به گزارش مشرق، در پی درگذشت ابراهیم یزدی دبیرکل نهضت منحله آزادی و بررسی نقش و جایگاه این تشکل، ما در سلسله گزارش‌هایی به شرح مستند و تبیین برخی مقاطع زندگی سیاسی ابراهیم یزدی(1396-1310) می‌پردازد که از بخش‌های مختلف دوره دوجلدی کتاب «خط سازش؛ سرشت و سرگذشت نهضت آزادی ایران» به قلم مجتبی سلطانی، استخراج و اقتباس شده است.
تحریک تقابل منتظری با امام
افزایش ارتباطات آشکار و پنهان برخی از سران نهضت آزادی با آیت الله منتظری، و ظهور تدریجی همگرایی تحلیلی و موضع‌گیری‌های آنان، هویت و اعتبار سیاسی قائم‌مقام رهبری را در معرض تضعیف و تهدید گذارده بود. به ویژه آن که این همگرایی در مسیر تقارب با جهت گیری براندازانه و خطرناک سازمان تروریستی مجاهدین خلق قرار داشت و عملاً چشم انداز آینده رهبری کشور را با منافع ملی و امنیت کشور در حال جنگ، متعارض می‌ساخت.
دکتر یزدی اذعان می کند که از اواسط دهه 60 شمسی، همه جناح‌های اصلی درون حاکمیت در باره نهضت آزادی و آقای منتظری، نگرانی جدی داشتند: «از طریق صحبت های بعضی افراد که در داخل حاکمیت بودند، مطلع شدیم که دو نگرانی عمده داشتند. خصوصاً برای بعد از امام. یک نگرانی از جریان نهضت آزادی و یکی هم از آقای منتظری بود.»
عبدالحسین هراتی آن‌چنان که خودش گفته، از سال 1364 تا 1367 رابط دکتر یزدی و مهندس بازرگان با آیت الله منتظری بوده است. او از دوران تحصیل در آمریکا، از دست پروردگان و شیفتگان دکتر یزدی بود و در حلقه محارم وی قرار داشت. عقاید افراطی و مواضع تند و بی پروایش علیه امام خمینی و نیروهای خط امام، ترجمان حال و هوای محافل درون گروهی و خصوصی نهضتی‌ها بود. همان محافلی که به تعبیر حجت‌الاسلام سید احمد خمینی، در آنها: «متلک و فحش و ناسزا به امام، کار رایج این از خدا بی خبران بود...اینها دل امام راحلمان را خون کرده اند.»
هراتی که به سال 1393 با دفتر رییس وقت مجمع تشخیص مصلحت نظام همکاری می کرد، و به ریاست اداره کل اسناد و مدارک دانشگاه آزاد اسلامی رسیده بود، 29 خرداد ماه همان سال بازداشت شد. او چهار سال پیش از آن به عنوان یک فعال آشوب‌های جنبش سبز، در نامه ای سرگشاده به مهدی کروبی، دهه 60 را «تونل وحشت تاریخ معاصر ایران» خواند و با اهانت های بسیار زشت و زننده به امام خمینی، از اینکه او و میرحسین موسوی در سخنان خود هنوز از ایشان یاد می کردند، به شدت انتقاد کرد.
هراتی گفته است: «سال 68 بود و منتظری به تازگی از قائم‌مقامی رهبری حذف شده بود. شرایط برای دوستان و کسانی که با ایشان ارتباطی داشتند بسیار سنگین و ترسناک بود... به دکتر یزدی گفتم به قم می روم برای دیدن آقا و نمی دانم بازخواهم گشت یا نه. دکتر یزدی گفت: برو و به ایشان بگو که دوستش داریم و تا به آخر با او و پای او ایستاده‌ایم. این آخرین پیامی بود که قرار بود من از طرف او به آقای منتظری بدهم و نتوانستم.»
به تعبیر مهدی نوربخش عضو مرکزیت نهضت آزادی و داماد بزرگ آقای یزدی: «پس از اشغال سفارت و استعفای مرحوم بازرگان..یزدی هرگز از همراهی بازرگان کنار نرفت و تا پایان به بازرگان وفادار ماند. او با تمام نیروهای معتقد به این مسیر، از جمله آیت الله منتظری و بسیاری دیگر، ارتباط خوبی برقرار کرد و راه مصدق و بازرگان را ادامه داد.»
دکتر یزدی در شهریور 1395 برای اولین‌بار قدری شفاف و البته به شیوه مألوف خود با غلو و اغراق، از سابقه روابط خود با آیت‌الله منتظری سخن گفت: «وقتی که آقای منتظری امام جمعه شد، ایشان به من گفت شما باید این کار [یادداشت برداری مسائل سیاسی طول هفته] را برای من انجام بدهید، گفتم ایراد ندارد. به همین دلیل پنج شنبه هر هفته همدیگر را می‌دیدیم و من مطالب را می‌گفتم و ایشان یادداشت می‌کرد. زمانی هم که قائم‌مقام [رهبری] بودند، بسیار با ایشان در تماس بودم... هر هفته نبود، ولی حدوداً هفته‌ای یکبار برگزار می‌شد... وقتی از قائم‌مقامی نیز عزل شدند، ما باز هم با هم ارتباط داشتیم...ما تقریباً در تمام مراحل، با ایشان رابطه داشتیم، چه قبل و چه بعد از سمت قائم مقامی... [آقای منتظری] به تفسیر و تحلیل‌های سیاسی ما اعتقاد داشتند. با گذشت زمان، ارتباط ما بیشتر و عمیق‌تر شد.»
یکی از مرتبطین و نزدیکان قدیمی آیت‌الله منتظری در این باره به نقل از وی، چنین گفته است: «ایشان می‌گفت نهضت آزادی و... تفکر خودشان را دارند و من به تفکرشان کار ندارم. آنها اینجا می‌آیند و درد دل می‌کنند. آنها روی من تأثیری نمی‌گذارند.»
اما امام خمینی در جلسات خصوصی و سپس در بیانیه‌های خود در اواخر سال 1367، از آیت‌الله منتظری به علت تکرار تحلیل‌های غلط و انحرافی نهضت آزادی انتقادهای شدید کرد. و از جمله به وی توصیه نمود برای جلب رضایت لیبرال‌ها نباید از مواضع اصولی عدول کرد، یادآوری کرد کشور هنوز چوب اعتماد به لیبرال‌ها را می‌خورد، و تأکید نمود باید با آنانی که اسناد همکاری‌شان با آمریکا از لانه جاسوسی به دست آمد دشمنی داشت. ایشان تأکید کرد: «کسانی که از منافقین و لیبرال‌ها دفاع می‌کنند، پیش ملت عزیز و شهیدداده ما راهی ندارند.» امام در فروردین 1368، واقعیت پیوند عمیق آقای منتظری با لیبرال‌ها را خطاب به وی چنین ذکر نمود: «از آنجا که روشن شده است که شما این کشور و انقلاب عزیز مردم مسلمان ایران را پس از من، به دست لیبرال‌ها و از کانال آنها به منافقین می‌سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌اید. شما در اکثر نامه‌ها و صحبت‌ها و موضع-گیری‌هایتان نشان دادید که معتقدید لیبرال‌ها و منافقین باید بر کشور حکومت کنند.»
گفتنی است که دکتر یزدی تأیید کرد که آقای منتظری نامه‌های خصوصی امام را برای وی خوانده بود. در مصاحبه شهریور 95، خبرنگار می‌پرسد: «آیا این روایت صحیح است که آیت‌الله منتظری در جریان جلساتی که با شما داشت، متن نامه‌های خصوصی را که امام برای ایشان نوشته بود، در این جلسات برایتان می‌خواند؟»
یزدی: «بله، در یکی دو مورد این اتفاق افتاد.»
در مصاحبه دیگری به سال 1393، یزدی گفته بود: «بعد از عملیات معروف به مرصاد... در سفری به قم در دیداری که با ایشان داشتم، ایشان مکاتبات [بین خود و امام] را دادند به من خواندم.»
آیت‌الله منتظری در اردیبهشت 1368 گفت: «آقایان نهضت آزادی دو سه مرتبه به خانه ما آمدند، اولاً این آخرها نبوده و خیلی سابق بوده ... آقای مهندس بازرگان حدود یک سال و نیم پیش یک دفعه آمده خانه ما، دکتر یزدی هم یا دو بار یا سه بار آمده، همه صحبتشان هم راجع به اینکه جای حزبشان را گرفتند و روزنامه میزان‌شان توقیف است و مزاحمشان شده اند و... شکایت آورده بودند. همه اصلاً راجع به این بوده. هیچ وقت اینها منبع فکری من نبوده اند، بیت من در اختیار اینها نبوده.»
همچنین آیت‌الله منتظری در نامه‌ای به امام خمینی، نوشت: «من از همان اول مبارزات که به رهبری حضرتعالی شروع شد صادقانه همچون سربازی فداکار انجام وظیفه میکردم... کانال اطلاعاتی من نه منافقین بودند و نه لیبرال‌ها... بیت من نه در اختیار منافقین بوده است و نه اینکه لیبرال‌ها آنجا صف کشیده بودند... اینجانب شرعاً نظر حضرتعالی را بر نظر خود مقدم میدانم.»
