وی پس از شهادت پدرش در 29 بهمن 1377 (1999) فعالیت خود را صرف برقراری ارتباط با طرفداران پدرش کرد. این گروه که اغلب جوان بودند، هسته اولیه جماعت «صدرثانی» را تشکیل ‌دادند. مقتدا توانست نجف و کوفه را به پایگاه اصلی نیروهایش بدل کند و در حرم امام علی(ع) و مسجد کوفه سنگر گرفت. اقداماتی که با همکاری های چند سویه قبل از آنکه تبدیل به چالشی خطرناک شود، به پایان رسید.

مقتدا در اوایل سال 2004 در پی سقوط رژیم دیکتاتوری صدام، به عنوان حاکم غیر رسمی منطقه‌ای به نام «شهرک صدر» بغداد که در دوره دیکتاتوری به شهرک صدام معروف بود، فعالیت می‌کرد و فرماندهی «جیش المهدی» را که در واقع شاخه نظامی این جریان بود، بر عهده گرفت.

وی با همین طرفدارانش موسسات خیریه و دفاتر پدرش را در شهرهای مختلف عراق دوباره فعال کرد و سپس با تدوین مرامنامه‌ای که در آن بر لزوم تشکیل حکومتی اسلامی و اقامه حدود شرعی برای آینده عراق تاکید شده بود وارد صحنه سیاسی و اجتماعی این کشور شد.

در دوران اشغال عراق، جیش المهدی که گفته می‌شود 60 هزار عضو دارد با ارتش آمریکا بارها درگیر شدند و آمریکایی‌ها در واکنش به این اقدام تلاش کردند تا صدر را دستگیر کنند.

ورود صدر به صحنه درگیری نظامی با آمریکایی‌ها پس از توقیف هفته‌نامه «الحوزه» در شهرک صدر صورت گرفت، پس از توقیف این هفته‌نامه که در آن مواضع اسلامی و ضدآمریکایی مقتدا منتشر می‌شد، طرفداران او درگیری‌های نظامی را آغاز کردند. اما در نهایت رهبر جوان جریان صدر، فعالیت جیش المهدی را به حالت تعلیق درآورد و وارد فاز سیاسی شد و در سال 2005 اجازه یافت تا در انتخابات حضور یابد. اما در آگوست همین سال نیروهای آمریکایی با هدف ترور مقتدا، به خانه او حمله کردند که در این عملیات نیز شکست خوردند. در اکتبر 2006 وی در کنار «جلال طالبانی» رئیس جمهور عراق حاضر شد تا میزان نفوذ خود در دولت جدید این کشور را نشان دهد. جریان او در پارلمان عراق 20 کرسی را در آن دوره از آن خود کرده بود.

در انتخابات پارلمانی 2010 نیز جریان صدر بار دیگر حضور یافت و 40 کرسی از مجموع 325 کرسی پارلمانی عراق را به خود اختصاص داد و سهمیه 8 وزیر در کابینه جدید نوری مالکی نخست وزیر عراق را از آن خود کرد. این وزارتخانه‌ها عبارتند از: عمران و اسکان، برنامه‌ریزی، کار و امور اجتماعی، منابع آبی و آب رسانی، آموزش و پرورش، حمل و نقل، دادگستری و بهداشت.علاوه بر این یکی از معاونان نخست وزیر نیز از این جریان انتخاب شد.

مواضع اصلی مقتدا حول محور مشروعیت قدرت، مخالفت حضور نیروهای اشغالگر آمریکایی در عراق و خدمات رسانی به مردم این کشور می‌چرخد.

وی در خطبه‌های نماز جمعه خود در شهر کوفه بارها اعلام کرده بود که خواستار اسلامی شدن جامعه و ممنوعیت فروش مشروبات الکلی است.

با تمام اینها برخی کارشناسان انتقاداتی به این رهبر جوان جریان صدر و تاکتیک‌های مبارزاتی و عملکردش در عرضه سیاسی عراق وارد می‌کنند، هرچند که وی همواره در نهایت تصمیمی که در راستای منافع ملی عراق بوده، اتخاذ کرده است.

