خودش را از جنگنده به بیرون پرتاب کرد ولی زنده به دست نیروهای بعثی افتاد. او را به اسارت گرفتند. صدام که از او و خلبانهای ما کینهی سختی داشت دستور داد سید علی را به طرز فجیعی به شهادت برسانند.
نیروهای بعثی هر دو پای او را به تانک بستند. او را از وسط به دو نیم کردند. دژخیمان بعثی به همین هم اکتفا نکردند. صدام دستور داد نصف بدن او را در دروازه نینوا و نصف دیگر آن را در موصل دفن کنند.
دو سال پس از جنگ نیمی از پیکر او را در موصل پیدا میکنند و از مرز قصر شیرین با تجلیل و به آغوش وطن باز میگردانند و پیکر مطهرش در جوار شهید سپهبد امیر صیاد شیرازی آرام میگیرد.