مع‌الوصف، ایشان نظر امام خمینی را که طی دو نامه آخر، به وی توصیه کرده بود که به روابط با لیبرال‌ها و مخالفین نظام پایان دهد و از مداخله در امور سیاسی پرهیز کند، رعایت نکرد و بر خلاف قول خویش به امام، مدتی پس از رحلت ایشان به مرور وارد مراودات و اقدامات سیاسی شد که یک ضلع اصلی آن با روابط و مشاوره‌های دکتر یزدی، شکل گرفته بود.
نهضت آزادی با گسترش روابط علنی خود با آقای منتظری از میانه دهه هفتاد به بعد، وی را به عنوان مرجع دینی و سیاسی خود تبلیغ و ترویج می‌کرد، آقای منتظری نیز چند بار از نهضت آزادی اعلام حمایت کرد، از جمله در دی ماه 84 گفت: «نهضت آزادی حزبی است که استوار و با ثبات در دفاع از اسلام و مبارزه با دیکتاتوری و استبداد ایستادگی کرده است.» در درگیری‌های جناحی و انتخاباتی، سوژه‌سازی‌های حقوق بشری و دعاوی استبداد دینی، سیاسی و انحراف انقلاب، و تنش‌آفرینی‌های سیاسی و اجتماعی به ویژه طی سال‌های 1378 و 1388، همواره نهضت آزادی می‌کوشید از نام و مواضع آقای منتظری برای تضعیف رهبری نظام استفاده کند، و به اندازه توان خویش روابط خود با محافل و رسانه‌های غربی را در اختیار وی قرار می‌داد. ده روز پیش از فوت آقای منتظری در آذر 1388، و در اوج فتنه‌آشوب پسا انتخابات، دکتر یزدی در منزل وی، از سوی کانون غربگرای مدافعان حقوق بشر، تندیس تلاش‌گر حقوق بشر را به وی اهدا کرد.
آقای یزدی که به دفعات در نوشته‌ها و گفته‌های شخصی و حزبی خود، ایرادها و اتهامات گاه تند و زننده‌ای در باره آراء و عملکرد امام خمینی ابراز نموده است، در ریشه‌یابی اختلاف با ایشان، با نامیدن جناح متبوع خویش به روشنفکران، چنین گفته است: «اختلاف میان روشنفکران با آقای [امام] خمینی پس از انقلاب، علل و دلایل گوناگونی دارد... قرائت روشنفکران دینی از اسلام و ارزش‌های دینی با قرائت بسیاری از روحانیان از جمله آقای [امام] خمینی تفاوت‌های اساسی دارد... روشنفکران دینی و روحانیان درباره سرنگونی رژیم وابسته شاه، با هم توافق داشتند، اما درباره نظام جایگزین و ویژگی‌های سیاسی، فرهنگی، اقتصادی و اجتماعی آن، با هم هماهنگی نداشتند.»
دکتر یزدی طی مصاحبه‌ای در سال 83، دیدگاه بارها گفته شده خود مبنی بر عدم موفقیت امام خمینی در رهبری نظام جمهوری اسلامی را اینگونه بیان کرد: «به نظر من آقای [امام] خمینی از یک جهت موفق و از جهتی ناموفق بودند. حرکت ضد استبدادی ایشان علیه استکبار سلطنتی، موفق بوده است، اما در جهت ساختن یک جامعه آزاد نمونه و الگو، ایشان موفق نبودند.»
پژوهشگری به درستی، در مورد تعمد آقای یزدی و سران نهضت آزادی به عدم کاربرد عناوین حوزوی آیت‌الله و امام، هنگام ذکر نام امام خمینی، چنین نوشته است: «آقای دکتر یزدی و به طور کلی نهضت آزادی با به فراموشی سپردن تعابیری که در مورد مراتب علمی و فقاهتی و دیگر ابعاد شخصیتی امام به کار می‌گرفتند (که در تاریخ ثبت است) بلافاصله از زمانی که برخی عملکردهایشان موجب شد تا دیگر شایسته اعتماد رهبری انقلاب و مردم نباشند، حتی شأن حوزوی امام را نیز نادیده گرفتند. این در حالی است که شخصیت‌هایی چون آقای مهدی حائری یزدی با همه اختلافاتشان، با صراحت بر برتر بودن مراتب علمی امام در همه زمینه‌ها اذعان دارند. عملکرد آقای یزدی و دوستانشان که به صورت سازمانی تصمیم گرفته‌اند عنوان [امام] و آیت‌الله را در مورد امام به کار نبرند مثل آن است که حزبی با تأسی به این شیوه‌ها به دلیل برخی خطاهایی که بر آقای یزدی وارد می‌داند تصمیم بگیرد تحصیلات دانشگاهی ایشان را نادیده بگیرد و وی را از عنوان دکتر محروم سازد.»
سخت‌ترین دوران
دکتر یزدی ضمن شرحی از تلاش‌های نهضت آزادی برای راه یافتن مجدد به عرصه قدرت سیاسی چنین گفته است: «در سال 64 آقای بازرگان را کاندیدا کردیم...صلاحیت مهندس بازرگان را شورای نگهبان رد کرد...فشار بر نهضتی ها همچنان ادامه داشت... در سال67...تهاجم جدیدی علیه نهضت آغاز شد و جمعی از رهبران و فعالان نهضت را گرفتند.»
در آستانه انتخابات ریاست جمهوری سال 68، دکتر یزدی در مصاحبة مفصّلی با بی بی سی، مواضع و ادعاهای نهضت آزادی مبنی بر نبود آزادی سیاسی را در میان گذارد: «از محدودیت علیه نهضت آزادی کاسته نشده است. دفتر نهضت همچنان بسته است...حقوق و آزادی‌های اساسی ملت مصرّحه در قانون اساسی رعایت نمی‌شود...»
به گفته دکتر یزدی، سخت‌ترین دوران نهضت آزادی در راه بود: «در نیمه سال 68...آقای هاشمی رفسنجانی رییس جمهوری شد...نامه ای با امضای نودوچند نفر خطاب به آقای هاشمی نوشته شد...مطالبه اجرای قانون اساسی در این نامه سرگشاده منجر به بازداشت 23 نفر از امضاکنندگان، از جمله بسیاری از فعالان نهضت آزادی در اوایل سال 69 شد...دوستان ما را دو سال نگه داشتند... دوران ریاست جمهوری آقای هاشمی، سخت‌ترین دوره برای نهضت آزادی بود. بیش از هر زمان، در این دوران بر نهضت در تهران و شهرستان‌ها فشار وارد آوردند...نهضت تصمیم گرفت داوطلبانه به قول خود ما فتیله را بکشد پایین...در حالی که شکل سازمانی نهضت در حال تغییر از یک محفل بسته سیاسی به یک حزب بود، مجدداً به شکل محفل درآمد. این وضعیت تا فوت مرحوم مهندس بازرگان ادامه یافت.»
نامه مذکور «به ابتکار جمعیت دفاع از آزادی و حاکمیت ملت ایران تهیه و منتشر شد.» به نوشته بهبهانی از مؤسسان، این جمعیت «در سال 1364 با شرکت عده ای از اعضای نهضت آزادی و جبهه ملی و گروهی از منفردین تشکیل شد و در سال 1369 با دستگیری وسیعی از فعالان جمعیت ، عملاً از کار افتاد.»
نامه نود امضایی مذکور را مهندس بازرگان، دکتر سحابی، دکتر یزدی، و جمعی از اعضا و همفکران نهضت آزادی و جبهه ملی امضا کرده بودند. دکتر یزدی و سایر سران اصلی نهضت، و قریب 70 تن از آنان، بازداشت نشدند. سه ماه پس از انتشار آن نامه، افرادی مانند عزت الله سحابی، اردلان، عبدالعلی بازرگان، محمد توسلی، صباغیان، منصوریان و بهبهانی بازداشت شدند. و بر خلاف گفته یزدی مدت بازداشت همه آنها نه دو سال، بلکه 14 نفرحداکثر شش ماه، طول کشید و 9 نفر هم پس از محاکمه به حبس شش ماه تا سه سال، محکوم شدند. مهندس سحابی بعدها در خاطرات خود گفت: «متن نامه آنان مورد تأیید بنده نبود ولی به دلیل احترامی که برای مهندس بازرگان قائل بودم و برای نرنجاندن خاطر پدرم و ایشان، آن را امضا نمودم...من می‌بایست پاسخگوی کلماتی می‌بودم که خود قبول نداشتم.»
در همان زمان، آقای هاشمی رفسنجانی در مصاحبه با لوموند گفت: «لیبرال‌هایی که اخیراً دستگیر شده-اند کسانی بوده‌اند که ماهیت جاسوسی پیدا کرده‌اند و از آمریکا دستور می‌گرفته‌اند.» بعضی از متهمان مزبور در مصاحبه های تلویزیونی به ارتباطات غیرقانونی با عوامل آمریکا تصریح کردند، ولی سال ها بعد گفتند و نوشتند که: «بر اثر فشارها اقرارهایی کردیم که صحت نداشت.»
