زماني كه عراق با هجوم به مرزهاي كشور شروع جنگ را به طور رسمي به همگان اعلام كرد، حجت‌الله 15 سال بيشتر نداشت. خيلي كوچك‌تر از آنكه بخواهد اسلحه در دست بگيرد و مقابل افسران آموزش‌ديده و با تجربه بعثي بجنگد. حجت كه در دوران مبارزات انقلابي با وجود سن كمش حضوري فعال داشت، با شروع جنگ عضو بسيج شد و در سال 61 به جبهه‌هاي غرب اعزام شد.
اين رزمنده آملي بيش از يك سال در جبهه‌هاي «كردستان» و در واحد اطلاعات و عمليات قرارگاه حمزه سيد الشهداء(ع) حضور داشت و پس از بازگشت از جبهه‌هاي غرب، عازم جبهه‌هاي جنوب شد و در گردان يا رسول‌اللّه(ص) از لشكر25 كربلا مشغول خدمت شد.
پس از مدتي به عضويت سپاه پاسداران انقلاب
اسلامي درآمد و در واحد اطلاعات و عمليات لشكر 25 كربلا مشغول و مسئوليت
تيم گشت و شناسايي شد. حجت‌الله در مسائل نظامي هميشه با نيروهاي خود مشورت
مي‌كرد و در آموزش استاد بود و با تسلط مسائل اطلاعات و عمليات را به
نيروها تدريس مي‌كرد. در واحد اطلاعات عمليات ابتكار زيادي داشت و در
نقشه‌خواني و كاربرد قطب‌نما كسي مثل او در لشكر 25 كربلا وجود نداشت. يكي
از همرزمان شهيد در خاطره‌اي از شهيد نعيمي مي‌گويد: «حجت‌الله به آيه
«وجعلنا من بين ايديهم سداً و من خلفهم سداً» اعتقاد كامل داشت و قبل از هر
عمليات شناسايي سفارش مي‌كرد كه براي كور شدن چشمان دشمن اين آيه را
بخوانيم. روزي در هورالعظيم در گشت و شناسايي وارد آبراهي شديم كه براي ما
آشنا نبود و حتي حجت هم آنجا را نمي‌شناخت. هوا روشن بود و ما آرام آرام در
اين آبراه به جلو مي‌رفتيم. ناگهان از 20 متري سنگر كمين عراقي‌ها سر در
آورديم و ديگر نتوانستيم حركت كنيم. همانجا بدون حركت ايستاديم چون اگر
حركتي مي‌كرديم متوجه موقعيت ما مي‌شدند. حجت به نيروها توصيه كرد آيه
وجعلنا را آرام تلاوت كنند. بعد از تلاوت اين آيه شريفه بدون اينكه نيروهاي
دشمن متوجه حضور ما شوند از منطقه دور شديم.»
شهيد نعيمي پس از عمليات كربلاي يك به عنوان مسئول اطلاعات و عمليات محور يك لشكر 25 كربلا منصوب شد و بعد از شهادت سردار طوسي، مسئوليت محور 2 اطلاعات و فرماندهي اطلاعات و عمليات لشكر 25 را پذيرفت و به دنبال آن در عمليات والفجر10 مسئوليت كل شناسايي را به عهده گرفت.
حجت‌الله در بهار 1367 به فكر مقدمات برگزاري مراسم ازدواج بود كه از وي خواستند در اسرع وقت خود را به منطقه جنگي برساند. دشمن شروع به تك‌هاي سنگين در جبهه‌ها كرده بود و شهيد نعيمي هنگام حملات سنگين دشمن در مناطق شلمچه و جزيره مجنون حضور داشت. شهيد نعيمي 15 روز قبل از پذيرش قطعنامه 598 از سوي ايران در جزيره مجنون با دشمن بعثي مشغول نبرد بود كه دشمن اين منطقه را با گلوله‌هاي شيميايي آلوده كرد.
در فيلمي كه از سوي كويت به ايران ارسال شد، نشان مي‌داد حجت در عقبه جزيره مجنون به اسارت دشمن در آمده است. بعثي‌ها بعدها او را در همان عقبه جزيره مجنون به شهادت رساندند. پيكر او نيز سال‌ها در مناطق عملياتي باقي ماند تا اينكه توسط گروه تفحص شهدا در عقبه جزيره مجنون شناسايي شد و به زادگاهش «آمل» انتقال يافت. به دليل گمنامي شهيد، پيكر حجت‌الله غريبانه تشييع و به خاك سپرده شد.
پدر همسر شهيد نعيمي، شهيدحاج عزيز الله باقري در عمليات كربلاي يك در هورالعظيم به شهادت مي‌رسد و مفقودالاثر مي‌شود و همسر شهيد نعيمي پس از مفقود‌الاثري همسرش نامه‌اي جانسوز مي‌نويسد: «حجت عزيز! حالا ديگر جنگ تمام شده است، تعدادي از همرزمانت كه با تو بر خاك‌هاي جنوب به سجده عشق، پيشاني ساييده بودند از سفر بازگشتند اما گويا تقدير آن است كه من، هم همسر مفقودالاثر بمانم و هم دختر مفقودالاثر! خيلي‌ها با دو چشمان خود انتظار يك نفر را مي‌كشند اما من با دو چشمانم كه حالا ديگر اشكي برايش نمانده انتظار دو نفر را مي‌كشم. يعني بابا و تو...!»
