***آموزش فلسفه 


آقای خامنه ای مدت کوتاهی هم در درس فلسفه حاج شیخ مجتبی قزوینی حاضر شد. او هرچند مخالف فلسفه بود، اما مدرس معقول فلسفه بود. مبانی ویژه ای در مسائل فلسفی داشت. آن را درس می داد و نظرات ملاصدرا و ملاهادی سبزواری را رد می کرد. «من مختصری درس ایشان را در باب حدوث و قدم رفتم.»   

مرحوم قزوینی در علوم غریبه هم وارد بود. ریاضی [=جبر] می دانست. با علم کیمیا آشنا بود. جنبه های معنوی و علمی از یک طرف و اعتقاداتش به مبارزه با دستگاه حکومت از طرف دیگر از او سنگری ساخته بود که طلاب مبارز به آن پناه می بردند.

***تدریس

دوران طلبگی سیدعلی خامنه ای در مشهد، به پایان خود نزدیک می شد. او زودتر از دیگر همردیفان خود توانست دوره سطح را به پایان ببرد. «تابستان ها که این درس ها تعطیل می شد، پدر درس های جایگزین به جای آن تعیین می فرمود و خود تدریس می کرد. به همین دلیل بود که من بر خلاف اشخاصی که تنها در حوزه های عمومی درس می خواندند و این حوزه ها محرم و صفر و ماه مبارک و قدری هم تابستان تعطیل می شد، وقفه ای در تحصیل نداشتم و لذا هنوز 18 سال را تمام نکرده بودم که تمام دروس سطح را خوانده و درس خارج را شروع کرده بودم.» 

در این دوره؛ تدریس، همراه با درس آموزی سید علی بود و از همان هنگامی که از دبستان فارغ شد، همواره تدریس را، هم به یمن شیوه آموزش در نظام طلبگی، و هم به واسطه علاقه، پی گرفت. هرچند تدریس او با تقریر امثله و صرف میر به دو روضه خوان همشهری آغاز شده بود، اما رفته رفته شکل رسمی پیدا کرد و طلبه ها دور او حلقه زدند. پس از جامع المقدمات، تدریس سیوطی را شروع کرد؛ پس از آن مغنی را. او در تدریس کتاب جواهرالبلاغه که مدتی در مشهد به جای مطول آموزش داده می شد، تبحر داشت.