حجت الاسلام هاشمی در سال 78، تأکید کرد: «بازداشت‌ها اگر مربوط به نامه می‌شده کار نادرستی بوده...بعید است مربوط به نامه باشد.» گفتنی است که بنا بر اخبار رسمی، اظهارات و خاطرات منتشرشده متهمین، فقط یکی از موارد اتهامی دستگیرشدگان، نشر اکاذیب و توهین به مسئولان بود که یک مصداق آن مشارکت در تهیه و انتشار نامه مزبور بود، ولی اتهامات اصلی محاکمه شدگان، ارتباط با بیگانگان و اقدامات ضد امنیتی بوده است. یک استدلال مسئولان ذیربط آن زمان این بود که اگر نامه مزبور، اتهام اصلی بازداشتی‌ها می‌بود، بایستی همه یا اکثر 90 نفر امضاکنندگان تحت پیگرد قرار می گرفتند، نه فقط 23 نفر از آنان. ضمناً خاطرات برخی از افراد مزبور نشان می‌دهد که در دوران بازداشت و محاکمه، بسیاری از سؤالات در باره مسافرت به آمریکا و تماس‌های آنان با مقامات آمریکایی بوده است.
اما در خاطرات مورخ 26 اردیبهشت 69، حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی چنین نوشته است: «به آقای [علی] فلاحیان [وزیر اطلاعات] گفتم مسایل نامه سرگشاده لیبرال‌ها را به صورت قانونی و بدون افراط بررسی کند.» و در خاطرات 26 آبان 69 : «از وزارت اطلاعات و دادستانی انقلاب آمدند. در باره آزادی و محاکمه اعضای نهضت آزادی مذاکره شد. قرار شد به تدریج آزاد شوند. تأکید بر عدم فشار بر مردم و مدارا با متخلفان کردم. تاکنون سه نفر را آزاد کرده اند.»
دکتر یزدی در تابستان 94 طی مصاحبه‌ای با یکی از نشریات حزب کارگزاران سازندگی، گفت: «شما ببینید در زمان ریاست جمهوری آقای هاشمی با ما چه کردند... آقای هاشمی اشتباه‌های بزرگی داشته است. یا نوع عملکرد ایشان در مقام ریاست مجلس اول... در مجلس اول، اصولاً برای نهضت آزادی حق حیات قائل نبودند... به شدت با ما مخالف بود، ایشان رییس مجلس است، عده‌ای یک نماینده را کتک می-زنند و ایشان یک لبخند ملیحی که مخصوص شخص ایشان است، نشان می‌دهند. این خیلی بد بود...روزی دیدم یک نامه‌ای که به نام من به مجلس شورای اسلامی آمده، باز شده بود...ما فهمیدیم نامه‌های ما را کنترل می‌کرده‌اند. بعد آقای هاشمی در خاطرات خود می‌گوید نامه مشکوکی برای ابراهیم یزدی از عربستان آمده بود... سؤال من از آقای هاشمی این است که آیا این اقدامات درست بود؟ شما قبل از هر چیز باید اخلاق اجتماعی را رعایت می‌کردید. مرا که با هم سوابقی هم داشتیم، صدا می‌کردید و می-پرسیدید فلانی، این نامه چیست؟ شما به جای این کار، نامه را گرفتید، غیاباً هم حکم کردید که من(یزدی) روابط مشکوکی دارم... این موارد و ده‌ها مورد دیگر را که به یاد بیاوریم، به این نتیجه می‌رسیم که آقای هاشمی در دوران طولانی مسئولیت خود، در قبال مخالفان و منتقدان، بد عمل کرد... البته ما نمی‌خواهیم الآن آقای هاشمی را به خاطر اتفاقات سال‌ها قبل ملامت کنیم.»
به رغم تأکید دکتر یزدی بر توصیف دوران دولت آقای هاشمی به عنوان سخت ترین دوران نهضت، مع‌الوصف از تابستان 1370 تغییراتی در روابط این گروه و دولت وقت، شکل گرفت. حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی در خاطرات روز 14تیر70 چنین نوشته است: «پیامی از سوی بعضی از افراد نهضت آزادی در خصوص تأیید سیاست های دولت و آمادگی برای تأیید رسید.»
در همان مقطع زمانی از جلسات داخلی نهضت آزادی این خبر نیز در بعضی محافل سیاسی مطرح شد که مهندس بازرگان چند بار به سران گروه خود تأکید کرده بود که دیگر نباید با دولت آقای هاشمی مخالفت کرد زیرا بسیاری از آن‌چیزهایی را که ما در سیاست داخلی و خارجی می‌خواستیم، وی در حال پیگیری و عملی‌ساختن آنهاست. اما جناح چپ دولت، یکی از موانع بهبود علنی روابط دولت با این گروه بود. طبق خاطرات حجت‌الاسلام هاشمی در 5 اسفند70 : «آقای [عبدالله] نوری [وزیر کشور] آمد، در مورد تقاضای رسمیت نهضت آزادی به عنوان حزب گفت که نامه امام با صراحت، آن را ممنوع کرده است و راهی برای تأییدشان نیست.»
البته همانگونه که دکتر یزدی گفته، فتیله نهضت آزادی در دور اول ریاست جمهوری آقای هاشمی همچنان پایین‌کشیده، ماند. به تدریج از سال 1371 روابط غیررسمی و پنهان برخی از مقامات دولت وقت و سران نهضت، دوستانه‌تر شد. و نهضت آزادی تا زمان درگذشت مهندس بازرگان در زمستان 73، آشکارا از تقابل با دولت آقای هاشمی خودداری می کرد. با این وجود، در سطح رسانه ای و علنی، دولت آقای هاشمی و قوه قضاییه هماهنگ با آن، مسئول محدودسازی تحمیلی و اجباری این گروه معرفی و محسوب می‌شد.
علاوه بر رسانه‌های غربی و به ویژه آمریکایی که به بهانه‌های مختلف، نارضایتی خود را از محدودسازی این گروه لیبرال و غربگرا بازتاب می‌دادند، دولت آمریکا نیز در قانون داماتو برای تحریم ایران، رسماً یکی از علل تشدید فشار بر دولت و ملت ایران را وضعیت نهضت آزادی اعلام کرد.
مهندس سحابی گفته که در فروردین 74 در جلسه‌ای: «حرفی را مطرح نمودم که دکتر یزدی نیز آن را تأیید کرد. در آن زمان طرحی در سنای آمریکا تصویب شده بود مبنی بر تحریم ایران...[داماتو] در مقدمه طرحش یادآور شده بود که در ایران حقوق بشر زیر پا نهاده می شود و شواهد آن را یکی موضوع بهائیان و دیگری را نهضت آزادی، بیان نموده بود.»
در زمستان سال 1374 دکتر یزدی جانشین مهندس بازرگان و دبیرکل گروه کوچک و نیمه‌جان نهضت آزادی به همراه چند تن دیگر، برای انتخابات پنجمین دوره مجلس ثبت نام کردند که صلاحیت آنها تأیید نشد. ولی با ظهور نشانه‌های تغییرات سیاسی پیش رو، از جمله ظهور حزب کارگزاران سازندگی که تمایلات و سوگیری‌های بارز لیبرالی داشت و به برخی مواضع نهضت آزادی نزدیک بود، به گفته یزدی: «از این تاریخ، نهضت وارد دوران تازه ای شد.»
دکتر یزدی در بهمن 74 از تولد این جریان استقبال کرد و گفت: «[کارگزاران سازندگی] از افراد متفکر و تحصیلکرده‌ای تشکیل شده است که به بحث و تبادل نظر آزاد در مورد مسایل داخلی و بین المللی عقیده دارد و هوادار سیستم سرمایه داری صنعتی است.» نشریه بهمن سخنگوی این جریان به مدیرمسئولی عطاءالله مهاجرانی معاون رییس جمهور، به تجلیل از رهبران نهضت آزادی می‌پرداخت و برخی صفحات خود را به انعکاس نظرات نهضتی‌ها نیز اختصاص می داد. روابط پنهان مهاجرانی و برخی دیگر از مقامات دولت آقای هاشمی با نهضت آزادی، در حال بیرون زدن از پشت پرده بود.
در اولین بیانیه «جمعی از کارگزاران سازندگی» مورخ 27/10/1374 که مانیفست آن حزب محسوب می‌شد، با تأکید بر اینکه: «هاشمی و مجلس، دو کلمه مترادفند»، پیش‌بینی شده بود که در مجلس پنجم، نیروهای «تحت امر» سردار سازندگی و توسعه یعنی آقای هاشمی، حضور خواهند داشت.
به رغم بهبود زیرپوستی و رو به تزاید روابط نهضت آزادی تحت رهبری دکتر یزدی، با جناح اصلی دولت آقای هاشمی، و تداوم آن طی سال‌ها، دکتر یزدی بعدها در همسویی با حملات جبهه اصلاحات علیه رییس جمهور سازندگی، چند بار ارزیابی منفی خود از دولت مزبور را تکرار کرد و از جمله در آبان 77 تأکید کرد که: «رفسنجانی زیربنای سیاسی حکومت را توسعه نداد، و نظام سیاسی بسته را تداوم بخشید.»
