ایده اولیه ساخت این موزه، در معاونت اجتماعی و فرهنگی شهرداری تهران شکل گرفت و بعد از آن به تأیید شهرداری تهران رسید. برنامه فیزیکی این پروژه آماده شد و با حضور مسئولان و سازمان‌هایی مانند ستاد کل نیرو‌های مسلح، بنیاد شهید، شورای اسلامی شهر تهران، شهرداری تهران و سازمان‌ها و افراد مرتبط دیگر، موضوعات به بحث گذاشته شد و جزئیات کار درآمد.عملیات اجرایی در سال1385 در بخش ساختمانی شروع شد و همزمان با اجرای عملیات ساختمانی، کار‌های محتوایی و مطالعاتی ما در بخش نرم افزاری انجام می‌شد. بعد از اینکه عملیات ساختمانی به سر‌انجام رسید، بخش محتوایی که موضوع بخش اصلی موزه بود به‌طور جدی شروع به‌کار کرد. سعی ما بر این بود که در بخش محتوایی از تمامی صاحب‌نظران و کارشناسانی که در عرصه دفاع‌مقدس نقش داشتند، استفاده کنیم. در باغ‌موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت که مجموعه‌ای عظیم، مجهز و بی‌نظیر است، بخش‌های مختلفی وجود دارد که بخش‌های اصلی آن عبارتند از: ساختمان اصلی موزه شامل هفت تالار و یک تالار به نام تالار پروانه‌ها؛ ساختمان‌های جانبی که تأسیسات مکانیکی و الکترونیکی بسیار پیشرفته‌ای در آنجا نصب شده، تجهیزات آبنما و دریاچه‌ای که در محوطه باغ‌موزه قرار دارد و 180هزار مترمربع فضای سبز و مسجد جامع خرمشهرکه مجموعه را مثال‌زدنی کرده است.
 
باغ راه
 
ابتدا و انتهای این مجموعه عظیم را باغ‌راهی به طول یک کیلومتر به هم متصل می‌کند. پیاده‌روی در این باغ‌راه که در حدفاصل ایستگاه‌ متروی شهید حقانی و شهید همت قرار دارد، حدود 15دقیقه طول می‌کشد. باغ‌راه موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت، در نقطه‌ای خوش آب‌و‌هوا از شهر تهران بنا شده و پوشش گیاهی آن به‌گونه‌ای انتخاب شده تا سرسبزی و طراوت خود را در تمام فصول حفظ کند. حدود 200گونه گیاهی مختلف، نمایشگاهی بی‌نظیر از طبیعت را در این مسیر یک‌کیلومتری تشکیل داده است.
 

باغ‌راه باغ‌موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت، براساس ویژگی‌های معماری باغ ایرانی طراحی شده است. جریان آب در طول مسیر باغ‌راه، عبور مسیرهای باغ‌راه از لابه‌لای گیاهان و ارتباط نزدیک عابران با طبیعت، وجود آب‌گیر بزرگ و طراحی پلکانی برای ایجاد منظر وسیع برای عابران، ازجمله ویژگی‌های باغ ایرانی است که در طراحی باغ‌راه موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت به‌کار رفته است.
 
مسیر ویژه جانبازان
 
به‌دلیل اینکه بخش عمده‌ای از مخاطبان این باغ موزه، جانباز هستند، سعی کردیم در طراحی قسمت‌های مختلف، علاوه بر رعایت مسائل فنی و عمرانی، مسیر راه‌ها و آسانسورها را به‌گونه‌ای طراحی کنیم که جانبازان دفاع‌مقدس بتوانند چه در محوطه و چه در سالن‌های اصلی به‌راحتی تردد کنند.
 
دریاچه آبنما
 
در طراحی اصلی باغ‌راه موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت، عناصر سیال، جذاب و بسیار شکوهمندی به‌کار گرفته شده است. یکی از مهم‌ترین بخش‌های باغ‌دره، دریاچه مصنوعی و آبنمای آن است که در بازدیدکنندگان احساس آرامش و سرزندگی ایجاد می‌کند. آبنمای دریاچه مصنوعی، مجموعه‌ای شامل صد فواره با چیدمانی به شکل دایره و به قطر 30متر است. این فواره‌ها دارای مجموعه‌ای از امکانات نورپردازی است که طیف کاملی از رنگ‌ها را برای هر فواره ایجاد می‌کند. زیبایی این فواره‌ها با نمایش آتش‌افشان‌هایی که در لابه‌لای آنها قرار دارد کامل‌تر می‌شود. از این دریاچه نزدیک دو سال است که در مناسبت‌های مختلف به‌خصوص اعیاد و ایام مرتبط به موضوع دفاع‌مقدس استفاده می‌شود. همچنین صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران در‌ماه مبارک رمضان به‌مدت 30شب در این منطقه برنامه اجرا کرد.
 