پس از انتخابات 2010 پارلمان عراق، عربستان تمام سعی خود را برای به قدرت رساندن «ایاد علاوی» رهبر فهرست العراقیه و جریان‌های سنی وقف کرد اما در نهایت با هوشیاری گروه‌های عراقی، در نهایت دولت تشکیل شد. با این حال عربستان و علاوی دست از خرابکاری برنداشتند و تلاش کردند تا سناریوهای جدیدی برای تغییر معادله سیاسی عراق طراحی کنند.

طرح عدم کفایت مالکی از سوی العراقیه و سپس کارشکنی‌های «مسعود بارزانی» رئیس منطقه کردستان نیز در راستای همین طرح‌ها بود. جمع کردن امضا علیه مالکی در پارلمان و همصدایی مقتدا صدر، موجب شد که برخی به او اتهام بزنند که به عمق بحران جاری در کشورش توجهی ندارد زیرا به اعتقاد آنها، این اقدام صدر در واقع بازی در زمین عربستان سعودی بود و اظهار نظرهای تند مقتدا علیه مالکی چیزی جز بی‌ثباتی و تفرقه در ائتلاف شیعیان و افزایش درگیری‌های مذهبی در عراق به همراه نداشت. اما واقعیت این بود که صدر به عملکرد دولت انتقاد داشت و خواستار اصلاح آن و ارائه خدمات به شهروندان عراقی بود و در نهایت نیز با تصمیمی درست، دست‌های پشت پرده این توطئه علیه بغداد را در تحقق اهدافشان ناکام گذاشت و با ایفای نقش میانجیگری میان «مسعود بارزانی» رئیس منطقه کردستان و فراکسیون همپیمانی ملی تلاش کرد تا اوضاع داخلی عراق را سامان دهد. وی با عملکرد درست خود نشان داد که جریان صدر خواستار بهبود سطح خدمات رسانی دولت است نه ایجاد تفرقه و شکاف در کشور.

رهبر جوان جریان صدر، همواره تلاش کرده تا منافع ملی عراق را بر هرچیز دیگری ارجحیت دهد و به دلیل قدرت و محبوبیتش در بافت جامعه عراقی، اغلب توانسته، معادلات سیاسی را در مسیری درست حفظ کند .دی ماه سال 90، فراکسیون پارلمانی «الاحرار» وابسته به جریان صدر اعلام کرد: آمریکا بارها سعی داشته است تا مقتدا صدر را ترور کند اما تاکنون ناکام مانده است و به همین دلیل رهبر جریان صدر حوزه نجف اشرف را ترک کرده و به کشوری دیگر برای ادامه تحصیل رفته است.

«امیر الکنانی» یکی از نمایندگان جریان صدر اظهار داشت: مقتدا صدر به دلیل اوضاع کنونی نمی‌توانست در نجف رفت و آمد داشته باشد و منطقی نیست که مدرسان به منزل او بیایند و بروند یا او به مسجد برود، این قید و بندها در اوضاع بحرانی امنیتی مشکل ساز شده است.

به همین دلیل مقتدا صدر برای ادامه تحصیلات حوزوی به شهر قم در ایران آمد و هر از چند گاهی به دلیل حضورش در عرصه سیاسی عراق، به این کشور سفر می‌کند.

الکنانی تصریح کرد: به دلیل توطئه‌های ایالت متحده آمریکا، صدر برای حفظ امنیتش ترجیح داده تا پایان ادامه تحصیلات و برقراری امنیت در عراق، در قم بماند.

رهبر جریان صدر در این مدت همواره میان ایران و عراق در تردد بوده و پس از تکمیل درسهای حوزوی به عراق بازگشت.

چهارم آگوست 2013، یک منبع نزدیک به مقتدا گفت که وی از فعالیت‌های سیاسی کناره‌گیری کرده است. مقتدا صدر نیز در 13 آگوست گفت: آبروی خاندان صدر در بوته آزمون قرار دارد. وی طرفدارانش را به محکم کردن صفوف و فرهنگ سازی در خصوص افراد ساده لوحی که جز حمل سلاح چیزی نمی دانند و بر اهمیت تدوین آیین نامه داخلی برای جریان صدر تاکید کرد.

در 6 آگوست همین سال رهبران فراکسیون الاحرار وابسته به جریان صدر از رهبر این جریان خواستند از تصمیم خود در کناره گیری از فعالیت‌های سیاسی و اجتماعی عقب‌نشینی کند.