مع‌الوصف، دکتر یزدی چند بار اشاره کرده که مبدأ تجدید تحرک سیاسی نهضت آزادی پس از دهه شصت، انتخابات مجلس پنجم در دولت آقای هاشمی بود. از جمله وی گفته است: «ما در انتخابات دوره-های قبل گفته بودیم که شرکت نمی‌کنیم و دلایل‌مان را هم گفته بودیم که اگر آزادی‌های قانونی نباشد، شرکت نمی‌کنیم. ولی در انتخابات مجلس پنجم و بعد در ریاست جمهوری [هفتم] و بعد در انتخابات شورای شهر به شدت با تمام نیرو شرکت کردیم.»
البته دکتر یزدی تأکید داشت که ریشه تغییر راهبرد نهضت آزادی را به زمان حیات مهندس بازرگان نسبت بدهد: «نهضت آزادی...در سال 1372 تصمیم گرفت با تمام توان وارد مبارزات انتخاباتی مجلس پنجم شود... این، یک سیاستی نبود که در زمان مرحوم مهندس بازرگان نباشد و بعد به وجود آمده باشد.»
دولت خاتمی و آشوب 18 تیر 1378
دکتر یزدی برای انتخابات دوره هفتم ریاست جمهوری نیز از سوی نهضت آزادی اعلام کاندیداتوری کرد که از قبل مشخص بود رد صلاحیت می شود. ولی، او و مؤتلفین نهضت آزادی، در انتخابات دوم خرداد1376، رأی سفید دادند و علناً از هیچ کاندیدایی حمایت نکردند، و طی بیانیه ای مردم را هم به دادن «رأی اعتراض سفید» فرا خواندند.
اما دو سال بعد، دکتر یزدی در گفتگو با هفته نامه آبان مورخ 11دی 78 از روابط خود با ستاد انتخاباتی رییس جمهور منتخب چنین سخن گفت: «تمام پیش‌بینی‌ها این بود که انتخابات به دور دوم کشیده می‌شود، ستاد انتخاباتی آقای خاتمی آمدند با ما صحبت کردند، قرار شد که ما دور اول چیزی نگوییم، اگر به دور دوم رسید آن وقت با تمام قوا بیاییم از آقای خاتمی حمایت کنیم. چون اگر ما [در دور اول] می-آمدیم ممکن بود خاتمی را رد [صلاحیت] بکنند... در مورد رأی سفید...نهضت [آزادی] اعلام نکرد که ما رأی سفید می‌دهیم. اعلام رسمی نهضت این بود که...تمام آدرس‌های یک کاندیدا یعنی آقای خاتمی را بدون اینکه اسمش را بیاوریم به مردم دادیم. ولی عده‌ای از نیروهای ملی مذهبی...تصمیم گرفتند رأی سفید بدهند. آن اعلامیه با امضای اشخاص بود [ازجمله یزدی] نه با امضای نهضت...بله ما به مردم نگفتیم به آقای خاتمی رأی بدهید، اما از برنامه های سیاسی‌اش حمایت کردیم، الان هم حمایت می‌کنیم.»
پس از تکذیب رییس ستاد انتخاباتی خاتمی در مورد ارتباط با نهضت آزادی، دکتر یزدی در گفتگو با هفته‌نامه آبان مورخ 25 دی 78 اعلام کرد که: «یک ماه قبل از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری، تعدادی از اعضای ستاد انتخاباتی محمد خاتمی در دفتر نهضت آزادی با من ملاقات کرده و خواستند که اگر انتخابات به دور دوم کشیده شد، نهضت آزادی از خاتمی حمایت کند... شاید آقای [مرتضی] حاجی اطلاع ندارند و من هم صلاح نمی‌دانم در این زمینه جنجال شود. انشاءالله در آینده که فضا مساعد شد، اسامی افرادی را که از ستاد خاتمی به دفتر نهضت آزادی آمدند، اعلام خواهیم کرد.» اما این اسامی هرگز اعلام نشد و مناقشه مزبور به سرعت خاتمه یافت.
از بدو روی کارآمدن دولت هفتم، دکتریزدی و همفکرانش که جداً مدعی بودند در رأی‌آوردن رییس جمهور منتخب، سهم مهمی داشته‌اند، خود را حامی و شریک سیاسی دولت اصلاحات معرفی کردند. دکتر یزدی در اردیبهشت 1377 طی مصاحبه‌ای گفت: «الان این نسل جدید و جوان که آمده و مصمم شده و رأیی داده و آقای خاتمی را رییس جمهور کرده، به چه چیزی رأی داده؟ به همان فکر و اندیشه‌ای که مهندس بازرگان سال‌ها تبلیغش را می‌کرده... نهضت با جوان‌ها رابطه بسیار خوبی دارد، رابطه خیلی گسترده‌ای دارد.» عطف به چنین ادعایی و با تلاش برای مصادره بسیاری از شعارها و مواضع آن دولت، و زیست در شکاف بین جناح های داخل حکومت، نهضتی ها به جستجوی موقعیت سیاسی جدید برآمدند.
دکتر یزدی به صراحت می‌گفت: «رأی سنگین مردم به خاتمی، رأی به عدم کفایت حاکمان است.» وی در بهمن 1376 اعلام کرد که اعضای نهضت آزادی با «سیاست ها و عملکردهای نوزده سال گذشته حاکمیت» مخالفت کرده‌اند و می‌کنند و «آنها را بر خلاف مصالح و منافع ملی» می‌دانند. او در باره مسیر تغییرات سیاسی کشور، چنین گفت: «من معتقدم فرایندی که از دوم خرداد شروع شده لاجرم به پاگردی خواهد رسید و زایمان جدیدی صورت خواهد گرفت... راه برای همه باز خواهد شد... از دید کمیسیون ماده ده قانون احزاب و وزارت کشور و نهادهای دولتی مثل وزارت اطلاعات، ما غیرقانونی هستیم. آنچه را که اعلام کرده اند این است که نهضت آزادی غیرقانونی است ولی آن را تحمل می کنند. ما هم داریم سعی می کنیم که میزان تحمل آنها را بالا ببریم» تلاش مشهود دکتریزدی برای باز کردن جایی برای خود و دوستانش در فضای سیاسی جدید، در منظر منتقدان و حامیانش با یک تعبیر مشترک ارزیابی می‌شد، و نشان از فرصت‌جویی و سازش‌طلبی تاکتیکی وی با حاکمیت داشت.
در آبان 1377، دکتر یزدی طی سخنرانی خود در شورای روابط خارجی آمریکا با تأکید بر اینکه انتخابات هفتمین دوره ریاست جمهوری، آغازگر عصر جدیدی شد که وی آن را جمهوری سوم نامید، گفت: «خاتمی در خلال مبارزات انتخاباتی خود...با صراحت بر اولویت توسعه سیاسی نسبت به توسعه اقتصادی تأکید کرد...این برای روشنفکران مسلمان، از جمله نهضت آزادی خبر خوشی بود. از طریق انتخابات ریاست جمهوری... هسته مرکزی یک جنبش برای تغییرات سیاسی مسالمت‌آمیز و تدریجی تشکیل شده است... انتخاب خاتمی سرآغاز یک فرایند آزادسازی سیاسی است...واو ثابت کرده است که نسبت به شعارهای انتخاباتی خود...صمیمی و متعهد است... زمان برای عصر جدیدی در روابط بین ایران و کشورهای غربی، از جمله ایالات متحده آمریکا فرا رسیده است.»
وبگاه ملی مذهبی، به سال 1393 با تأکید بر پیچیدگی شخصیتی و پراگماتیسم سیاسی دکتر یزدی، چنین نوشت: «آزمون جدید دکتر یزدی بعد از انقلاب اسلامی از زمان درگذشت مهندس بازرگان آغاز شد... نهضت آزادی ایران به خصوص از دوم خرداد 76 در قالب رهبری یزدی تلاش کرد در فضای سیاسی ایران سر برآورد. یزدی در این دوران هم اگر چه شاید روزنه نفوذ نهضت به ساختار قدرت را به رغم تلاش هایش نتوانست باز کند اما توانست مانند چهره ها و شخصیت های ملی-مذهبی در تحرک اصلاح-طلبان و خط‌دادن آنها مفید باشد... دکتر یزدی با توجه به همان خصوصیت عملگرایانه‌اش تلاش کرده از هر امکانی برای جا انداختن رویکرد اصلاح‌طلبی نهضت آزادی استفاده کند... چهره پراگماتیستی، کارشناسی و پر تحرک او رمز پیچیدگی اوست. چرا که پراگماتیست‌ها زودتر از دیگران زوایای واقعی و پنهان امور را می بینند. پراگماتیست ها در تحلیل‌هایشان به تجربه‌شان بیشتر متکی هستند تا نظریه‌ها. به فایده کار بیشتر می‌اندیشند تا حفظ اعتبار خود. بیشتر اهل مذاکره هستند تا سرسختی.»
