلُ، سلام بر آن کسى که جبرئیل به او مباهات مى‌نمود.