 مقتدا صدر چند هفته بعد از این درخواست‌ها در 12 سپتامبر با اعلام عقب نشینی از تصمیم اخیر خود مبنی بر کناره گیری از فعالیت‌های سیاسی، بار دیگر به صحنه سیاسی عراق بازگشت.

رهبر جریان صدر اعلام کرد بنا به درخواست طرفدارانش از تصمیم کناره‌گیری از فعالیت‌های سیاسی منصرف شده است.

وی همچنین از طرفدارانش خواست راه تکامل اسلامی و عقایدی و فرهنگی و تشکیلاتی و اداری و اتحاد را در پیش گیرند.

وی در بیانیه‌ای اعلام کرد: با وجودی که در حال حاضر از جامعه کناره‌گیری کرده ام، اما نمی توانم در مقابل این جمعیت مومن و معتقد به پدرم( محمد صادق الصدر )ساکت بنشینم.

سرانجام شب گذشته رهبر جریان صدر با صدور بیانیه‌ای اعلام کرد که از سیاست کناره‌گیری می‌کند. در بیانیه مقتدا صدر آمده است که تمامی دفاتر جریان صدر و زیرمجموعه‌های آن، که تحت عنوان «دفاتر سید شهید» در عراق فعالیت می‌کردند، بسته می‌شوند و وی از روند سیاسی کشور کناره‌گیری خواهد کرد.

در این بیانیه آمده است که این جریان از اکنون دیگر هیچ فراکسیون پارلمانی ندارد و در داخل و خارج دولت هیچ پست و کرسی ندارد اما تنها 19 موسسه همچنان تحت مدیریت مستقیم مقتدا باقی خواهند ماند.

بر اساس این بیانیه، مقتدا صدر این تصمیم را برای حفظ آبروی خاندان صدر به ویژه دو شهید این خاندان و دور ماندن اسم آنها از هرگونه اتهام فسادی که تاکنون روی داده یا احتمال دارد در آینده تحت عنوان این دفاتر در داخل و خارج عراق صورت گیرد، گرفته است.

وی اظهار داشت که برای پایان دادن به رنج مردم عراق و رهایی از سیاست و سیاسی‌ها، تمامی دفاتر جریان صدر در سطوح دینی، اجتماعی، سیاسی و غیره را می‌بندد.

در متن این بیانیه آمده است: من، تنها وارث شهید ثانی بستن تمامی دفاتر و زیرمجموعه‌های جریان صدر در تمام سطوح دینی، اجتماعی، سیاسی و ...را اعلام می‌کنم و هیچ کس حق ندارد به نمایندگی از این دفاتر سخن بگوید یا تحت عنوان این دفاتر در داخل یا خارج از عراق فعالیت کند.

وی در ادامه اعلام کرد: من دیگر در هیچ یک از امور سیاسی دخالتی نمی‌کنم و ما هیچ فراکسیون پارلمانی یا پستی در داخل یا خارج دولت عراق نداریم. هر کس که خلاف این عمل کند خود را در معرض بازخواست شرعی و قانونی قرار داده است.

در این بیانیه اسامی 19 موسسه‌ای که همچنان تحت مدیریت مستقیم مقتدا صدر فعالیت خواهند داشت، ذکر شده که عبارتند از:

1. مرقد سید شهید و زیرمجموعه‌های آن

2. صحن مرقد سید شهید

3. هیئت میراث سید شهید

4. شبکه ماهواره‌ای «الاضواء»

5. رادیو «قرآن ناطق»

6. رادیو «العهد»

7. نماز جمعه در مسجد کوفه و شهرک صدر

8. موسسه «منتظر برای احیای میراث آل صدر»

9. موسسه خدماتی

10. مجله الهدی

11. مدارس آکادمیک خیریه متعلق به ما در نجف، بغداد، قم

12. مدرسه دخترانه «البتول»

13. مسجد فاطمة الزهرا در نجف اشرف

14. مرکز شهدای صدر در بغداد

15. مرکز علمی عراق در بغداد

16. مراکز اطلاع‌رسانی ویژه این جریان

17. مسابقه گروه ناجی

18. مدرسه دینی امام صادق در نجف اشرف

19. ساخت داروخانه‌ای به نام آل صدر

تصویر بیانیه مذکور که شب گذشته به دست مقتدا صدر امضا و مهر شده، در پایگاه اطلاع‌رسانی جریان صدر قرار گرفته که در زیر می‌آید.