در آبان سال 1377 دکتر یزدی طی مصاحبه‌ای با هفته نامه آبان، وضعیت نهضت آزادی را اینگونه شرح داد: «ما تا سال 66 هر سال کنگره داشتیم، قطعنامه داشتیم، مواضع سیاسی و اقتصادی تنظیم‌شده هم داشتیم. اما در حال حاضر به ما می‌گویند شما غیرقانونی هستید، ولی ما شما را تحمل می‌کنیم. حد تحمل آن هم دست خودشان است، گاهی اوقات این پیچ‌ها را سفت می‌کنند، گاهی آن را شل می‌کنند، گاهی یک روزنامه مثل روزنامه توس که بعضی از اطلاعیه‌های نهضت آزادی را منتشر می‌کرد، تحت فشار قرار می دهند و وزیر ارشاد [عطاءالله مهاجرانی] می‌گوید که این روزنامه باچاپ اعلامیه‌های نهضت مرتکب جرم شده است... من احساس می‌کنم که اینها به نوعی احساس رقابت می‌کنند...وقتی می‌آیند و می‌گویند روزنامه توس در خط نهضت آزادی است، اینها یعنی این که، نهضت آزادی دکترین سیاسی دارد. امروز آقای رئیس‌جمهور[خاتمی] هم می‌گوید که توسعه سیاسی بر توسعه اقتصادی اولویت دارد. نهضت آزادی 16 سال است که این حرف را می‌زند ولی آقای رئیس‌جمهور حالا می‌زند...چپ سنتی و کارگزاران...نگران این هستند که اگر فضای سیاسی در جامعه باز شود، اینها جایگاهشان در جامعه معلوم نیست...به نظر من، جناح‌های سیاسی مثل چپ سنتی، چپ جدید و کارگزاران، این ها واقعاً به برنامه سیاسی آقای خاتمی اعتقاد ندارند.»
دکتر یزدی که تمام اقدامات سیاسی و مواضع مخالف با ارکان حقیقی و حقوقی نظام، توسط خود و گروهش را به نام آزادی، مجاز و مشروع می‌دانست، اما به سال 59 در مورد حدود آزادی در انقلاب اسلامی ایران چنین نظر داده بود:
«بیان آزادانه عقاید، هرگز به معنای تلاش و توطئه جهت از بین بردن جمهوری اسلامی نمی‌باشد.ملت چنین اجازه‌ای را نخواهد داد.در صورتی که کمونیست‌ها یا هر گروه دیگری زیر هر پوشش، در جهت تضعیف و یا از بین بردن جمهوری اسلامی ایران حرکت کنند و تلاش و کوشش نمایند، ضد انقلاب محسوب شده و لاجرم با آنها خواهیم جنگید.مسئولیت چنین جنگی نیز بر عهده کسانی است که در برابر اراده اکثریت ملت ایستاده‌اند.»
اگر به تأیید عقلا و عرف کارشناسان سیاسی، نهضت آزادی در مقاطع مهمی از دهه شصت و هفتاد در پوشش آزادی و دموکراسی‌خواهی، در جهت تضعیف جمهوری اسلامی گام برداشته و با منطق آقای یزدی ضد انقلاب محسوب شده، پس وی و همفکرانش نمی‌بایست نظام را به استبداد و سرکوب و بی-مهری در حق خود متهم می‌ساختند.و طبعاً، مطالبه و پیگیری توسعه سیاسی معقول و صحیح، نمی-توانست و نمی‌بایست با این منطق روشن در تعارض باشد.
در زمان دولت هفتم، فعالیت گسترده یزدی و همفکرانش در دانشگاه‌ها و محافل دانشجویی و تنش-آفرینی مستمر نهضت آزادی، در مطبوعات آن دوره به وضوح بازتاب داشت. البته این فعالیت‌ها، به تشدید واگرایی از نظام و گرایش‌های رادیکالی در بین دانشجویان دامن می‌زد و گویی ورژن جدیدی از سربازگیری برای منافقین در دهه شصت، را تکرار می‌کرد. آزمون دوباره تلاش برای براندازی تحت پوشش مطالبه آزادی و دموکراسی، و با ظاهری مسالمت‌جویانه اما در باطن، خشونت‌طلبانه و قانون-ستیزانه؛ روح تبلیغات نهضت آزادی و طیف متمایل به آن در انجمن‌های دانشجویی بود.
به نوشته سایت ملی مذهبی وابسته به نهضت آزادی: «در آن زمانها هر وقت که دکتر یزدی را در جلسات مختلف سیاسی و دانشجوئی می‌دیدیم؛ یک سؤال ثابت داشت؛ با تکیه کلام ویژه خود همواره می‌پرسید: آقاجان من کتاب موج سوم را خواندید؟ سؤالی که از فرط تکرار، قدری رنگ و بوی طنز نیز به خود گرفته بود. اما یزدی می‌گفت که شما به عنوان فعالین دانشجوئی باید نظریه های گذار دموکراتیک را مطالعه کنید کتاب «موج سوم دموکراسی» [به قلم ساموئل هانتینگتون] در آن روزها یکی از مهمترین کتابها در این زمینه بود.»
این کتاب یکی از متون اصلی ترویجی و آموزشی بنیادها و مؤسسات آمریکایی برای ایجاد شورش و انقلاب رنگی در کشورهای مخالف آمریکا، بود. مدل تغییر حکومت های غیرغربی براساس این کتاب، مبتنی بر پنج مرحله: ظهور اصلاح طلبان درون نظام، کسب قدرت اصلاح طلبان، لیبرالیزاسیون و حاکمیت دوگانه، تضعیف حافظان نظام، و دموکراتیزاسیون با کمک اپوزیسیون میانه رو، ترسیم شده است. بنا به تحلیل دکتر یزدی؛ پس از دوم خرداد76 ، امکان تحقق چنین الگویی برای استحاله و دگردیسی نظام جمهوری اسلامی فراهم شده بود، که از آن به عنوان «جمهوری سوم» نیز یاد می کرد. بنا بر این دیدگاه، یزدی و همفکرانش تلاش می‌کردند الگوی مزبور را در بین دانشجویان و نخبگان سیاسی ترویج کنند و آنان را به همراهی در تحقق آن، ترغیب و تشویق نمایند. در نتیجه چنین راهبردی، به رغم دعاوی دوری از خشونت و گذار مسالمت آمیز، عملاً ایجاد تنش‌های سیاسی و اجتماعی و آشوب های خیابانی در قالب تئوری «فشار از پایین، چانه زنی در بالا» طبق الگوی هانتینگتونی، توسط دکتر یزدی با همکاری بخشی از نیروهای جریان اصلاح طلب، پیگیری می شد.
بعداً آقای یزدی در سال 84 از اصلاح طلبان انتقاد کرد که در اجرای راهبرد مذکور، ناتوانی و کوتاهی داشته‌اند: «سیاست چانه زنی از بالا و فشار از پایین برای اصلاح ساختارهای حقیقی، واقع بینانه بود. اما اصلاح‌طلبان درون حاکمیت تنها اجرای بخش اول این سیاست، یعنی چانه‌زنی از بالا را کافی دانستند و به تدارک عِده و عُده برای بسیج سازمان‌یافته مردم، به منظور حمایت از اصلاحات و یا فشار از پایین نپرداختند.»
سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی که در جبهه سیاسی دولت هفتم جایگاه راهبردی و مهمی داشت، طی تحلیلی در بهمن سال 77 ، خط مشی نهضت آزادی به دبیرکلی دکتر یزدی را چنین تشریح کرد:
«رهبری جدید [نهضت آزادی] که خود جزو جناح معتقد به آخرین دیدگاه‌های مرحوم مهندس بازرگان یعنی جدایی دین از سیاست است، در این دوره می‌کوشد به دانشگاه و روشنفکران مذهبی نزدیک شود و در این جهت‌گیری از فضای مناسبی که جریان‌های تجدیدنظرطلب و طرفداران تفکیک دین از سیاست در حوزه روشنفکری دینی پدید آورده‌اند، استفاده کند.
حماسه دوم خرداد و پیدایش نیروهای اجتماعی جدید، روند این تحول را تسریع می‌کند و ابعاد آن را گسترش می‌دهد... اگر مرحوم بازرگان فردای پیروزی انقلاب به جوانان می‌گفت بروید به خانه‌هایتان، انقلاب تمام شد، امروز نهضت آزادی ثقل فعالیت تبلیغاتی خود را بر جوانان و دانشجویان متمرکز کرده است.
اگر نهضت آزادی در طول دوران حکومت شاه و تا آخرین ماه‌های پیش از پیروزی انقلاب، شعار محافظه‌کارانه اجرای قانون اساسی مشروطه را می‌داد و مبارزه در چارچوب آن را پذیرفته بود و به بقای رژیم شاهنشاهی تن می‌داد، امروز چنان رادیکال شده است که شعار تغییر قانون اساسی را مطرح می‌کند.»
دکتر یزدی و همفکران ائتلافی اش به رغم ارائه تحلیل‌هایی که براندازی نظام موجود را موجه می-ساخت، در اردیبهشت 78 مانند دفعات دیگر، موضع اعلامی و رسمی خویش را چنین اظهار می‌کرد: «ما با براندازی به شدت مخالف بودیم و هستیم و آن را کار غلطی می‌دانیم.»
