با این حال بلافاصله پس از آغاز به کار کمیسیون و رای‌گیری درون کمیسیونی و انتخاب هیأت رئیسه، و مشخص شدن جدیت کار این کمیسیون، بلافاصله مخالفت‌های شکل‌یافته با این کمیسیون جدی و جدی‌تر شد.

نقوی حسینی سخنگوی کمیسیون معتقد است: مشخصاً بهترین و ساده‌ترین شیوه در مباحث مربوط به عملیات روانی برای بی‌اثر کردن گفته‌ها و مواضع یک فرد یا نهاد، از بیخ‌ کندن اعتبار آن فرد و نهاد است تا از آن پس هرچه از او ساطع و صادر شد، از همان نطفه "غیرمعتبر" و "بی‌اثر" باشد.  همین شیوه به سرعت در دستور کار برخی رسانه‌ها و سیاسیون قرار گرفت تا پیش از آنکه کار به بررسی کارشناسی جلسات و خروجی‌های کمیسیون ویژه برسد، خود کمیسیون از اعتبار ساقط گردد. برای این منظور در وهله اول، اعتبارزدایی از رئیس کمیسیون و متهم سازی کمیسیون ویژه بررسی برجام به سیاسی‌کاری و جناح‌بازی(در حالی که بخش مهمی از اعضای کمیسیون را حامیان دولت و اصلاح‌طلبان تشکیل می‌دهند) به عنوان اولین تاکتیک در دستور کار قرار گرفت. هجمه به علیرضا زاکانی رئیس کمیسیون، به بهانه عدم پذیرش مناظره با بعیدی‌نژاد معاون وزارت خارجه در گفت‌وگوی ویژه خبری، اولین گام در راستای اعمال این تاکتیک بود.

البته علیرضا زاکانی در این باره توضیح داد که "مجلس فراخور وظیفه قانونی خود در حال بررسی کارشناسی است و در مقام داوری قرار دارد لذا مناظره با هر فردی و در هر جایگاهی خلاف کار دقیق و یک پیش داوری از قبل می باشد که با کار کارشناسی و متقن منافات دارد. همچنین توجه به شان مجلس شورای اسلامی و موضع رسیدگی با فراصت و قاطعیت به موضوع برجام علت دیگری بود که با مناظره مسئول این کمیسیون در مجلس با مسئول کارشناسی تیم مذاکره کننده اشتباه بزرگی می‌نمود که تضعیف مجلس و کمیسیون بررسی برجام، نتایج و دستاوردها آن را در برداشت که از آن پرهیز شد." 

همچنین، نبویان عضو دیگر کمیسیون و از منتقدان جدی جمع‌بندی وین نیز با حمایت از این اقدام رئیس کمیسیون تاکید کرد که این عدم مناظره به دلیل پایبندی ایشان به مصوبه کمیسیون صورت گرفته است و اگر مسئولان وزارت خارجه و حامیان توافق وین مناظره دلشان می‌خواهد، افراد زیادی هستند که حاضرند در صداوسیما با آنها مناظره  کنند و اتفاقاً این مسئله یکی از مطالبات جدی منتقدان روند مذاکرات طی 23 ماه گذشته از مسئولان صداوسیما بوده است.

با این حال نقوی حسینی درباره علت عدم توقف هجمه‌ها به کمیسیون پس از توضیحات زاکانی، معقتد است: این توضیحات و دفاعیات راه را بر هجمه‌ها به زاکانی نبست، چرا که اساساً دلیل هجمه‌ها، برگزار نشدن یک مناظره نبود، بلکه شکل‌دهی یک دوقطبی کاذب درباره کمیسیون بررسی برجام و اعتبارزدایی از این کمیسیون دستور کار اصلی بود. چه آنکه مدافعان همین مناظره پیش از این و پس از تفاهم لوزان، به شدت از صداوسیما بابت تریبون دادن به برخی منتقدان تفاهم لوزان در برنامه‌های مناظره شبکه خبر و شبکه اول انتقاد می‌کردند. 

اما بلافاصله پس از چند روز از گذشت انتقادات رسانه‌های دولتی و اصلاح‌طلب به زاکانی، برجسته‌کردن حضور سعید جلیلی در کمیسیون ویژه بررسی برجام، به بحث محوری همین رسانه‌ها تبدیل شده است.

کوثری، دیگر عضو کمیسیون ویژه بررسی برجام در این باره به خبرنگار تسنیم می‌گوید: برجسته‌سازی بیش از حد حضور جلیلی در کمیسیون ویژه بررسی برجام و راه‌اندازی موج رسانه‌ای علیه وی توسط اصلاح‌طلبان، در طول همان اقداماتی است که ابتدا علیه آقای زاکانی انجام گرفت. هر دوی این شگردهای رسانه‌ای بیش از یک هدف مشخص را دنبال نمی‌کند و آن حاشیه‌سازی برای کمیسیون به منظور جلوگیری از بررسی دقیق و کارشناسی آن در کمیسیون و همچنین کاهش ضریب نفوذ خروجی این کمیسیون است.

وی می‌گوید: این رسانه‌ها با برجسته‌کردن حضور جلیلی و هجمه به وی قصد دارند، بار دیگر دوقطبی انتخابات 92 را بازسازی کنند. در این تاکتیک بار دیگر قصد دارند دوقطبی حقیقی توافق خوب-توافق بد را با دوقطبی‌های جعلی افراط-تعامل، توافق-عدم توافق، جنگ طلب-صلح‌طلب و ... جایگزین کنند.

کوثری تاکید کرد: این بزرگترین جفا به مردم و نظام است که برخی قصد دارند با چنین اقدامات روانی، مردم را از دانستن نقاط ضعف و قوت برجام محروم ساخته و آنان را در بی‌اطلاعی نسبت به آنچه در مذاکرات هسته‌ای رخ داده نگهدارند.