آبنمای دریاچه مصنوعی، آبنمایی واقعا بی‌نظیر با یک پرده آبی است که موضوعات دفاع‌مقدس روی این پرده آبی به نمایش گذاشته می‌شود. این پرده نمایش به شکل نیم دایره با ارتفاع 17متر و طول 40متر است که روی این پرده نمایش آبی، موضوعات مرتبط با باغ‌موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت به نمایش گذاشته می‌شوند یا در‌ماه مبارک رمضان اسماء‌الله روی این پرده به نمایش در می‌آیند. در هر صورت این پرده نمایش آبی فضای بسیار مناسبی برای نمایش عکس، فیلم و کلیپ است.بخش دیگری که در این دریاچه وجود دارد، 44دستگاه مه‌ساز است که همزمان با پخش برنامه‌های نمایشی تولید مه می‌کنند و جالب است بدانید که امکان انداختن متون لیزری روی این مه‌ها وجود دارد. این تصاویر لیزری می‌توانند در فاصله 20کیلومتری، یعنی در پای رشته کوه‌های البرز به نمایش در‌بیایند.
 
ساختمان های موزه دفاع مقدس
 
از محوطه که بگذریم، وارد ساختمان‌های موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت می‌شویم. ساختمان اصلی موزه، با زیربنایی بالغ بر 108هزار مترمربع و مطابق با آیین‌نامه‌های معتبر بین‌المللی احداث شده است. این بنا شامل تالارهای موزه، گالری، آمفی‌تئاتر، کتابخانه، فضاهای اداری و فضاهای تأسیساتی است.مجموعه باغ‌موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت، سه آمفی تئاتر دارد. آمفی تئاتر اصلی با ظرفیت 500نفر، دارای سیستم صوت و نورپردازی پیشرفته برای استفاده در نمایش تئاتر و برگزاری کنسرت و سمینار است. آمفی‌تئاتر دوم دارای 150صندلی است که امکان برگزاری سمینار و کارگاه‌های آموزشی را فراهم می‌کند. سومین آمفی‌تئاتر موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت، دارای 850نفر ظرفیت و در فضای باز بخش جنوبی موزه و در مجاورت مقبره شهدای دفاع‌مقدس و مقابل برج پرچم جمهوری اسلامی قرار گرفته است.

 
تالار پروانه ها
 
تالار پروانه‌ها به شهدای انقلاب و دفاع‌مقدس اختصاص دارد. در بخشی‌هایی از این تالار، نمایشگاهی شامل هزاران ویترین قرار دارد که یادگارهایی از هر یک از شهدای انقلاب و دفاع‌مقدس در آنها به نمایش گذاشته می‌شود. تندیس‌هایی از فرماندهان شهید در اندازه‌های واقعی، این اسطوره‌ها را به بازدیدکنندگان معرفی می‌کنند.
 

مسجدجامع خرمشهر
 
مسجد جامع خرمشهر، مظهر شکوهمند مقاومت ملت ایران در دوران دفاع‌مقدس است. شبیه‌سازی جز به جز مسجد جامع خرمشهر در باغ‌موزه دفاع‌مقدس و ترویج فرهنگ مقاومت، بهترین و کامل‌ترین راه برای یادآوری و تداعی استقامت رزمندگان اسلام در راه خداست. این مسجد که در مقیاس یک‌ به‌ یک و با همان شکل و مساحت واقعی ساخته شده، نمونه کاملی از مسجد خرمشهر در بازسازی‌های پس از دفاع‌مقدس است. علاوه بر این، سیستم نورپردازی ویژه‌ای برای مسجد طراحی شده که هنگام شب، ‌نمای آسیب‌ دیده مسجد را در دوران دفاع‌مقدس روی دیوارهای آن به نمایش می‌گذارد.