اما موضع «إعمالی» نهضت آزادی و همراهانش، با چنان موضع «إعلامی»، متفاوت بود.در آشوب های گسترده خیابانی که از 18 تیر 1378 و کوی دانشگاه تهران آغاز شد، دکتر یزدی و گروهش به همراه هواداران و مؤتلفین ملی مذهبی، با ساختارشکنانی که بخشی از بدنه قدرت اجرایی و تقنینی را گروگان خود گرفته بودند و براندازی ارکان نظام را در سر می‌پروراندند، پیوند و همکاری آشکار داشتند. دکتر یزدی در اردیبهشت 77 گفته بود که : «الان در تمام دانشگاه‌ها حرفی می‌زنند که حرف نهضت آزادی است.» نهضت آزادی روز 19 تیر 78 طی اطلاعیه شدیداللحنی با کشته‌سازی دروغین از وقایع شب قبل کوی دانشگاه، و تحریک تلویحی دانشجویان و مردم به تداوم آشوب، چنین اعلام کرد: «نهضت آزادی ایران ضمن حمایت از خواسته‌های قانونی دانشجویان و تجلیل از مقاومت دلیرانه آنها، و با ابراز تأسف از تلفات انسانی وارده و اظهار همدردی با خانواده‌های این دانشجویان عزیز، این اقدام وحشیانه و هتک حرمت فضای مقدس دانشگاه را که یادآور حمله کماندوهای رژیم استبداد شاهنشاهی در 16 آذر 1332 و اول بهمن ماه 1340به صحن دانشگاه تهران است، شدیداً محکوم می‌کند و به مسئولان جمهوری اسلامی ایران به ویژه رئیس محترم جمهوری هشدار می‌دهد که اگر با قاطعیت ریشه‌های این گونه اقدامات «خودسر» نظیر قتلهای زنجیره‌ای شناسایی نشوند و با عوامل ایجاد تشنج و آشوب و ناامنی در جامعه و نیروهای تهدیدکننده آزادی‌ها و حقوق اساسی ملت که در قانون اساسی تصریح شده است برخورد نشود، کیان جمهوری اسلامی به مخاطره خواهد افتاد و همه از تر و خشک با هم خواهند سوخت.»
فردای آشوب 18 تیر، دکتر یزدی نیز در صاحبه با رادیو بی بی سی ضمن تکرار مفاد اطلاعیه گروهش، گفت: «بحرانی که صحبت شده، این است که ما دو میلیون دانشجو داریم، دانشگاه‌های ما فوق-العاده حساس هستند، ملتهب هستند... چند نفری کشته شدند، تعداد زیادی مجروح شدند، یک حادثه کوچکی نیست که دانشگاه‌های تهران بتوانند به این سادگی از کنارش رد بشوند.» در حالی که فقط یک نفر سرباز وظیفه غیردانشجو در خلال آشوب‌های مزبور به نحو مشکوکی به وسیله تیراندازی از یک سلاح کمری ناشناس، کشته شده بود نهضت آزادی در کنار رسانه‌های بیگانه و آشوب‌طلبان با دروغ-پردازی در مورد تعداد زیاد کشته‌ها و مجروحان و نسبت‌دادن تصریحی یا تلویحی آنها به مأموران نیروی انتظامی، بر آتش آشوب و اغتشاش می‌دمید.
دکتر یزدی در تاریخ 21 تیر 78 طی مصاحبه دیگری با بی بی سی گفت: «کسانی باید مسئولیت فرماندهی نیروی انتظامی را به عهده داشته باشند که به مردم پاسخگو باشند... شما یک فرمانده کل قوا دارید که پاسخگو به هیچ مقامی نیست.» البته آقای یزدی نمی‌توانست هیچ نمونه و مثالی از ساختار نظامی سایر کشورها بیاورد که در آن فرمانده کل قوا پاسخگوی مقامی دیگر باشد. جایگاه فرمانده کل قوا در سلسله‌مراتب نظامی، جایگاه تشخیص نهایی و صدور فرمان مطاع است. این سایر فرماندهانند که باید پاسخگوی فرمانده کل قوا باشند.اما مغالطه دکتر یزدی فقط این فایده را داشت که هر خطا یا اشکال کوچک و بزرگ نیروی انتظامی را در آن شرایط ملتهب، بتواند به رهبر انقلاب نسبت دهد تا از آن مستمسکی برای تحریک و تهاجم علیه رهبری بسازد.
به تاریخ 23 تیر 78 باز هم از تریبون رادیو بی بی سی که در آن زمان به رسانه اصلی آشوب‌طلبان تبدیل شده بود، دکتر یزدی با اشاره به نهادهای غیر دولتی و متهم‌ساختن آنها به تخلف از قانون، ضمن تأکید بر وخیم‌تر شدن شرایط ایران، گفت: «مشکل ساختاری در ایران این است که حاکمیت کنونی ایران، قانون را زیر پا می‌گذارد.» اما یزدی یکبار هم نگفت که اقدامات تنش‌زا و اجتماعات آشوب‌گرانه کوی دانشگاه، بر خلاف قانون بود. او و دوستانش که خود همواره قوانین اساسی و عادی کشور را با بهانه‌ها و توجیهات مختلف زیر پای خود گذارده بودند، در آن شرایط، مدعی قانون و قانون‌گرایی شده بودند. دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی تحت مدیریت حجت‌الاسلام حسن روحانی، طی اطلاعیه‌ای رسماً اعلام کرده بود که هرگونه اجتماع و راهپیمایی بدون مجوز، غیر قانونی بوده است.
گفتنی است که بعضی از اعضا و مرتبطان نهضت آزادی در متن آشوب و درگیری‌های 18 تیر و متعاقب آن حضور داشتند و ضمن تظاهر رهبران خود به مخالفت با تنش و تشنج، عملاً به تداوم و گسترش آشوب کمک می‌کردند. به ویژه شعارهای ساختارشکنانه و اهانت به رهبر انقلاب، بیشتر به وسیله افراد وابسته به طیف نهضت آزادی و ملی مذهبی‌ها سر داده می‌شد. البته نقش‌آفرینی عناصر وابسته یا فریب‌خورده تبلیغات سازمان تروریستی مجاهدین خلق و سلطنت‌طلبان، نیز مشهود بود.
روزنامه جمهوری اسلامی همان زمان در گزارشی ضمن تشریح فراخوان‌ها و تلاش‌های تبلیغاتی منافقین و ملی‌گراها نوشت: «نهضت آزادی و حزب ملت ایران نیز با انتشار بیانیه‌هایی دانشجویان را به ادامه تحصن و ناآرامی تشویق کردند.»
نقش تخریبی نهضت آزادی در وقایع مزبور به قدری آشکار و مسجل بود که حتی افراد و گروه‌هایی از حامیان دولت آقای خاتمی، به این گروه تاختند. تا آنجا که خود نهضت آزادی هم در یک اطلاعیه رسمی به این موضوع، اذعان و اعتراض کرد: «در چند هفته اخیر، حملات علیه نهضت آزادی ایران و طیف وسیعی از انجمن‌ها و سازمان‌های دانشجویی قوت و شدت بیشتری گرفته است. در این مدت، بسیاری از افراد و شخصیت‌های متعلق به جناح‌های مختلف، از سردبیران روزنامه‌ها گرفته تا اعضای شورای نگهبان و وزرای اسبق و سابق اطلاعات به موضعگیری علیه نهضت آزادی پرداخته، ضمن ایراد انواع تهمت‌ها و نسبت‌دادن مطالب خلاف واقع، نگرانی خود را از خطر بهره‌برداری نهضت آزادی از موقعیت کنونی کشور گوشزد کرده‌اند. در این میان، موضعگیری ناشیانه برخی از سازمان‌های سیاسی درون حاکمیت و مدعی حمایت از برنامه‌های آقای خاتمی در حمله به دفتر تحکیم وحدت و نهضت آزادی ایران و قرار دادن این دو در کنار جناح راست و منافقین، بیش از همه بحث‌انگیز بوده است... هم‌صدایی جریان‌ها و گروه‌های مدعی حمایت از آقای خاتمی و جنبش جامعه مدنی برای چیست؟... آنها دیواری کوتاهتر از دیوار نهضت آزادی نیافته‌اند. بنابراین به جای نگاهی به درون و مرور و ارزیابی سیاست‌ها و اعمال گذشته خود، فرافکنی می‌کنند؛ از یک سو لبه تیز حملات خود را به طور گسترده متوجه نهضت آزادی ساخته‌اند و از سوی دیگر، جنبش دانشجویی را متهم به پیروی و حمایت از نهضت یا همسویی با آن می‌سازند.» در حالی که دکتر یزدی خود، چندبار با افتخار از جذب دفتر تحکیم وحدت توسط نهضت آزادی یاد کرده و بر آن بود که جنبش دانشجویی به وی و گروهش پیوسته است.
یکی از موارد انتقادات برخی اصلاح‌طلبان نسبت به نهضت آزادی، اظهارات آقای محمد سلامتی دبیرکل سازمان مجاهدین انقلاب، به تاریخ 19 تیرماه 78 بود که در آن چنین آمده بود: «نهضت آزادی، نظام را که ایدئولوژی اسلامی بر آن حاکم است یک حکومت ایدئولوژیک می‌داند و آن را قبول ندارد. لذا از نظر ما در قالب غیرخودی‌ها می‌گنجد چون به این نظام معتقد نیست... [ولی] اینها مخالف قانونی نظامند و حاضرند در چارچوب قانون، علیه نظام فعالیت سیاسی کنند... [اما] مثلاً فرض کنید در میتینگ‌ها شعارهایی می‌دهند که حساسیت عده زیادی را برمی‌انگیزد. آنها موجب می‌شوند که آزادی‌ها محدود شود. شخصیت‌هایی را مطرح می‌کنند که موضوعیت ندارند. آنها عمداً این کارها را می‌کنند که آقای خاتمی تحت فشار قرار بگیرد و مجبور شود آزادی‌ها را محدود کند و این خلاف است... سوء استفاده از آزادی است. اینها راحت می‌توانند حرفشان را بزنند و تحلیل سیاسی، فرهنگی و اقتصادی بدهند، اما چون در این زمینه‌ها حرفی برای گفتن ندارند فقط مطالبی را با مظلوم‌نمایی در سطح جامعه و با فحش و بد و بیراه مطرح می‌کنند تا در سطح جامعه مطرح شوند.»
