در جزیره مجنون همگام و همراه با سایر همرزمان خود با دشمن بعثی وارد کارزار شد. تا اینکه در نهایت سال66 در اثر اصابت گلوله به پیشانی و ترکش خمپاره از ناحیه مغز و دست و پا دچار جراحت شدیدی شد و به درجه شهادت رسید.
مأموریت ناممکن
یکی از همرزمان رضا درباره نحوه شهادت رضا توضیح میدهد: «ما در قالب یک واحد غواصی داخل نیزار بودیم و قرار شد موقعیت دشمن را شناسایی کنیم. در این شرایط پر خطر باید یک نفر از گروه خارج میشد تا مأموریت سِری را انجام میداد. این درحالی بود که فرماندهان درصد بازگشت از این مأموریت را بسیار کم ارزیابی کرده بودند و یادآوری کرده بودند که هر فردی برای شناسایی برود حتما شهید خواهد شد. اما در این شرایط رضا آمادگی خود را اعلام کرد. اما در جریان کار شناسایی او سر خود را بلند میکند تا مقر دشمن را شناسایی کند که تیری به پیشانی او میخورد. و وقتی پیکر بیجان او را به کنار رودخانه منتقل میکنند گلوله خمپارهای هم کنار او منفجر میشود و بدنش را تکه تکه میکند.»
مادر رضا روایت میکند:«سه تا برادرانش در جبهه بودند، رضا هم میخواست برود. من نگذاشتم و گفتم : بگذار برادرانت بیایند بعد تو برو. گفت: امام خمینی گفتهاند که سربازهای من توی گهوارهاند و همانهایی که توی گهواره بودند ما بودیم که حالا بزرگ شده ایم، ما باید برویم.»
همچنین برادر شهید مظفری درباره فعالیتهخای ورزشی رضا میگوید: « برادرم عضو تیم فوتبال بود و به باشگاه میرفت. به ورزشهای رزمی علاقه داشت و در بجنورد کار میکرد.میگفت که من خواب شهادتم را دیدهام. به او گفتم: خوابت را برایم تعریف کن و او گفت: در خواب دیدم یک کبوتر زخمی آمد و روی شانهام نشست. دست انداختم تا او را بگیرم. پایش را گرفتم اما پایش جدا شد و فرار کرد. دوباره در هوا پر زد. دستم به بالش خورد و بالش جدا شد. باز دوباره پرواز کرد تا اینکه دستم هربار به قسمتی از بدن کبوتر خورد و کنده شد .در نهایت برادرم همان طوری که خواب دیده بود شهید شد. در حال حاضر عکسهایش موجود است. نصف پا، ساعد دست، قلب و شکم از سر تا پا تکه تکه شدهاند. وقتی جسد شهید را برایمان آوردند بدنش تکه تکه بود. در آخرین دیدار گفته بود به شما قول میدهم که دو تا پانزده روز از رفتنم طول نمیکشد که شهید میشوم.همین طور هم شد.»