وی در سال ۲۰۰۶ جزء آن دسته از مقامات جنبش حماس بود که بلافاصله پس از دستگیری گلعاد شالیط سرباز صهیونیست ها بازداشت شد. ابو طیر که به دلیل ریش های قرمز رنگش معروف است، در سال ۲۰۱۰ میلادی از زندان آزاد شد اما بلافاصله بار دیگر به دلیل امتناع از ترک شرق بیت المقدس زندانی شد.
وزارت کشور رژیم صهیونیستی برای همیشه سکونت ابو طیر و دیگر مقامات حماس را که همراه وی بازداشت شده بودند، در سرزمین های فلسطینی ممنوع کرده است. محمد ابو طیر که ۶۴ سال سن دارد در سال ۲۰۰۶ و برای اولین بار به شورای قانونگذاران فلسطینی راه یافت.