اما حضور خودجوش و گسترده و سراسری مردم در راهپیمایی های 23 تیر 78 و حمایت یکپارچه ملت از رهبری نظام و نفی آشوبگری و ساختارشکنی مدعیان اصلاحات، افرادی مانند دکتریزدی را به عقب نشینی و تغییر تاکتیک وادار ساخت.
حجت‌الاسلام حسن روحانی سخنران تجمع مردمی 23 تیر در تهران طی سخنانی پرشور و قاطع، چنین گفت: «خوشبختانه ظرف دو روز اخیر، عناصر آشوب‌طلب دستگیر شدند که در میان این افراد، عده‌ای شرور، جنایتکار و سابقه‌دار، و افراد وابسته به گروهک‌های معاند و ورشکسته، و افرادی که به نوعی از سوی دست‌های مشکوک تطمیع شده بودند، دیده می‌شود... مردم ما یکبار دیگر دشمنان خارجی و مزدوران آنها را مأیوس کردند و مشت ردی به سینه دشمنان انقلاب اسلامی زدند... ملت ما هوشیارانه در صحنه حاضرند و می‌دانند که مسأله ولایت، مسأله فرد نیست، مسأله شخص نیست، بلکه ولایت در کشور ما مظهر اسلامیت نظام است... مردم می‌دانند قدرتی که توانست در دفاع مقدس در برابر همه دنیا بایستد و مقاومت کند، اسلام و اسلامیت نظام بود، و چیزی که امروز ملت ما را متحد کرده و پیوند ناگسستنی در ملت ما ایجاد کرده است، اسلام است و مظهر این اسلامیت نیز رهبری و مقام عظمای ولایت است... مردم ما به خوبی می‌دانند مسأله ولایت، مظهر وحدت ملی جامعه است. مسأله ولایت، مظهر اقتدار ملی ماست. اهانت به مقام ولایت، اهانت به ملت ایران و مسلمانان و همه آزادگانی است که قلب آنان برای ایران اسلامی به عنوان ام‌القرای دنیای اسلام می‌تپد. این حرمت‌شکنی نه برای مردم و نه برای عاشقان انقلاب در سراسر جهان، قابل تحمل نیست... اگر منع مسئولان نبود، مردم ما، جوانان مسلمان، غیور و انقلابی ما، این عناصر اوباش را تکه تکه و قطعه قطعه می‌کردند.»
پیش از آشوب تیر 78، در خرداد همان سال، کنفرانسی با عنوان «ایران در قرن بیست و یک» در قبرس برگزار شد. این کنفرانس به وسیله آمریکایی‌ها برای هماهنگی نزدیک با برخی فعالان سیاسی ایران و بررسی تحولات جدید ایران برگزار شد و نقطه اتصال علنی با شبکه اطلاعاتی غیر رسمی آمریکا محسوب گشت. برخی مقامات امنیتی و سیاسی سابق آمریکا مانند گری سیک، ریچارد مورفی و ساموئل هانتینگتون در آن کنفرانس حاضر شدند و از ایران، دکتر ابراهیم یزدی به همراه مهندس سحابی و چند فعال مطبوعاتی و سیاسی ایرانی در آن شرکت کرد.
دکتر یزدی که از یکسو خود را حامی دولت اصلاحات معرفی می‌کرد و دائماً در سخنان و مصاحبه‌های خود رییس جمهور را به استفاده از ابزار حضور میلیونی مردم در خیابان‌ها تشویق می‌کرد و عدم اتخاذ این سیاست را نشانه ضعف وی می‌دانست، پس از شکست آشوب تیر 78، و برآورده‌نشدن برخی انتظاراتش، در مرداد 78 از مقامات دولتی اینگونه انتقاد کرد: «آقای خاتمی در انتخاب همکاران خود اشتباه کرده‌اند. اکثریت قریب به اتفاق این همکاران، همان‌هایی هستند که طی 18 سال در مراکز قدرت و مسئولیت بوده‌اند و حاصل کار آنها در زمینه‌های فرهنگی، اقتصادی، اجتماعی و سیاسی همین وضعیت نابسامانی است که امروز مملکت با آن روبرو است. از آنان انتظار چه معجزه‌ای را می‌توان داشت؟»
در بهمن 78 دکتر یزدی جایگاه گروه خود و متحدانش را در جبهه اصلاح‌طلبان، اینگون توصیف کرد: «اصلاح‌طلبان بیرون از حاکمیت به طور عمده شامل نیروهای ملی- مذهبی هستند که قدیمی‌ترین و شاخص‌ترین آنها، نهضت آزادی ایران است. دفتر تحکیم وحدت، که فدراسیونی از انجمن‌های اسلامی دانشجویان است و انجمن‌های مستقل دانشجویی، فعال‌ترین بخش جبهه اصلاح‌طلب محسوب می‌شوند که به تدریج از نیروهای درون حاکمیت جدا شده‌اند و به نیروهای اصلاح‌طلب بیرون از حاکمیت، از جمله نیروهای ملی ـ مذهبی و نهضت آزادی ایران نزدیک شده‌اند.»
جنب و جوش زیاد نهضت آزادی و ائتلاف سایر نیروهای اپوزیسیون مخالف خط امام در آستانه انتخابات مجلس ششم، گاه واکنش برخی از اطرافیان آقای خاتمی را هم بر می‌انگیخت.به گزارش هفته-نامه آبان مورخ 16 بهمن 1378: «دکتر یزدی در خصوص اظهار نظر اخیر علی اکبر محتشمی مبنی بر اینکه «منش نهضت آزادی دیکتاتوری است»، گفته است: آقای محتشمی به مصداق کافر همه را به کیش خود پندارد، قیاس به نفس فرموده‌اند... من از اینکه محتشمی مشاور خاتمی هستند، برای آقای خاتمی متأسف هستم.من تصور نمی‌کنم آقای محتشمی به اندیشه‌های سیاسی آقای خاتمی اعتقاد اصولی داشته باشد.»
آقای محتشمی در یک نشست مطبوعاتی به تاریخ 10 بهمن 78 چنین گفته بود: «نهضت آزادی تشکیلاتی است که به نظر من به مردم سالاری اعتقاد ندارد و مسلماً در صورت ورود به عرصه سیاست، منش دیکتاتوری را پیشه خواهد کرد و به سبب ممانعت از حضور اقشار مردم در صحنه، فکر نمی‌کنم رأیی از جانب مردم دریافت کند.» چند سال قبل هم، مشابه چنین نظری را مهندس بهزاد نبوی داده بود: «نهضتی ها در موقعی که قدرت را در دست داشتند از همه انحصارگرتر بودند... ما نهضت آزادی را در سرنوشت انقلاب و نظام، مؤثر نمی‌دانیم.»
حجت الاسلام حسن روحانی دبیر شورای عالی امنیت ملی دولت اصلاحات، نیز در واکنش به حضور انتخاباتی نهضت آزادی و مؤتلفان، در بهمن 78 چنین گفت: «به نظر من گروه‌های موسوم به « فعالان ملی مذهبی» نه ملی هستند و نه مذهبی... افرادی که رودرروی امام (ره) ایستادند، با جنگ مخالف بودند و در زمان دفاع مقدس از پشت به کشور خنجر زدند و در دوره سازندگی هم هیچ قدم موثری برای کشور برنداشتند، آنها اسم خود را «ملی مذهبی» گذاشته‌اند. این اصطلاحات، گمراه‌کننده است و با واقعیت منطبق نیست.»
اما دکتر یزدی مدعی شد وزارت کشور تحت تصدی آقای عبدالله نوری، تغییر رویه داده بود: «در ماه‌های اخیر، به خصوص در ایام انتخابات، مظلومیت نهضت آزادی مورد توجه بسیاری از گروه‌های دوم خردادی قرار گرفته آنها نیز به قانونی بودن نهضت اعتراف دارند. وزارت کشور با تأیید صلاحیت کاندیداهای نهضت، قانونی‌بودن نهضت را تائید کرده است. بخشنامه دادگاه انقلاب در مورد غیرقانونی-بودن نهضت را نپذیرفته است.» به رغم موارد مزبور، دکتر یزدی و دوستانش باز هم برای شرکت در انتخابات، رد صلاحیت شدند.
