او پس از بازگشت از کردستان و آموختن فنون نظامی و جنگ شهری از سوی شهید چمران و جاویدالاثر «حاج احمد متوسلیان»،در «پادگان توحید» به عضویت رسمی سپاه پاسداران درآمد و بعد از مدتی به «فیروزکوه» رفت و کلاس‌های آموزش احکام دینی و مسائل نظامی را برای جوانان و نوجوانان برپا کرد.
پس از مدتی حاج کاظم را به عنوان فرمانده یکی از گردان‌های تیپ رسول الله(ص)، که فرمانده آن احمد متوسلیان بود، انتخاب کردند و بعد از شش ماه فعالیت، «مسئولیت واحد عملیات» را در پادگان توحید پذیرفت و تا شروع جنگ در این سمت باقی ماند.
حاج کاظم در این زمان طی مأموریتی جهت توانمندسازی نیروهای «حزب‌الله»، به‌عنوان فرمانده گردان به جنوب لبنان اعزام شد و مسئولیت تعدادی از عملیات‌ها را برعهده گرفت.وی در راه آماده‌سازی شیعیان لبنان از هیچ کوششی فروگذار نکرد. بازگشت او با تشکیل تیپ دوم سپاه تهران مصادف شد که این تیپ به نام مبارک «سیدالشهدا(ع)» مزین شد و با جمعی از یاران و دوستانش،فرماندهی عملیات تیپ را عهده‌دار شد.
در مهرماه سال ۱۳۶۱ ازدواج کرد و چند روز بعد به جبهه رفت. تا اینکه پس از حضور مداوم در جبهه در جریان عملیات «بدر»، روز پنجشنبه ۲۵ اسفند ماه ۱۳۶۳ هنگام اذان ظهر در شرق دجله (منطقه هور الهویزه) در حال شناسایی منطقه، همراه چند نفر از فرماندهان تیپ سیدالشهدا (ع) به درجه رفیع شهادت نائل . پیکر این فرمانده شهید بعد از ۱۳ سال همچون سید و سالار شهیدان، قطعه قطعه به وطن بازگشت.
محسن رضایی فرمانده وقت سپاه پاسدارن و دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام در سخنانی که سال 1389 بیان کرده است توضیح می‌دهد: در عملیات «خیبر» تیپ 10 سیدالشهدا (ع) وارد عمل شد. پس از آن عملیات، ابهاماتی در بین فرماندهان پدید آمد، چون عملیات‌هایی که پس از فتح خرمشهر مثل «رمضان»، «والفجر مقدماتی» «والفجر 1» و خیبر به نتایج مطلوبی نرسیده بود،
در بین برخی فرماندهان همچون شهید رستگار و شهید «حمید بهمنی»(مسئول عملیات تیپ10 سیدالشهدا) ابهاماتی به وجود آورده بود که باید به همین سبک به جنگ ادامه دهیم یا سبک دیگری را برگزینیم؛ بنابراین، نظراتی در سپاه تهران شکل گرفت که این نظرات مدتا درباره نحوه ادامه عملیات‌ها بود.
یک گروه سیاسی هم با محوریت «اکبر گنجی» در پادگان امام حسین (ع) بود که تلاش کردند، از این اعتراضات به سود خودشان بهره ببرند؛ برای همین، در منطقه 10 سپاه که مرکزش تهران بود و پادگان حضرت ولیعصر(عج) اعتراضاتی شکل گرفت پس از اینکه امام راحل پیامی دادند، امتحان سختی شکل گرفت. آنهایی که مانند شهید رستگار و شهید بهمنی ولایی و پیرو امام (ره) بودند به فرمان امام تمکین کردند و به جبهه برگشتند و جنگیدند و گروهی دیگر امثال اکبر گنجی که از همان آغاز هم امام(ره) را قبول نداشتند سپاه را ترک کردند و به جبهه هم نیامدند.
رضایی با بر شمردن شاخصه‌های فرماندهی و اخلاقی شهید رستگار می‌گوید: زندگی شهید رستگار نشان می‌داد که این شهید بزرگوار یک ولایتی آزاده بود و در عین اینکه ولایت‌پذیر بود، اشکالات و معایبی را که در صحنه جنگ و نبرد می‌دید، آشکارا طرح می‌کرد و در حقیقت، شهید رستگار به معنای واقعی یک ولایتی آزاده بود.
آزادمنشی و آزادگی او مبنای ولایت‌پذیری او بود.
به همین دلیل بود هر مطلبی را که حق می‌دانست، پیگیری و دنبال می‌کرد و هر مطلبی که امام می‌فرمودند را نصب العین و راهنمای خود قرار می داد.
متن وصیتنامه شهید کاظم نجفی رستگار به شرح زیر است:
«بسم الله الرّحمن الرّحیم
انا لله و انا الیه راجعون
ستایش خدای عزوجل را که مرا از امت محمد صلّی الله علیه و آله و سلّم و شیعه علی علیه السّلام قرار داد و سپاس خدای را که با آوردن حق از ظلمت به روشنایی و از طاغوت نجاتم داد و مرا از کوچک‌ترین خدمتگزاران به اسلام و انقلاب اسلامی قرار داد.
امیدوارم که خداوند متعال رحمت خود را نصیب بنده گناهکار خود بفرماید و مرا به آرزوی قلبی خود، یعنی شهادت فی سبیل‌الله برساند که تنها راه نجات خود می‌دانم و آرزوی دیگرم این است که اگر خداوند شهادت را نصیب بنده گناهکار خود کرد، دوست دارم با بدنی پاره پاره به دیدار الله و ائمه معصومین به خصوص سیدالشهدا علیه السّلام بروم.
من راهم را آگاهانه انتخاب کردم و اگر وقتم را شبانهروز در اختیار این انقلاب گذاشتم، چون خود را بدهکار انقلاب و اسلام می‌دانم و انقلاب اسلامی گردن بنده حق زیادی داشت که امیدوارم توانسته باشم جزء کوچکی از آن را انجام داده باشم و مورد رضایت خداوند بوده باشد.
پدر و مادر و همسر و برادران و خواهران و آشنایانم مرا ببخشند و حلالم کنند و اگر نتوانستم حقی که بر گردن من داشتند ادا کنم، عذر می‌خواهم. برای پدر و مادر و خواهران و برادرانم از خداوند طلب صبر می‌نمایم و امیدوارم تقوا را پیشه خود قرار دهند.
از همسرم عذر می‌خواهم که نتوانستم حقش را ادا کنم و چه بسا او را اذیت فراوان کردم و از خداوند طلب اجر و رحمت برای او می‌کنم که در مدت زندگی صبر زیاد به خاطر خداوند انجام داد و رنج‌های فراوان کشید.
از تمام اقوام و آشنایان و دوستان طلب حلالیت و التماس دعا دارم؛ به علت وضعیت جنگ مدت سه سال که در جبهه بودم، نتوانستم امر واجب خدا یعنی روزه را انجام بدهم. همچنین در رابطه با خرید خانه به مبلغ 223 هزار تومان از علی تاجیک و 65 هزار تومان از حسین کاوکدو و 10 هزار تومان از حاج محمد علی دولابی قرض کردم و مبلغ 30 هزار تومان از همسرم که خانه برای همسرم است و موتورم را برای جبهه در نظر گرفتم.
والسلام
کاظم نجفی رستگار
ساعت 9 شب مورخ 3 اسفند 1362
شرق بصره (جفیر)»