این در حالی است که پس از انتشار این نامه واکنش‌هایی از سوی 3 نفر از امضاکنندگان نامه صورت گرفت و محمدعلی پورمختار رئیس کمیسیون اصل 90 از تکذیب امضای نامه محمدخاتمی توسط محمدفرهادی خبر داد و گفت: در صحبتی که با آقای فرهادی داشتم درخصوص امضای نامه‌ای از طرف وی در سال 88 در حمایت از فتنه سوال کردم که فرهادی با اعلام برائت از فتنه 88 صراحتا گفتند که این نامه را امضا نکردند بلکه افرادی نام ایشان را در آن نامه قرار داده بودند.


محمد فرهادی امروز در صحن علنی مجلس شورای اسلامی در جریان جلسه رأی اعتماد نمایندگان مجلس بار دیگر امضای نامه خاتمی را تکذیب کرد و گفت: بنده هیچ نامه‌ای را امضا نکرده‌ام که مجددا به صراحت می‌گویم، اما اینکه اسم بنده هست یا نیست، نمی‌دانم موضوع چه بوده است.

همچنین عباس عبدی فعال سیاسی اصلاح‌طلب و از کسانی که نام وی جزو امضا کنندگان نامه محمدخاتمی وجود دارد طی یادداشتی امضای خود را در زیر نامه محمد خاتمی تکذیب کرد و نوشت: بنده در زمان رای اعتماد به آقای دکتر نجفی برای اولین بار از وجود چنین نامه‌ای مطلع شدم. هر چند هر فرد آشنایی با سیاست بر حسب سیاق نوشته و مجموعه‌ای که نام‌شان در ذیل متن آمده متوجه جعلی بودن آن می‌شود، علی هذا مجددا تاکید می شود که بنده به عنوان کسی که نامش در ذیل نامه آمده هیچگاه در جریان انتشار آن نبوده‌ام و از برخی دیگر از افرادی هم که نام‌شان هست پرسیدم بکلی اظهار بی اطلاعی می کردند.

همچین محمد علی نجفی نیز پس از اظهارنظرهایی که در رابطه با تأیید امضای خود در زیر نامه محمدخاتمی به نقل از وی مطرح شده بود نامه‌ای را برای علی لاریجانی رئیس مجلس ارسال کرد و علی لاریجانی در صحن علنی مجلس در رابطه با نامه محمدعلی نجفی گفت:‌ دقایقی پیش سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری نامه‌ای را به هیئت رئیسه ارائه کرد که نجفی در این نامه آورده است که من هیچ نامه‌ای را در زمینهٔ فتنه 88 امضا نکرده‌ام و قبلاً هم این را گفته بودم.

با توجه به اینکه عباس عبدی طی یادداشتی نامه را جعلی می‌داند،سوال اینجاست که محمد خاتمی و سایت وی با چه هدفی امضای برخی فعالان سیاسی اصلاح‌طلب را جعل کرده و در زیر برخی نامه‌ها قید می‌کند؟