پس از انتخابات مجاس ششم، قطعنامه کنگره نهضت آزادی مورخ مرداد 79، در باره مقامات دولت اصلاحات چنین اعلام موضع کرد: «با توجه به پیروزی اصلاح‌طلبان در انتخابات مجلس ششم، یکی از انتظارات مردم این است که آقای خاتمی همکاران جدیدی انتخاب و معرفی کنند، زیرا بیشتر وزیران کنونی کسانی هستند که در ٢0 سال گذشته مصدر امور بوده‌اند و بنابراین، به طور مستقیم یا غیرمستقیم مسئول نابسامانی‌های کنونی می‌باشند. حضور آنان در دولت عموماً تناسبی با برنامه‌های اعلام شده رییس جمهور ندارد.»
دکتر یزدی در نشستی پیرامون «اصلاحات» در اواخر شهریور79 و با رویکرد معطوف به انتخابات دوره هشتم ریاست جمهوری، چنین تأکید کرد: «باید در درون همین سیستم، استراتژی مبارزه سیاسی علنی و قانونی را پیگیری کرد... جنبش اصلاح طلبی فاقد یک استراتژی شفاف و برنامه های متناسب با آن است... الان زمان آن است که به حرف عیسی مسیح گوش کنیم. اگر به صورتتان سیلی زدند آن سوی صورتتان را بگیرید و بگذارید بزنند.» اواخر اسفند 1379، در غیاب دکتر یزدی که از چندماه قبل در آمریکا به سر می‌برد، طبق اطلاعیه دادگاه انقلاب، فعالیت‌های نهضت آزادی غیرقانونی و ممنوع اعلام شد. اما در خرداد 1380، این گروه از رییس دولت اصلاحات برای انتخابات دوره هشتم ریاست جمهوری رسماً اعلام حمایت کرد. دکتر یزدی هم از آمریکا با روزنامه فرانسوی لوموند مصاحبه کرد و ضمن اعلام حمایت از آقای خاتمی گفت: «این به معنای آن نیست که به او ایرادی نداشته‌باشیم. برعکس معتقدیم که اشکالات فراوانی نیز به او وارد است و اشتباهات سیاسی داشته است. ما و خیلی‌های دیگر اعتقاد داریم که وی به درستی ارزش 20 میلیون رأی مردم را درک نکرد و قدر آن را ندانست. او می‌توانست خیلی بهتر عمل کند.»
مدتی بعد و در حالی که این گروه، تحت تعقیب قضایی قرار داشت و عملاً واجد نقش مهم و مؤثری نبود، دکتر یزدی در رفتاری زیرکانه و دوگانه، برای تجدید قوای گروهش و جلوگیری از شکست کامل الگوی براندازی هانتینگتونی، طرح «وفاق ملی» را در تابستان سال 81 پیشنهاد داد، که البته جناح‌های اصلی جبهه اصلاحات، آن را جدی نگرفتند. در آن زمان، اصلاح‌طلبان افراطی و ساختارشکن نیز در سراشیبی سقوط قرار داشتند و در دام هانتینگتونی «خروج از حاکمیت» و بحران‌سازی حداکثری افتاده بودند.
با آنکه هیئت نظارت مجلس ششم، نامزدهای نهضت آزادی و طیف ملی مذهبی از جمله یزدی را تأیید صلاحیت کرد، در انتخابات دوره دوم شورای شهر تهران به تاریخ اسفند 1381، هیچیک از آنان و اصلاح طلبان نتوانستند رأی مردم را احراز کنند و شکست سیاسی و اجتماعی سختی متحمل شدند. در کنار تبلیغات پرحجم و انبوه مطبوعات و محافل سیاسی و دانشجویی و بسیج بخشی از امکانات دولتی و جامعه مدنی و روابط حزبی و تشکیلاتی، حتی دکتر یزدی و برخی افراد شناخته شده نهضت آزادی شخصاً در برخی میادین اصلی تهران به تبلیغات حضوری چهره به چهره پرداختند. در آن انتخابات، برای اولین بار پس از دهه شصت، هیچ نوع محدودیتی برای دکتر یزدی دبیرکل گروه اپوزیسیون نهضت آزادی و دوستان و همفکران وی وجود نداشت. و مغایر با تصریح امام خمینی مبنی بر عدم صلاحیت این گروه برای مشارکت در امور حکومتی و رسمی، دولت هفتم و مجلس ششم از هر نوع تسهیلات ممکن برای احیا و حضور رسمی گروه دکتر یزدی فروگذار نکردند. ولی هم دولت مستعجل اصلاح طلبان ساختارشکن، به زودی با ناکامی و شکست مواجه شد و هم منافذ امید و آرزوی دکتریزدی و دوستان، با بی‌اعتنایی مردم مسدود شد.
در تابستان 82 آقای یزدی خشم و اندوه و یأس خود از همراهی کامل دولت اصلاحات با تنش‌آفرینی اجتماعی گسترده را چنین توضیح داد: «مصدق در ایجاد ارتباط با مردم، هنرمند بود و همین‌طور در استفاده از مردم به عنوان اهرم فشار. اما خاتمی این هنر را نداشت... چانه‌زنی از بالا بود، اما فشار از پایین را ما ندیدیم. فشار از پایین یعنی اینکه آقای خاتمی بگوید، مردم بیایید میدان آزادی با شما حرف دارم...حداقل یک میلیون آدم می‌آمدند. با آن یک میلیون، همه اینها را جارو و مرعوبشان می‌کرد. اما خاتمی اهل چنین کاری نبود یا ارزشش را نمی‌دانست یا هنرش را نداشت و این، ایراد بزرگی است... آقای خاتمی نباید در مقابل تنش‌هایی که ایجاد می‌کردند به صرف موعظه کفایت می‌کرد...آقای خاتمی موعظه سیاسی می‌کرد... الان مردم...نه تنها از خاتمی بلکه از اصلاحات هم عبور کرده‌اند... در حال حاضر ما با انسداد سیاسی مواجهیم... 25 نفر از دوستان ما مثل آقای مهندس سحابی، معین‌فر، بنده و خیلی‌های دیگر بلند شدیم رفتیم دفتر ریاست جمهوری گفتیم ما می‌خواهیم با آقای رییس جمهور صحبت کنیم اما ایشان نپذیرفت...چهار سال پیش. شما ببینید، چطور ممکن است یک رییس جمهور، شهروندان خودش را، آن هم شخصیت‌های برجسته‌ای که سال‌های سال، حتی بعضی‌هایشان به اندازه سن ایشان سابقه فعالیت‌های سیاسی دارند را نپذیرد... شما از دورافتاده‌ترین نقطه نامه بنویسید به رییس جمهور فرانسه، بعد از سه هفته یا یک ماه یک یادداشت می‌آید که آقای رییس جمهور چنین گفت. این همه به ریاست جمهوری نامه نوشته می‌شود، ولی [آقای خاتمی] جواب نمی‌دهد.»
البته دکتر یزدی بعدها گروه خود را پیروز دوران اصلاحات معرفی کرد و نه تنها تعبیر «زیست حاشیه‌ای در کنار اصلاح‌طلبان» را قبول نداشت بلکه به سال 93 در گفتگویی چنین گفت: «زمانی گفتمان اصلاح‌طلبی منحصر به نهصت آزادی ایران و سایر گروه‌های ملی – مذهبی بود. اما امروز همگانی شده است. به عبارت دیگر، بخشی از نیروهای درون حاکمیت به گفتمان اصلاح‌طلبی نهضت آزادی و سایر نیروهای ملی – مذهبی روی آورده‌اند.این، نه یک ایراد و انتقاد بلکه یک پیروزی برای این نیروها و اندیشه سیاسی آنان است... گفتمان اصلاح‌طلبی دهه هفتاد، بدون آنکه ضرورتی به بیان آن داشته باشد متأثر از گفتمان اصلاح‌طلبی نهضت آزادی ایران و سایر نیروهای ملی – مذهبی بوده است... شواهد حاکی از آن است که نهضت آزادی در ایجاد تماس با بخش قابل توجهی از جامعه موفق بوده است و توانسته بر فرایند تحولات، اثرگذار باشد.»
اما در تیرماه 82 ، آقای یزدی از سطح دعاوی اغراق‌آمیز کوتاه آمده بود و فایده وجودی گروه‌های مخالف مانند نهضت آزادی را جلوگیری از انفجار اجتماعی توصیف کرد، و برای کاهش حساسیت‌ها نسبت به اقدامات غیرقانونی و تنش‌آفرین گروهش چنین گفت: «نقش احزاب سیاسی مخالف این است که از تراکم اعتراضات و رسیدن این فشارها به نقطه انفجار جلوگیری کنند... تجمعات، اعتراضات، شعاردادن و انتقادکردن اپوزیسیون، سوپاپ اطمینان جامعه است.»
لیکن در سال 84 ، اذعان دکتر یزدی به شکست دولت اصلاحات در مسیری که مطلوب وی و سایر جریان‌های اپوزیسیون بود، نشان می‌داد که عمق ناکامی وی و دوستانش بیش از آن بود که تظاهر می‌شد: «تجربه هشت‌ساله دولت آقای خاتمی و مقابله‌هایی که با این دولت شد، احتمال موفقیت در تغییر ساختارهای حقیقی را به شدت کاهش داد و موجب شد که امید به اصلاح ساختارهای حقیقی، درچارچوب ساختارهای حقوقی فعلی از بین برود یا کاهش پیدا کند.»
